171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0309 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0309  carbon storage regulator, CsrA  100 
 
 		 72 aa  140  5e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0099  carbon storage regulator, CsrA  63.38 
 
 		 72 aa  90.5  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2239  carbon storage regulator, CsrA  63.79 
 
 		 75 aa  80.5  0.000000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3026  carbon storage regulator  57.75 
 
 		 82 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5234  carbon storage regulator, CsrA  52.46 
 
 		 80 aa  79  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3224  carbon storage regulator  54.29 
 
 		 79 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2232  carbon storage regulator  60.34 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000917827 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4097  carbon storage regulator, CsrA  48.44 
 
 		 79 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0614  carbon storage regulator, CsrA  56.9 
 
 		 83 aa  75.1  0.0000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0211  carbon storage regulator, CsrA  48.39 
 
 		 80 aa  72.8  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.363506  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0829  carbon storage regulator, CsrA  48.21 
 
 		 99 aa  73.2  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267846  normal  0.671396 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0772  carbon storage regulator  50 
 
 		 83 aa  73.2  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0246  carbon storage regulator, CsrA  60 
 
 		 75 aa  72.8  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2401  carbon storage regulator, CsrA  51.67 
 
 		 79 aa  72.8  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0627  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  46.15 
 
 		 65 aa  72.4  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000917661  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0311  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 65 aa  71.2  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0669  carbon storage regulator, CsrA  55.17 
 
 		 79 aa  70.1  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0307434 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0075  carbon storage regulator  45.31 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000905817  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02845  carbon storage regulator  50 
 
 		 63 aa  68.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000287384  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3626  carbon storage regulator, CsrA  47.46 
 
 		 62 aa  69.3  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000153108  decreased coverage  0.0000000476241 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0184  carbon storage regulator  59.32 
 
 		 81 aa  68.2  0.00000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0845  carbon storage regulator  50 
 
 		 64 aa  68.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0820  carbon storage regulator  50 
 
 		 64 aa  68.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0992  carbon storage regulator, CsrA  47.27 
 
 		 103 aa  67.8  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.159406  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0102  carbon storage regulator  39.44 
 
 		 71 aa  67.8  0.00000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0088  carbon storage regulator  39.44 
 
 		 71 aa  67.8  0.00000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0821619  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1050  carbon storage regulator  43.55 
 
 		 64 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000586166  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2420  carbon storage regulator, CsrA  46.58 
 
 		 78 aa  67.8  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.404461 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0928  carbon storage regulator  44.83 
 
 		 85 aa  67.4  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3014  carbon storage regulator, CsrA  48.08 
 
 		 71 aa  67.4  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00086435  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002523  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 65 aa  67.4  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000181679  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0637  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 66 aa  67  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0440  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 78 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00146  carbon storage regulator  44.26 
 
 		 70 aa  67.4  0.00000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.144727  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3378  carbon storage regulator, CsrA  48.08 
 
 		 58 aa  67.4  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000923466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03509  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 65 aa  67.4  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1479  carbon storage regulator, CsrA  44.26 
 
 		 67 aa  67  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0228801  normal  0.253432 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3093  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 77 aa  67  0.00000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2901  carbon storage regulator  49.06 
 
 		 61 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.748507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1612  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 82 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.734443 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1043  carbon storage regulator  46.15 
 
 		 65 aa  66.6  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1301  carbon storage regulator  42.19 
 
 		 64 aa  66.6  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000114714  normal  0.0123865 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0204  carbon storage regulator  48.33 
 
 		 61 aa  66.6  0.0000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52570  carbon storage regulator  50 
 
 		 61 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0097749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2417  carbon storage regulator, CsrA  44.44 
 
 		 80 aa  66.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4610  carbon storage regulator  50 
 
 		 61 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0992  carbon storage regulator  50.94 
 
 		 70 aa  66.6  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000161482  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0885  carbon storage regulator  50.94 
 
 		 70 aa  66.6  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  1.4873100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3426  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1252  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000170855  hitchhiker  0.00000000459376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1912  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  59.62 
 
 		 64 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0207857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1129  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000102923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1200  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000197076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0196  carbon storage regulator  50 
 
 		 76 aa  65.9  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1130  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0967  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00770728  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3113  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000181865  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2743  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000840228  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3122  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000135841  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1197  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000599283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3265  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000015331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3338  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 65 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0466737  hitchhiker  0.0000666131 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02546  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0993  carbon storage regulator, CsrA  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000137692  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2977  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  decreased coverage  0.0000534351 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0391  carbon storage regulator  44.64 
 
 		 64 aa  65.1  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3135  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000287741  hitchhiker  0.000767702 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1117  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00529812  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3181  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000800823  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0984  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00625603  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0019  carbon storage regulator, CsrA  44.83 
 
 		 77 aa  65.1  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3942  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000017158  normal  0.528243 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3012  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00129826  hitchhiker  0.0000233045 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1214  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 65 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000424179  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1064  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.998341  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1218  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 65 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000555934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3171  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000051155  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0999  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1613  carbon storage regulator  45.28 
 
 		 81 aa  65.1  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000487274  hitchhiker  0.00000000608552 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02511  hypothetical protein  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2945  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103416  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2818  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306437  hitchhiker  0.000110428 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3237  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000628305  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3210  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00230567  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1511  carbon storage regulator, CsrA  54.24 
 
 		 83 aa  65.1  0.0000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2832  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.37638e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2979  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000170939  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1319  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0138416  hitchhiker  0.00721539 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3028  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000946533  decreased coverage  0.00000698794 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1016  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000119798  hitchhiker  0.00141183 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3372  carbon storage regulator  48.08 
 
 		 61 aa  65.1  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000318708  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0388  carbon storage regulator, CsrA  63.83 
 
 		 89 aa  64.7  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.224817  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1462  carbon storage regulator  45.28 
 
 		 81 aa  64.7  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000365712  hitchhiker  0.0000230945 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1640  carbon storage regulator  45.28 
 
 		 81 aa  64.7  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  hitchhiker  0.000536973 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1479  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  45.28 
 
 		 66 aa  64.7  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0325311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1651  carbon storage regulator, CsrA  45.28 
 
 		 71 aa  64.7  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1291  carbon storage regulator, CsrA  44.83 
 
 		 64 aa  64.7  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.341556  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3041  carbon storage regulator  46.43 
 
 		 79 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3150  carbon storage regulator  36.99 
 
 		 78 aa  64.3  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.415612  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4191  carbon storage regulator, CsrA  51.72 
 
 		 77 aa  64.3  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>