168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4655 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4655  putative regulatory lipoprotein  100 
 
 		 395 aa  779    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4658  extracellular solute-binding protein  33.93 
 
 		 440 aa  182  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4801  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 		 442 aa  152  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.433474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2968  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 445 aa  146  7.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.812096 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3241  phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC, putative  28.5 
 
 		 419 aa  133  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.560629 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2683  putative phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC  26.11 
 
 		 437 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.322745  normal  0.30829 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0644  putative phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC  29.93 
 
 		 440 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.788627  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2587  phosphoglycerate transport: protein for signal transmission  28.96 
 
 		 436 aa  126  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.259528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2651  phosphoglycerate transport: protein for signal transmission  28.94 
 
 		 407 aa  126  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0959912  hitchhiker  0.000467532 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2751  putative phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC  25.94 
 
 		 437 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2628  phosphoglycerate transport: protein for signal transmission  28.96 
 
 		 436 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2539  phosphoglycerate transport: protein for signal transmission  29.18 
 
 		 436 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52130  periplasmic binding protein  32.14 
 
 		 388 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1990  putative regulatory lipoprotein  28.05 
 
 		 419 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.307134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3495  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 375 aa  110  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0500866  normal  0.246878 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1808  extracellular solute-binding protein  33.51 
 
 		 514 aa  83.2  0.000000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1485  extracellular solute-binding protein  31.61 
 
 		 470 aa  80.1  0.00000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0472403  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  24.81 
 
 		 341 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  24.81 
 
 		 341 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25.18 
 
 		 347 aa  76.3  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  22.39 
 
 		 333 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  24.83 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  26.22 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  24.5 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 342 aa  72  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 341 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 350 aa  70.5  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.44 
 
 		 341 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  25.9 
 
 		 341 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 		 322 aa  68.9  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.14 
 
 		 347 aa  68.9  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5110  putative lipoprotein  27.89 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4941  ABC transporter substrate-binding protein  27.89 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4956  ABC transporter substrate-binding protein  28.57 
 
 		 344 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5501  putative lipoprotein  27.89 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  22.64 
 
 		 345 aa  68.6  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5430  putative lipoprotein  28.57 
 
 		 344 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 343 aa  68.9  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5376  putative lipoprotein  28.57 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5350  putative lipoprotein  27.89 
 
 		 344 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  21.67 
 
 		 343 aa  67  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04877  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  23.53 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  31.03 
 
 		 325 aa  66.6  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5052  putative lipoprotein  30.61 
 
 		 344 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1363  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 		 340 aa  66.2  0.0000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.634696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0075  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 498 aa  66.2  0.0000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.735503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.24 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  27.32 
 
 		 342 aa  65.9  0.000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000766  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.2 
 
 		 336 aa  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25.76 
 
 		 341 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  22.42 
 
 		 342 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 340 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0051  extracellular solute-binding protein family 1  31.21 
 
 		 378 aa  65.1  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115612  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0223  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.79 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4911  extracellular solute-binding protein  31.54 
 
 		 333 aa  64.7  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.82 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.001131  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0120  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 340 aa  64.7  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3791  ABC transporter, substrate-binding protein  27.89 
 
 		 344 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0223  hypothetical protein  28.99 
 
 		 339 aa  62.4  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0214  ABC transporter periplasmic-binding protein  30.36 
 
 		 337 aa  62.8  0.00000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.308816 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.7 
 
 		 341 aa  62.4  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  21.46 
 
 		 346 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.7 
 
 		 341 aa  62.4  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  21.46 
 
 		 358 aa  62  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  21.46 
 
 		 358 aa  62  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  21.46 
 
 		 358 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  21.46 
 
 		 358 aa  62  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  21.46 
 
 		 358 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  21.46 
 
 		 358 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  24.81 
 
 		 351 aa  62  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  21.46 
 
 		 358 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1078  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1048  extracellular solute-binding protein  19.55 
 
 		 356 aa  61.6  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  25.09 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0811  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  22.83 
 
 		 358 aa  60.1  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25.09 
 
 		 351 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1958  ABC transporter periplasmic-binding protein  29.94 
 
 		 338 aa  59.3  0.0000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0213047  hitchhiker  1.86869e-16 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 343 aa  58.5  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 		 340 aa  58.9  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1007  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 485 aa  58.5  0.0000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.256846  decreased coverage  0.000168852 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  21 
 
 		 358 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  23.27 
 
 		 346 aa  57.8  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2746  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.66 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  27.46 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5572  putative lipoprotein  27.21 
 
 		 344 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1168  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 516 aa  57  0.0000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.731614  normal  0.0353149 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5382  putative lipoprotein  27.21 
 
 		 344 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 		 341 aa  57  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0924  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 		 334 aa  57  0.0000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  27.46 
 
 		 344 aa  57  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0248  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 511 aa  57  0.0000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.370696 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 		 326 aa  57  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 		 342 aa  56.2  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2140  ABC transporter periplasmic-binding protein  28.57 
 
 		 338 aa  55.8  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  27.46 
 
 		 343 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>