166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0388 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_0388  carbon storage regulator, CsrA  100 
 
 		 89 aa  170  6.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.224817  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0614  carbon storage regulator, CsrA  52.78 
 
 		 83 aa  75.1  0.0000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0309  carbon storage regulator, CsrA  53.52 
 
 		 72 aa  73.6  0.0000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3224  carbon storage regulator  56.25 
 
 		 79 aa  72.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0019  carbon storage regulator, CsrA  46.38 
 
 		 77 aa  72  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3026  carbon storage regulator  56.67 
 
 		 82 aa  71.6  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2232  carbon storage regulator  48.72 
 
 		 78 aa  71.2  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000917827 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5234  carbon storage regulator, CsrA  54.24 
 
 		 80 aa  70.1  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2239  carbon storage regulator, CsrA  52.54 
 
 		 75 aa  68.6  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0196  carbon storage regulator  48.53 
 
 		 76 aa  68.6  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1511  carbon storage regulator, CsrA  51.72 
 
 		 83 aa  67.4  0.00000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2005  carbon storage regulator, CsrA  49.37 
 
 		 92 aa  67  0.00000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.264193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2417  carbon storage regulator, CsrA  43.75 
 
 		 80 aa  66.6  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0668  carbon storage regulator, CsrA  50.85 
 
 		 88 aa  66.2  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0099  carbon storage regulator, CsrA  50.85 
 
 		 72 aa  65.5  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0246  carbon storage regulator, CsrA  56.9 
 
 		 75 aa  65.9  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3041  carbon storage regulator  47.46 
 
 		 79 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0311  carbon storage regulator  55.36 
 
 		 65 aa  64.3  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31000  carbon storage regulator CsrA  46.51 
 
 		 96 aa  64.3  0.0000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0440  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  47.46 
 
 		 78 aa  63.5  0.0000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0673  carbon storage regulator, CsrA  42.68 
 
 		 83 aa  63.5  0.0000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000523838  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0697  carbon storage regulator, CsrA  42.68 
 
 		 83 aa  63.5  0.0000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000794724  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17090  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 81 aa  63.5  0.0000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4097  carbon storage regulator, CsrA  44.07 
 
 		 79 aa  63.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0439  carbon storage regulator, CsrA  52.54 
 
 		 76 aa  62.4  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0669  carbon storage regulator, CsrA  42.03 
 
 		 79 aa  62  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0307434 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0992  carbon storage regulator, CsrA  48.48 
 
 		 103 aa  62  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.159406  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4191  carbon storage regulator, CsrA  47.62 
 
 		 77 aa  62  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1058  carbon storage regulator  43.66 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0772  carbon storage regulator  44.07 
 
 		 83 aa  60.1  0.000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1479  carbon storage regulator, CsrA  38.98 
 
 		 67 aa  58.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0228801  normal  0.253432 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0928  carbon storage regulator  33.73 
 
 		 85 aa  58.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0829  carbon storage regulator, CsrA  42.86 
 
 		 99 aa  58.5  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267846  normal  0.671396 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1677  carbon storage regulator, CsrA  47.46 
 
 		 90 aa  58.2  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.322482  normal  0.92927 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3093  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  43.55 
 
 		 77 aa  57.8  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1478  carbon storage regulator, CsrA  53.33 
 
 		 117 aa  57.4  0.00000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.24481  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1669  carbon storage regulator, CsrA  48.28 
 
 		 78 aa  57  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1746  carbon storage regulator, CsrA  47.46 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0391  carbon storage regulator  37.93 
 
 		 64 aa  56.6  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00146  carbon storage regulator  38.98 
 
 		 70 aa  56.6  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.144727  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3968  carbon storage regulator, CsrA  47.46 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.934134  normal  0.143623 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2360  carbon storage regulator, CsrA  37.7 
 
 		 86 aa  56.6  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3832  carbon storage regulator  43.75 
 
 		 65 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0750  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  54.17 
 
 		 77 aa  55.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.708903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1938  carbon storage regulator  43.75 
 
 		 65 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.219334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0211  carbon storage regulator, CsrA  44.62 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.363506  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0184  carbon storage regulator  45.9 
 
 		 81 aa  55.8  0.0000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3547  carbon storage regulator  43.75 
 
 		 65 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375878 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1629  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 64 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634054  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1479  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  36.21 
 
 		 66 aa  55.1  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0325311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3201  carbon storage regulator  47.27 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.481754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0714  carbon storage regulator  44.29 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1651  carbon storage regulator, CsrA  41.18 
 
 		 71 aa  54.7  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1912  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  48.15 
 
 		 64 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0207857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3150  carbon storage regulator  34.38 
 
 		 78 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.415612  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0992  carbon storage regulator  35.59 
 
 		 70 aa  54.3  0.0000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000161482  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0885  carbon storage regulator  35.59 
 
 		 70 aa  54.3  0.0000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  1.4873100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3751  carbon storage regulator  46.3 
 
 		 64 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0967  carbon storage regulator, CsrA  38.89 
 
 		 65 aa  54.3  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00770728  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0845  carbon storage regulator  35.09 
 
 		 64 aa  53.9  0.0000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1291  carbon storage regulator, CsrA  41.18 
 
 		 64 aa  53.9  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.341556  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0820  carbon storage regulator  35.09 
 
 		 64 aa  53.9  0.0000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2401  carbon storage regulator, CsrA  36.51 
 
 		 79 aa  53.9  0.0000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1338  carbon storage regulator, CsrA  42.37 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0204  carbon storage regulator  43.14 
 
 		 61 aa  53.5  0.0000009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0075  carbon storage regulator  35 
 
 		 65 aa  53.5  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000905817  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02546  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0993  carbon storage regulator, CsrA  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000137692  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1631  carbon storage regulator  38.03 
 
 		 75 aa  52.8  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.635349  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3028  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000946533  decreased coverage  0.00000698794 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3181  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000800823  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002523  carbon storage regulator  37.04 
 
 		 65 aa  53.1  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000181679  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3210  carbon storage regulator  37.04 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00230567  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0637  carbon storage regulator  37.04 
 
 		 66 aa  53.1  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02511  hypothetical protein  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0999  carbon storage regulator  37.04 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0627  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  41.18 
 
 		 65 aa  53.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000917661  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1117  carbon storage regulator  37.04 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00529812  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3378  carbon storage regulator, CsrA  37.04 
 
 		 58 aa  53.1  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000923466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3171  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000051155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3012  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00129826  hitchhiker  0.0000233045 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3135  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000287741  hitchhiker  0.000767702 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2387  regulatory protein  44.23 
 
 		 123 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.240856  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3237  carbon storage regulator  37.04 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000628305  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2977  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  decreased coverage  0.0000534351 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03509  carbon storage regulator  37.04 
 
 		 65 aa  53.1  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2832  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.37638e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2979  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000170939  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3942  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000017158  normal  0.528243 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0984  carbon storage regulator  37.04 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00625603  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2945  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103416  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3372  carbon storage regulator  37.04 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000318708  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1016  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000119798  hitchhiker  0.00141183 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2818  carbon storage regulator  37.74 
 
 		 61 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306437  hitchhiker  0.000110428 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02845  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 63 aa  52.4  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000287384  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2355  carbon storage regulator  50.67 
 
 		 75 aa  52.8  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3566  carbon storage regulator  44.44 
 
 		 62 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.054152  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1588  carbon storage regulator, CsrA  47.46 
 
 		 70 aa  52.8  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2420  carbon storage regulator, CsrA  41.38 
 
 		 78 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.404461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3113  carbon storage regulator  35.85 
 
 		 65 aa  52  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000181865  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>