168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1511 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_1511  carbon storage regulator, CsrA  100 
 
 		 83 aa  160  4.0000000000000004e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0246  carbon storage regulator, CsrA  50.62 
 
 		 75 aa  77.8  0.00000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0668  carbon storage regulator, CsrA  44.44 
 
 		 88 aa  70.1  0.000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0614  carbon storage regulator, CsrA  47.44 
 
 		 83 aa  70.1  0.00000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0697  carbon storage regulator, CsrA  53.85 
 
 		 83 aa  68.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000794724  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0673  carbon storage regulator, CsrA  53.85 
 
 		 83 aa  68.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000523838  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0992  carbon storage regulator, CsrA  50.91 
 
 		 103 aa  66.2  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.159406  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0184  carbon storage regulator  55.93 
 
 		 81 aa  66.2  0.0000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0311  carbon storage regulator  44.62 
 
 		 65 aa  66.6  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2239  carbon storage regulator, CsrA  53.85 
 
 		 75 aa  65.5  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0309  carbon storage regulator, CsrA  54.24 
 
 		 72 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4097  carbon storage regulator, CsrA  48.28 
 
 		 79 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0099  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 72 aa  63.9  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2232  carbon storage regulator  45.68 
 
 		 78 aa  63.5  0.0000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000917827 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0439  carbon storage regulator, CsrA  46.75 
 
 		 76 aa  63.5  0.0000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0604  carbon storage regulator, CsrA  39.47 
 
 		 86 aa  63.5  0.0000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4191  carbon storage regulator, CsrA  44.59 
 
 		 77 aa  63.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0440  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 78 aa  62.8  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0627  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  47.54 
 
 		 65 aa  62.4  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000917661  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00146  carbon storage regulator  38.24 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.144727  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1147  global regulator protein CsrA  46.55 
 
 		 83 aa  61.6  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1478  carbon storage regulator, CsrA  49.15 
 
 		 117 aa  62  0.000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.24481  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3026  carbon storage regulator  46.84 
 
 		 82 aa  61.6  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0390  carbon storage regulator, CsrA  47.76 
 
 		 88 aa  61.2  0.000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3093  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  38.36 
 
 		 77 aa  60.8  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1462  carbon storage regulator  36.49 
 
 		 81 aa  60.8  0.000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000365712  hitchhiker  0.0000230945 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0885  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 70 aa  60.8  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  1.4873100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1479  carbon storage regulator, CsrA  38.81 
 
 		 67 aa  60.8  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0228801  normal  0.253432 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2420  carbon storage regulator, CsrA  45 
 
 		 78 aa  60.5  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.404461 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2417  carbon storage regulator, CsrA  51.67 
 
 		 80 aa  60.5  0.000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0992  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 70 aa  60.8  0.000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000161482  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0388  carbon storage regulator, CsrA  59.57 
 
 		 89 aa  60.5  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.224817  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3041  carbon storage regulator  46.67 
 
 		 79 aa  60.5  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3150  carbon storage regulator  38.98 
 
 		 78 aa  60.5  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.415612  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1640  carbon storage regulator  35.14 
 
 		 81 aa  60.5  0.000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  hitchhiker  0.000536973 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2526  carbon storage regulator, CsrA  40.68 
 
 		 79 aa  60.1  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3426  carbon storage regulator  42.62 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1129  carbon storage regulator  42.62 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000102923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1200  carbon storage regulator  42.62 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000197076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1130  carbon storage regulator  42.62 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1252  carbon storage regulator  42.62 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000170855  hitchhiker  0.00000000459376 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3113  carbon storage regulator  42.62 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000181865  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3122  carbon storage regulator  42.62 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000135841  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1197  carbon storage regulator  42.62 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000599283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3265  carbon storage regulator  42.62 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000015331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3751  carbon storage regulator  42.42 
 
 		 64 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1912  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  52.94 
 
 		 64 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0207857  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1669  carbon storage regulator, CsrA  54.55 
 
 		 78 aa  60.1  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1064  carbon storage regulator  42.62 
 
 		 65 aa  60.1  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.998341  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0829  carbon storage regulator, CsrA  44.64 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267846  normal  0.671396 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1651  carbon storage regulator, CsrA  37.7 
 
 		 71 aa  59.7  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1999  carbon storage regulator, CsrA  34.57 
 
 		 78 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3224  carbon storage regulator  50.91 
 
 		 79 aa  58.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2743  carbon storage regulator  40.98 
 
 		 65 aa  58.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000840228  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3626  carbon storage regulator, CsrA  40.98 
 
 		 62 aa  59.3  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000153108  decreased coverage  0.0000000476241 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2387  regulatory protein  41.54 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.240856  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1631  carbon storage regulator  49.09 
 
 		 75 aa  59.3  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.635349  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0019  carbon storage regulator, CsrA  40 
 
 		 77 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0845  carbon storage regulator  40.98 
 
 		 64 aa  58.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0820  carbon storage regulator  40.98 
 
 		 64 aa  58.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1214  carbon storage regulator  44.83 
 
 		 65 aa  58.9  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000424179  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0884  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 60 aa  58.5  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3372  carbon storage regulator  44.07 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000318708  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1117  carbon storage regulator  44.07 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00529812  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3338  carbon storage regulator  40.98 
 
 		 65 aa  58.2  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0466737  hitchhiker  0.0000666131 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3210  carbon storage regulator  44.07 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00230567  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0984  carbon storage regulator  44.07 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00625603  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3014  carbon storage regulator, CsrA  37.68 
 
 		 71 aa  58.2  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00086435  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0772  carbon storage regulator  38.33 
 
 		 83 aa  58.2  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1050  carbon storage regulator  45 
 
 		 64 aa  58.2  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000586166  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0967  carbon storage regulator, CsrA  47.06 
 
 		 65 aa  58.2  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00770728  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1613  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 81 aa  58.2  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000487274  hitchhiker  0.00000000608552 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3237  carbon storage regulator  44.07 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000628305  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1319  carbon storage regulator  40.98 
 
 		 65 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0138416  hitchhiker  0.00721539 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0999  carbon storage regulator  44.07 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1058  carbon storage regulator  47.83 
 
 		 75 aa  58.2  0.00000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02546  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0993  carbon storage regulator, CsrA  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000137692  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3135  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000287741  hitchhiker  0.000767702 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0391  carbon storage regulator  39.29 
 
 		 64 aa  57.8  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3028  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000946533  decreased coverage  0.00000698794 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3942  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000017158  normal  0.528243 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3012  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00129826  hitchhiker  0.0000233045 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3181  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000800823  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0196  carbon storage regulator  39.24 
 
 		 76 aa  57.8  0.00000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2818  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306437  hitchhiker  0.000110428 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3171  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000051155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2977  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  decreased coverage  0.0000534351 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02511  hypothetical protein  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1016  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000119798  hitchhiker  0.00141183 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2832  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.37638e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2979  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000170939  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2945  carbon storage regulator  42.37 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103416  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1629  carbon storage regulator  46.15 
 
 		 64 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634054  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1479  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  36.92 
 
 		 66 aa  57.4  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0325311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52570  carbon storage regulator  40.74 
 
 		 61 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0097749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4610  carbon storage regulator  40.74 
 
 		 61 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2401  carbon storage regulator, CsrA  40.68 
 
 		 79 aa  57.4  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2901  carbon storage regulator  40.74 
 
 		 61 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.748507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5234  carbon storage regulator, CsrA  47.27 
 
 		 80 aa  57  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>