86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1653 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1653  hypothetical protein  100 
 
 		 517 aa  1060    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0379372  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3725  ATPas  79.65 
 
 		 517 aa  858    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4727  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  48.28 
 
 		 722 aa  416  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.162949  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7438  GTPase subunit of restriction endonuclease-like  46.1 
 
 		 696 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4620  ATPase  57.91 
 
 		 862 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00433872  decreased coverage  0.0000000142009 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2910  ATPase  46.76 
 
 		 900 aa  360  4e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1980  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  45.6 
 
 		 605 aa  317  4e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.221935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1239  hypothetical protein  41.53 
 
 		 687 aa  297  3e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793158  hitchhiker  0.00100345 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0134  McrBC restriction endonuclease system, McrB subunit, putative  38.59 
 
 		 662 aa  273  7e-72  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.805752  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0174  McrBC restriction endonuclease system, McrB subunit, putative  39.34 
 
 		 603 aa  268  1e-70  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0152  putative McrBC restriction endonuclease system, McrB subunit  36.95 
 
 		 598 aa  233  5e-60  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.264336  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3670  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  35.09 
 
 		 685 aa  214  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4532  ATPase  52.28 
 
 		 691 aa  211  3e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.228072  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2660  GTPase subunit of restriction endonuclease-like  48.33 
 
 		 678 aa  209  7e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.928505  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3331  ATPase  51.78 
 
 		 685 aa  205  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0004  hypothetical protein  55.88 
 
 		 845 aa  203  7e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  decreased coverage  0.00169415  unclonable  0.0000000310884 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0992  McrB domain-containing protein  42.8 
 
 		 587 aa  199  1.0000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0192465  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0784  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  34.77 
 
 		 398 aa  197  3e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1590  AAA_5 ATPase  54.55 
 
 		 834 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.85228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4510  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  55.49 
 
 		 530 aa  184  4.0000000000000006e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.842895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3469  hypothetical protein  50 
 
 		 851 aa  180  5.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0603195  normal  0.212909 
 
 
-
 
NC_002950  PG0971  McrBC restriction endonuclease system, McrB subunit, putative  30.7 
 
 		 571 aa  176  9e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.361616 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3308  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  50.88 
 
 		 723 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.506634 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1298  ATPase  51.81 
 
 		 999 aa  153  8e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00022527  normal  0.161034 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1010  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  44.2 
 
 		 765 aa  149  1.0000000000000001e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000291313  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3198  ATPase  50.31 
 
 		 700 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0922607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2403  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  47.85 
 
 		 822 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.110421 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1385  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  44.51 
 
 		 683 aa  145  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0252  ATPase  41.08 
 
 		 498 aa  144  4e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.712243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3503  AAA_5 ATPase  46.3 
 
 		 666 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0226  endonuclease  39.9 
 
 		 498 aa  139  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1282  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  38.76 
 
 		 421 aa  126  1e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000106487  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3271  hypothetical protein  40.57 
 
 		 705 aa  125  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0401117  normal  0.182114 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1704  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  40.88 
 
 		 754 aa  125  3e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2031  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  40.94 
 
 		 481 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0504678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1214  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  46.06 
 
 		 732 aa  122  1.9999999999999998e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.581782 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04176  hypothetical protein  37.91 
 
 		 459 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04212  5-methylcytosine-specific restriction enzyme McrBC, subunit McrB  37.91 
 
 		 459 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3651  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  36.53 
 
 		 465 aa  120  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0846  ATPase  40.34 
 
 		 609 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.982991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0939  ATPase  41.71 
 
 		 810 aa  115  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.77127  unclonable  0.0000328299 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0829  ATPase  40.34 
 
 		 609 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0805  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  40.51 
 
 		 502 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00614825  hitchhiker  0.000290238 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2864  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  40.25 
 
 		 568 aa  110  6e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.528271  normal  0.79325 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05450  GTPase subunit of restriction endonuclease  41.82 
 
 		 853 aa  110  9.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3583  ATPase  40.33 
 
 		 539 aa  109  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4502  ATPase  40.24 
 
 		 734 aa  108  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.466398  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6961  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  40.51 
 
 		 626 aa  108  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00535787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7822  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  41.28 
 
 		 698 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0025  ATPase  40.85 
 
 		 629 aa  104  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3754  ATPase  37.14 
 
 		 805 aa  103  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.433643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0975  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  40.48 
 
 		 743 aa  102  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0514038 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6933  ATPase  36.57 
 
 		 781 aa  101  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0862  ATPase  39.52 
 
 		 743 aa  100  7e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.445688  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2840  AAA_5 ATPase associated with various cellular activities  42.33 
 
 		 741 aa  99.8  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.241934 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1359  ATPase  49.12 
 
 		 655 aa  97.8  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119024 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4769  ATPase  39.51 
 
 		 899 aa  97.1  7e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.361924 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3299  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  38.33 
 
 		 729 aa  95.1  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1909  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  29.23 
 
 		 795 aa  90.9  5e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0880  conserved hypothetical protein, putative ATPase, AAA family  31.64 
 
 		 638 aa  89.4  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0193575  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1562  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  35.81 
 
 		 603 aa  82.4  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2668  ATPase  35.03 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00285802  normal  0.904781 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0231  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  32.28 
 
 		 510 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0293694 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0951  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.91 
 
 		 590 aa  75.5  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1973  ATPase  35.22 
 
 		 450 aa  73.6  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0978731  normal  0.372719 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2235  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  33.33 
 
 		 585 aa  68.6  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.89284  hitchhiker  0.0000945382 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0822  polysulfide reductase chain C (sulfur reductase chain C)  35.71 
 
 		 412 aa  62.8  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000697352  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4335  R1.LlaJI  26.4 
 
 		 352 aa  60.8  0.00000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0970612  hitchhiker  0.000000213908 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3352  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  33.87 
 
 		 748 aa  56.2  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3008  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  31.43 
 
 		 449 aa  55.1  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00506367 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0817  ATPase  31.31 
 
 		 513 aa  54.3  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11951  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1009  type II restriction-modification system restriction subunit  30.93 
 
 		 513 aa  54.3  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.61014e-61 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0536  ATPase family associated with various cellular activities (AAA)  28.29 
 
 		 653 aa  54.3  0.000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000638897 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1956  ATPase  27.81 
 
 		 938 aa  52.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512123  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3015  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  31.06 
 
 		 530 aa  51.6  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0379  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  36.84 
 
 		 410 aa  51.2  0.00004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3744  hypothetical protein  45.76 
 
 		 218 aa  50.4  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1856  hypothetical protein  45.76 
 
 		 218 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0549673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0958  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  35.29 
 
 		 651 aa  50.1  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000872782  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0506  hypothetical protein  44.07 
 
 		 73 aa  50.1  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.670919 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1858  ATPase  32.38 
 
 		 524 aa  49.7  0.0001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.365948 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2266  ATPase  32.32 
 
 		 803 aa  46.6  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1053  ATPase  32.98 
 
 		 523 aa  44.3  0.005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.603764 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0225  conserved hypothetical protein, putative endonuclease  51.52 
 
 		 208 aa  43.5  0.008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.131581  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1992  ATPase  33.91 
 
 		 589 aa  43.5  0.009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1024  ATPase  31.33 
 
 		 668 aa  43.5  0.01  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>