More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3726 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3726  30S ribosomal protein S2  100 
 
 		 261 aa  533  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.361852 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1510  30S ribosomal protein S2  87.55 
 
 		 274 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.954561  normal  0.0221668 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2860  30S ribosomal protein S2  88.35 
 
 		 253 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1433  30S ribosomal protein S2  88.26 
 
 		 251 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086997 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1548  30S ribosomal protein S2  85.48 
 
 		 259 aa  435  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.403357 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2306  30S ribosomal protein S2  85.95 
 
 		 276 aa  436  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.690808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1210  30S ribosomal protein S2  84.17 
 
 		 256 aa  418  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1162  30S ribosomal protein S2  70.68 
 
 		 256 aa  382  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.278359  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1131  30S ribosomal protein S2  68.08 
 
 		 255 aa  380  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.439275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4517  30S ribosomal protein S2  68.11 
 
 		 330 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1776  30S ribosomal protein S2  67.95 
 
 		 255 aa  377  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1119  30S ribosomal protein S2  70.04 
 
 		 254 aa  379  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.681588  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1583  30S ribosomal protein S2  67.57 
 
 		 255 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2029  30S ribosomal protein S2  69.48 
 
 		 256 aa  376  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1859  30S ribosomal protein S2  67.87 
 
 		 332 aa  375  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.113122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4827  30S ribosomal protein S2  68.11 
 
 		 349 aa  374  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356192  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2436  30S ribosomal protein S2  69.48 
 
 		 334 aa  374  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1694  30S ribosomal protein S2  69.08 
 
 		 332 aa  377  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0583  30S ribosomal protein S2  64.86 
 
 		 271 aa  372  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0651099  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2223  30S ribosomal protein S2  66.93 
 
 		 361 aa  370  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9516  30S ribosomal protein S2  65.62 
 
 		 307 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1381  30S ribosomal protein S2  66.41 
 
 		 267 aa  369  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2528  30S ribosomal protein S2  68.03 
 
 		 248 aa  365  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1698  30S ribosomal protein S2  66.93 
 
 		 349 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2073  30S ribosomal protein S2  67.21 
 
 		 355 aa  359  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.193389  normal  0.160852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2347  30S ribosomal protein S2  67.21 
 
 		 355 aa  359  2e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.473707 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3450  30S ribosomal protein S2  65.57 
 
 		 355 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0387566  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3268  30S ribosomal protein S2  67.72 
 
 		 331 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138284  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2857  30S ribosomal protein S2  67.87 
 
 		 331 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.32716  normal  0.180299 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4439  30S ribosomal protein S2  66.67 
 
 		 334 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000842833 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2828  30S ribosomal protein S2  66.93 
 
 		 331 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00696653  normal  0.845616 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2033  30S ribosomal protein S2  67.62 
 
 		 354 aa  351  7e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0655537 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3196  ribosomal protein S2  65.85 
 
 		 253 aa  350  8.999999999999999e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1380  30S ribosomal protein S2  67.21 
 
 		 288 aa  349  3e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.272546  normal  0.0375782 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1694  30S ribosomal protein S2  66.13 
 
 		 349 aa  345  6e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1586  30S ribosomal protein S2  64.26 
 
 		 262 aa  343  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.551794  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3347  30S ribosomal protein S2  66.39 
 
 		 260 aa  342  2.9999999999999997e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.259933  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2805  30S ribosomal protein S2  62.95 
 
 		 313 aa  342  2.9999999999999997e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00564496  normal  0.683477 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1694  30S ribosomal protein S2  62.93 
 
 		 256 aa  340  9e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.559566  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0460  30S ribosomal protein S2  60.24 
 
 		 250 aa  320  9.999999999999999e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.968608 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1960  30S ribosomal protein S2  58.69 
 
 		 277 aa  315  5e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1369  30S ribosomal protein S2  61.34 
 
 		 251 aa  313  9.999999999999999e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.512665  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1553  ribosomal protein S2  59.38 
 
 		 242 aa  292  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0563  30S ribosomal protein S2  58.48 
 
 		 301 aa  283  1.0000000000000001e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000123477  normal  0.223242 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0295  30S ribosomal protein S2  59.28 
 
 		 343 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0422466  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0284  30S ribosomal protein S2  59.28 
 
 		 314 aa  280  1e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.522399  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0517  30S ribosomal protein S2  52.24 
 
 		 291 aa  280  2e-74  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.285229  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0514  30S ribosomal protein S2  52.24 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0273  30S ribosomal protein S2  59.82 
 
 		 301 aa  279  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1160  ribosomal protein S2  57.83 
 
 		 250 aa  278  9e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1444  ribosomal protein S2  57.83 
 
 		 250 aa  278  9e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152019  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1249  ribosomal protein S2  55.8 
 
 		 243 aa  277  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0295  30S ribosomal protein S2  57.92 
 
 		 315 aa  276  3e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0657172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1338  30S ribosomal protein S2  57.27 
 
 		 250 aa  274  8e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2108  30S ribosomal protein S2  58.64 
 
 		 254 aa  275  8e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1921  30S ribosomal protein S2  54.98 
 
 		 267 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.7747799999999994e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3360  30S ribosomal protein S2  57.33 
 
 		 241 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.720807  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2708  30S ribosomal protein S2  52.11 
 
 		 257 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52443  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0941  30S ribosomal protein S2  57.33 
 
 		 241 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0031234  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1445  30S ribosomal protein S2  58.18 
 
 		 242 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000563194  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1481  30S ribosomal protein S2  58.18 
 
 		 242 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000136329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1450  30S ribosomal protein S2  58.18 
 
 		 242 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000541736  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2902  30S ribosomal protein S2  58.18 
 
 		 242 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000838626  normal  0.171153 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3161  30S ribosomal protein S2  54.43 
 
 		 242 aa  273  3e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00024185  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0238  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  272  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.593758 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0256  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  272  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.424632  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1322  30S ribosomal protein S2  57.46 
 
 		 295 aa  272  5.000000000000001e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0238  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  272  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0254  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  272  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.965891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0241  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  272  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1851  30S ribosomal protein S2  56.12 
 
 		 242 aa  272  5.000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1348  30S ribosomal protein S2  58.18 
 
 		 242 aa  271  6e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164287  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3281  30S ribosomal protein S2  54.01 
 
 		 242 aa  271  6e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000428583  hitchhiker  0.0000650106 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1629  30S ribosomal protein S2  58.18 
 
 		 242 aa  271  7e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3165  30S ribosomal protein S2  56.44 
 
 		 241 aa  271  7e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1682  30S ribosomal protein S2  56.36 
 
 		 250 aa  271  7e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00674019  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0707  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  271  7e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0255267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2641  30S ribosomal protein S2  58.18 
 
 		 242 aa  271  7e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000811634  normal  0.237811 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2708  30S ribosomal protein S2  58.18 
 
 		 242 aa  271  7e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000765128  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2815  30S ribosomal protein S2  58.18 
 
 		 242 aa  271  7e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000040068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0162  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  271  9e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00314588  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1941  ribosomal protein S2  51.56 
 
 		 262 aa  271  9e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0173  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  271  9e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0245787  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1004  ribosomal protein S2  55.33 
 
 		 283 aa  271  9e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.663705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0171  30S ribosomal protein S2  56.39 
 
 		 241 aa  271  9e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.349633  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002746  SSU ribosomal protein S2p (SAe)  56.54 
 
 		 242 aa  270  1e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0133087  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1230  30S ribosomal protein S2  57.46 
 
 		 279 aa  270  1e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133873  normal  0.0467572 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2507  ribosomal protein S2  52.31 
 
 		 353 aa  270  1e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.282743  normal  0.375385 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2924  30S ribosomal protein S2  56.82 
 
 		 271 aa  270  1e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240537 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1554  30S ribosomal protein S2  57.27 
 
 		 242 aa  270  1e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000541684  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2178  30S ribosomal protein S2  55.42 
 
 		 251 aa  270  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00294119  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3434  ribosomal protein S2  55.95 
 
 		 241 aa  270  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.129061  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0180  30S ribosomal protein S2  55.95 
 
 		 241 aa  270  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2039  30S ribosomal protein S2  55.91 
 
 		 246 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00166  hypothetical protein  55.95 
 
 		 241 aa  270  2e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00754113  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3491  30S ribosomal protein S2  55.95 
 
 		 241 aa  270  2e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.177739  normal  0.659943 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2019  30S ribosomal protein S2  55.91 
 
 		 246 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1840  SSU ribosomal protein S2P  49.62 
 
 		 262 aa  270  2e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0179  30S ribosomal protein S2  55.95 
 
 		 241 aa  270  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0347621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1139  30S ribosomal protein S2  58.77 
 
 		 258 aa  270  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000783966  normal  0.110199 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>