152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1058 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_1058  carbon storage regulator  100 
 
 		 75 aa  143  9e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1246  carbon storage regulator  83.56 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.215113  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1121  carbon storage regulator  83.56 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0619  carbon storage regulator  83.56 
 
 		 75 aa  105  3e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.760679  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0714  carbon storage regulator  57.33 
 
 		 75 aa  76.6  0.0000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0062  carbon storage regulator  48.68 
 
 		 76 aa  70.9  0.000000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2417  carbon storage regulator, CsrA  51.35 
 
 		 80 aa  69.3  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0246  carbon storage regulator, CsrA  49.3 
 
 		 75 aa  66.2  0.0000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2278  carbon storage regulator  67.35 
 
 		 85 aa  66.6  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1669  carbon storage regulator, CsrA  49.3 
 
 		 78 aa  65.1  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0439  carbon storage regulator, CsrA  55.17 
 
 		 76 aa  64.7  0.0000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2232  carbon storage regulator  48 
 
 		 78 aa  63.5  0.0000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000917827 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0614  carbon storage regulator, CsrA  49.33 
 
 		 83 aa  62.4  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0196  carbon storage regulator  51.72 
 
 		 76 aa  62.4  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3470  carbon storage regulator  54 
 
 		 75 aa  62  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.699111  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1631  carbon storage regulator  45.95 
 
 		 75 aa  61.2  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.635349  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0099  carbon storage regulator, CsrA  41.67 
 
 		 72 aa  60.8  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0669  carbon storage regulator, CsrA  53.45 
 
 		 79 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0307434 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0309  carbon storage regulator, CsrA  49.3 
 
 		 72 aa  58.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0604  carbon storage regulator, CsrA  37.33 
 
 		 86 aa  59.3  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5234  carbon storage regulator, CsrA  41.1 
 
 		 80 aa  58.2  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0697  carbon storage regulator  50 
 
 		 76 aa  58.2  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1511  carbon storage regulator, CsrA  47.83 
 
 		 83 aa  58.2  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2239  carbon storage regulator, CsrA  46.67 
 
 		 75 aa  57.4  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0673  carbon storage regulator, CsrA  47.3 
 
 		 83 aa  57  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000523838  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0697  carbon storage regulator, CsrA  47.3 
 
 		 83 aa  57  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000794724  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4097  carbon storage regulator, CsrA  46.55 
 
 		 79 aa  56.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3224  carbon storage regulator  44 
 
 		 79 aa  56.2  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31000  carbon storage regulator CsrA  41.54 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0668  carbon storage regulator, CsrA  45 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0992  carbon storage regulator, CsrA  42.86 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.159406  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0184  carbon storage regulator  49.09 
 
 		 81 aa  54.3  0.0000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0388  carbon storage regulator, CsrA  54.17 
 
 		 89 aa  54.3  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.224817  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3026  carbon storage regulator  43.24 
 
 		 82 aa  53.9  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1147  global regulator protein CsrA  40 
 
 		 83 aa  53.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2005  carbon storage regulator, CsrA  42.47 
 
 		 92 aa  53.1  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.264193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0884  carbon storage regulator, CsrA  48.94 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0772  carbon storage regulator  31.51 
 
 		 83 aa  52  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0992  carbon storage regulator  39.13 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000161482  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0885  carbon storage regulator  39.13 
 
 		 70 aa  52  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  1.4873100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0211  carbon storage regulator, CsrA  44.83 
 
 		 80 aa  52.4  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.363506  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0440  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  43.48 
 
 		 78 aa  52  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0019  carbon storage regulator, CsrA  41.67 
 
 		 77 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3041  carbon storage regulator  42.47 
 
 		 79 aa  51.6  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1296  carbon storage regulator, CsrA  41.51 
 
 		 62 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.760473  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0311  carbon storage regulator  40.68 
 
 		 65 aa  50.8  0.000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2360  carbon storage regulator, CsrA  36.21 
 
 		 86 aa  50.4  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17090  carbon storage regulator, CsrA  37.84 
 
 		 81 aa  50.8  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1912  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  43.4 
 
 		 64 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0207857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2401  carbon storage regulator, CsrA  37.29 
 
 		 79 aa  49.7  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2420  carbon storage regulator, CsrA  44.07 
 
 		 78 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.404461 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2998  carbon storage regulator  44.68 
 
 		 66 aa  50.1  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1588  carbon storage regulator, CsrA  44.07 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1338  carbon storage regulator, CsrA  38.46 
 
 		 60 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0391  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 64 aa  47.4  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3093  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  35.9 
 
 		 77 aa  47.4  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2472  carbon storage regulator, CsrA  33.85 
 
 		 70 aa  47.8  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1478  carbon storage regulator, CsrA  40.62 
 
 		 117 aa  47  0.00008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.24481  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1746  carbon storage regulator, CsrA  39.62 
 
 		 59 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1291  carbon storage regulator, CsrA  38.89 
 
 		 64 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.341556  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0627  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  37.04 
 
 		 65 aa  46.2  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000917661  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1651  carbon storage regulator, CsrA  35.19 
 
 		 71 aa  46.6  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3968  carbon storage regulator, CsrA  39.62 
 
 		 59 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.934134  normal  0.143623 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2526  carbon storage regulator, CsrA  35.59 
 
 		 79 aa  45.4  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3150  carbon storage regulator  35.59 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.415612  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0967  carbon storage regulator, CsrA  37.04 
 
 		 65 aa  45.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00770728  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1306  carbon storage regulator, CsrA  29.58 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3426  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3566  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 62 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.054152  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3339  carbon storage regulator  38.89 
 
 		 62 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.114105  hitchhiker  0.000524878 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1462  carbon storage regulator  33.33 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000365712  hitchhiker  0.0000230945 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1640  carbon storage regulator  33.33 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  hitchhiker  0.000536973 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1129  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000102923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1200  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000197076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1479  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  33.33 
 
 		 66 aa  45.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0325311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52570  carbon storage regulator  33.33 
 
 		 61 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0097749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1130  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0359  carbon storage regulator, CsrA  36.07 
 
 		 71 aa  45.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0110429  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3113  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000181865  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2901  carbon storage regulator  33.33 
 
 		 61 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.748507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1252  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000170855  hitchhiker  0.00000000459376 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4610  carbon storage regulator  33.33 
 
 		 61 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3122  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000135841  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1319  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0138416  hitchhiker  0.00721539 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1197  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000599283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3265  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000015331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3338  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0466737  hitchhiker  0.0000666131 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2970  carbon storage regulator, CsrA  50 
 
 		 77 aa  44.7  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1064  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.998341  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1050  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 64 aa  45.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000586166  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2743  carbon storage regulator  35.19 
 
 		 65 aa  45.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000840228  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1612  carbon storage regulator, CsrA  32.26 
 
 		 82 aa  44.7  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.734443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3832  carbon storage regulator  39.62 
 
 		 65 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1938  carbon storage regulator  39.62 
 
 		 65 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.219334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1613  carbon storage regulator  31.48 
 
 		 81 aa  44.3  0.0005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000487274  hitchhiker  0.00000000608552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2387  regulatory protein  39.22 
 
 		 123 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.240856  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3547  carbon storage regulator  39.62 
 
 		 65 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375878 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3201  carbon storage regulator  39.62 
 
 		 65 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.481754  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0993  carbon storage regulator, CsrA  33.33 
 
 		 61 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000137692  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2945  carbon storage regulator  33.33 
 
 		 61 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>