122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1209 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1209  formyl transferase domain-containing protein  100 
 
 
284 aa  584  1e-166  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.111228 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2809  putative sensor protein  31.54 
 
 
591 aa  158  9e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247424  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2013  formyl transferase domain-containing protein  34.87 
 
 
575 aa  157  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1957  formyl transferase domain-containing protein  32.7 
 
 
602 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3348  formyl transferase-like protein  33.33 
 
 
588 aa  152  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1541  formyl transferase-like protein  33.69 
 
 
579 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00137712  normal  0.223229 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4501  formyl transferase domain-containing protein  32.95 
 
 
564 aa  142  7e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0099906 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1425  NiFe-hydrogenase maturation factor, HypX/HoxX type  32.55 
 
 
546 aa  141  9e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.494812  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4101  formyl transferase-like  35.2 
 
 
565 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0525  hydrogenase regulation HoxX  33.08 
 
 
565 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3963  formyl transferase  34.8 
 
 
558 aa  132  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3127  enoyl-CoA hydratase/isomerase  32.55 
 
 
572 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.141075 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2450  formyl transferase domain-containing protein  32.57 
 
 
590 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.015137 
 
 
-
 
NC_006687  CNE00720  conserved hypothetical protein  24.55 
 
 
955 aa  72  0.00000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.107944  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0907  methionyl-tRNA formyltransferase  25.84 
 
 
310 aa  63.5  0.000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000822843  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  23.64 
 
 
320 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0864  methionyl-tRNA formyltransferase  26.29 
 
 
311 aa  55.1  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000069502  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0513  methionyl-tRNA formyltransferase  23.15 
 
 
319 aa  53.5  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.690355  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4832  methionyl-tRNA formyltransferase  25.93 
 
 
306 aa  53.1  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000322713  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0943  methionyl-tRNA formyltransferase  23.61 
 
 
326 aa  52.4  0.000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  20.83 
 
 
307 aa  51.6  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0014  methionyl-tRNA formyltransferase  23.3 
 
 
329 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4017  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  23.71 
 
 
660 aa  52  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296213  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0055  methionyl-tRNA formyltransferase  22.55 
 
 
311 aa  51.6  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000555853 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  21.51 
 
 
327 aa  52  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  26.09 
 
 
297 aa  51.6  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1063  methionyl-tRNA formyltransferase  24.53 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2518  methionyl-tRNA formyltransferase  23.56 
 
 
314 aa  51.2  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000107655  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4081  methionyl-tRNA formyltransferase  24.08 
 
 
330 aa  50.4  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  25 
 
 
305 aa  49.7  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.342124  normal  0.0280325 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3975  putative formyltransferase  27.62 
 
 
311 aa  49.3  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1727  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  26.71 
 
 
667 aa  49.3  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2610  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  26.71 
 
 
667 aa  49.3  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1833  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  26.71 
 
 
667 aa  49.3  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2077  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  23.55 
 
 
660 aa  49.3  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  25.36 
 
 
299 aa  48.9  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4226  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  25 
 
 
663 aa  49.3  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2647  hypothetical protein  22.29 
 
 
314 aa  48.5  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5891  formyl transferase domain-containing protein  25.56 
 
 
284 aa  48.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.487641  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0310  methionyl-tRNA formyltransferase  21.51 
 
 
328 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3908  methionyl-tRNA formyltransferase  21.2 
 
 
255 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3607  methionyl-tRNA formyltransferase  22.22 
 
 
314 aa  47.8  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2517  hypothetical protein  22.86 
 
 
314 aa  48.1  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3920  methionyl-tRNA formyltransferase  26.79 
 
 
325 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  21.47 
 
 
322 aa  47.8  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3217  methionyl-tRNA formyltransferase  25.35 
 
 
316 aa  47.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163749  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0316  methionyl-tRNA formyltransferase  22.77 
 
 
311 aa  47.4  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3717  methionyl-tRNA formyltransferase  22.22 
 
 
314 aa  47.4  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00223065  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3625  methionyl-tRNA formyltransferase  22.22 
 
 
314 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000492096  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4004  methionyl-tRNA formyltransferase  22.22 
 
 
314 aa  47.4  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3880  methionyl-tRNA formyltransferase  22.22 
 
 
314 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.43125e-17 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1278  methionyl-tRNA formyltransferase  22.22 
 
 
314 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.289128 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  21.77 
 
 
318 aa  47  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3965  methionyl-tRNA formyltransferase  22.22 
 
 
314 aa  47  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  22.18 
 
 
318 aa  47  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2129  methionyl-tRNA formyltransferase-like  21.2 
 
 
307 aa  47  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.96137 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3147  methionyl-tRNA formyltransferase  24.58 
 
 
313 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  0.377579 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5673  formyl transferase domain-containing protein  25 
 
 
284 aa  47  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0384109 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3914  methionyl-tRNA formyltransferase  21.78 
 
 
314 aa  47  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00718662  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  22.49 
 
 
308 aa  46.2  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  21.55 
 
 
313 aa  46.6  0.0005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.691189  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0050  methionyl-tRNA formyltransferase  20.75 
 
 
319 aa  46.6  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.977686  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0143  methionyl-tRNA formyltransferase  20.11 
 
 
327 aa  46.2  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1599  methionyl-tRNA formyltransferase  25.42 
 
 
309 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0493449 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  20.11 
 
 
327 aa  46.2  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  25.81 
 
 
302 aa  45.8  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  20.11 
 
 
327 aa  46.2  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2805  methionyl-tRNA formyltransferase  20.11 
 
 
337 aa  45.8  0.0008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2275  methionyl-tRNA formyltransferase  20.11 
 
 
337 aa  45.8  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0160  methionyl-tRNA formyltransferase  20.11 
 
 
327 aa  45.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2353  methionyl-tRNA formyltransferase  20.11 
 
 
337 aa  45.8  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0409  methionyl-tRNA formyltransferase  21.55 
 
 
313 aa  45.8  0.0008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1635  methionyl-tRNA formyltransferase  23.73 
 
 
309 aa  45.8  0.0009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.138536  normal  0.117912 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3689  methionyl-tRNA formyltransferase  22.12 
 
 
314 aa  45.8  0.0009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  18.91 
 
 
327 aa  45.4  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0597  methionyl-tRNA formyltransferase  25.14 
 
 
309 aa  45.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.411489  normal  0.365023 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2512  methionyl-tRNA formyltransferase  20.11 
 
 
330 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3126  methionyl-tRNA formyltransferase  20.11 
 
 
330 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879337  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0148  methionyl-tRNA formyltransferase  24.24 
 
 
305 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.576123 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1860  methionyl-tRNA formyltransferase  23.98 
 
 
315 aa  45.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.346485  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2582  methionyl-tRNA formyltransferase  23.33 
 
 
328 aa  45.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.0097642  normal  0.0138205 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3142  methionyl-tRNA formyltransferase  20.11 
 
 
330 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1917  methionyl-tRNA formyltransferase  26.27 
 
 
309 aa  45.4  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741308  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4591  putative formyltransferase  25.11 
 
 
308 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00877136  hitchhiker  0.00199709 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3225  methionyl-tRNA formyltransferase  26.51 
 
 
313 aa  44.3  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0188786 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  18.6 
 
 
327 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02181  hypothetical protein  22.28 
 
 
660 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1403  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.28 
 
 
660 aa  43.9  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2691  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  23.87 
 
 
664 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323806  normal  0.284705 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1053  methionyl-tRNA formyltransferase  20.2 
 
 
312 aa  43.9  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3877  methionyl-tRNA formyltransferase  22.81 
 
 
323 aa  43.9  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2400  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  22.28 
 
 
660 aa  44.3  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2550  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  22.28 
 
 
660 aa  43.9  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2232  methionyl-tRNA formyltransferase  22.94 
 
 
313 aa  43.9  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1394  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  22.28 
 
 
660 aa  43.9  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3634  putative formyltransferase  23.95 
 
 
298 aa  43.9  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.374471  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02140  hypothetical protein  22.28 
 
 
660 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3396  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  22.28 
 
 
660 aa  44.3  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2040  methionyl-tRNA formyltransferase  21.5 
 
 
369 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  18.6 
 
 
327 aa  43.5  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>