44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3930 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  100 
 
 		 393 aa  806    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  34.26 
 
 		 374 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0502  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.14 
 
 		 400 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1348  retron reverse transcriptase  48.8 
 
 		 169 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  31.85 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.06 
 
 		 343 aa  154  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.56 
 
 		 394 aa  146  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  30.77 
 
 		 323 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1347  retron reverse transcriptase  33.68 
 
 		 209 aa  110  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.54 
 
 		 338 aa  87.8  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.54 
 
 		 338 aa  87.8  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  25 
 
 		 594 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.43 
 
 		 446 aa  78.6  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.11 
 
 		 364 aa  74.7  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  24.92 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.23 
 
 		 451 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  26.4 
 
 		 563 aa  73.2  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  22.84 
 
 		 584 aa  70.5  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  24.7 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  23.79 
 
 		 568 aa  70.1  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  24.7 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  23.18 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.29 
 
 		 449 aa  68.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  27.56 
 
 		 503 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.46 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  25.56 
 
 		 632 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  27.57 
 
 		 339 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.88 
 
 		 598 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  23.55 
 
 		 479 aa  67  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  26.98 
 
 		 541 aa  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  23.57 
 
 		 479 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  23.23 
 
 		 449 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  26.06 
 
 		 482 aa  62  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  22.9 
 
 		 449 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  22.9 
 
 		 449 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  23.14 
 
 		 658 aa  60.1  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.97 
 
 		 482 aa  59.7  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  22.38 
 
 		 440 aa  57.4  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  23.66 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  21.88 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4176  hypothetical protein  21.98 
 
 		 307 aa  54.3  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.91144  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  21.35 
 
 		 415 aa  54.7  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  25.5 
 
 		 321 aa  50.1  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0629  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25 
 
 		 411 aa  44.3  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>