More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4108 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4108  aminotransferase class-III  100 
 
 		 416 aa  843    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.443698 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3382  aminotransferase class-III  93.99 
 
 		 414 aa  752    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1890  4-aminobutyrate aminotransferase  77.67 
 
 		 415 aa  669    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.597951  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3515  aminotransferase class-III  77.67 
 
 		 415 aa  667    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.54229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3681  aminotransferase class-III  97.6 
 
 		 416 aa  807    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232958  hitchhiker  0.000511444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1756  aminotransferase class-III  98.8 
 
 		 416 aa  834    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00824203 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0893  aminotransferase class-III  57.66 
 
 		 423 aa  499  1e-140  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1618  4-aminobutyrate aminotransferase  49.49 
 
 		 420 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.346531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0007  aminotransferase class-III  44.61 
 
 		 425 aa  363  2e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.383992  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2782  4-aminobutyrate aminotransferase  45.32 
 
 		 426 aa  363  4e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.480055 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02518  4-aminobutyrate aminotransferase  45.32 
 
 		 426 aa  362  6e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02482  hypothetical protein  45.32 
 
 		 426 aa  362  6e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3904  4-aminobutyrate aminotransferase  45.08 
 
 		 426 aa  362  9e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.888156 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2972  4-aminobutyrate aminotransferase  44.98 
 
 		 427 aa  362  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.109466  normal  0.025416 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2937  4-aminobutyrate aminotransferase  44.98 
 
 		 427 aa  361  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.735836  normal  0.115833 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1021  4-aminobutyrate aminotransferase  44.84 
 
 		 426 aa  360  3e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1044  4-aminobutyrate aminotransferase  44.84 
 
 		 426 aa  360  3e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2797  4-aminobutyrate aminotransferase  44.84 
 
 		 426 aa  360  3e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2905  4-aminobutyrate aminotransferase  44.98 
 
 		 427 aa  360  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2989  4-aminobutyrate aminotransferase  44.74 
 
 		 427 aa  358  7e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0883038 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4229  4-aminobutyrate aminotransferase  46.23 
 
 		 428 aa  358  9e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.94603  normal  0.717078 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2942  4-aminobutyrate aminotransferase  44.36 
 
 		 426 aa  357  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2259  4-aminobutyrate aminotransferase  45.41 
 
 		 426 aa  355  5.999999999999999e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.418729  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0809  4-aminobutyrate aminotransferase  44.06 
 
 		 419 aa  352  8.999999999999999e-96  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.615332  normal  0.0671712 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0232  4-aminobutyrate aminotransferase  43.41 
 
 		 440 aa  352  1e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0592  4-aminobutyrate aminotransferase  44.69 
 
 		 432 aa  351  1e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4851  4-aminobutyrate aminotransferase  45.48 
 
 		 430 aa  350  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1289  4-aminobutyrate aminotransferase  45.18 
 
 		 426 aa  350  3e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0819  4-aminobutyrate aminotransferase  44.44 
 
 		 446 aa  350  3e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.798552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4167  4-aminobutyrate aminotransferase  45.43 
 
 		 434 aa  349  4e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.130001  normal  0.207789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0214  4-aminobutyrate aminotransferase  41.83 
 
 		 425 aa  349  6e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0174674 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0229  4-aminobutyrate aminotransferase  41.83 
 
 		 425 aa  349  6e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1532  4-aminobutyrate aminotransferase  42.01 
 
 		 419 aa  348  1e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0238  4-aminobutyrate aminotransferase  41.75 
 
 		 425 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2630  4-aminobutyrate aminotransferase  44.55 
 
 		 430 aa  348  1e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2371  4-aminobutyrate aminotransferase  45.83 
 
 		 440 aa  347  2e-94  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0827884  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03450  4-aminobutyrate aminotransferase  42.62 
 
 		 426 aa  346  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.22305e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0344  4-aminobutyrate aminotransferase  42.62 
 
 		 426 aa  346  5e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4998  4-aminobutyrate aminotransferase  42.48 
 
 		 425 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.554548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3137  4-aminobutyrate aminotransferase  45.17 
 
 		 424 aa  345  7e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.213623 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2400  4-aminobutyrate aminotransferase  42.51 
 
 		 430 aa  344  2e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.681516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0280  4-aminobutyrate aminotransferase  45.09 
 
 		 429 aa  344  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.969383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2567  4-aminobutyrate aminotransferase  44.69 
 
 		 424 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.78639  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4618  4-aminobutyrate aminotransferase  45.27 
 
 		 427 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.914156  normal  0.10828 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3005  4-aminobutyrate aminotransferase  44.84 
 
 		 429 aa  342  8e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742708  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5361  4-aminobutyrate aminotransferase  44.84 
 
 		 429 aa  342  8e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3398  4-aminobutyrate aminotransferase  45.94 
 
 		 426 aa  341  1e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4909  4-aminobutyrate aminotransferase  44.84 
 
 		 427 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3364  4-aminobutyrate aminotransferase  44.84 
 
 		 429 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.158842 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5241  4-aminobutyrate aminotransferase  44.58 
 
 		 427 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0029  4-aminobutyrate aminotransferase protein  46.56 
 
 		 426 aa  340  4e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4711  4-aminobutyrate aminotransferase  44.58 
 
 		 446 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4695  4-aminobutyrate aminotransferase  45.56 
 
 		 430 aa  338  8e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3721  4-aminobutyrate aminotransferase  45.38 
 
 		 426 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2338  4-aminobutyrate aminotransferase  45.15 
 
 		 422 aa  337  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0188  4-aminobutyrate aminotransferase  41.89 
 
 		 425 aa  336  5e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1978  4-aminobutyrate aminotransferase  43.54 
 
 		 425 aa  333  4e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.514602 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3494  4-aminobutyrate aminotransferase  43.48 
 
 		 424 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.782932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2545  4-aminobutyrate aminotransferase  40.43 
 
 		 421 aa  330  3e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.505618  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4356  4-aminobutyrate aminotransferase  44.74 
 
 		 426 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00363071 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2912  4-aminobutyrate aminotransferase  44.36 
 
 		 430 aa  330  4e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4677  4-aminobutyrate aminotransferase  44.58 
 
 		 422 aa  329  6e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.300302  normal  0.0763833 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4306  4-aminobutyrate aminotransferase  43.34 
 
 		 421 aa  328  1.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3864  4-aminobutyrate aminotransferase  43.73 
 
 		 421 aa  328  1.0000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0429  4-aminobutyrate aminotransferase  46.44 
 
 		 433 aa  326  4.0000000000000003e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.286831  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4519  4-aminobutyrate aminotransferase  44.33 
 
 		 427 aa  326  6e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4026  4-aminobutyrate aminotransferase  44.31 
 
 		 426 aa  325  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.35866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0834  4-aminobutyrate aminotransferase  44.58 
 
 		 429 aa  325  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379614 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46670  4-aminobutyrate transaminase  44.44 
 
 		 426 aa  323  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0301  4-aminobutyrate aminotransferase  43.17 
 
 		 426 aa  323  4e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3172  4-aminobutyrate aminotransferase  44.5 
 
 		 426 aa  323  4e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0146  4-aminobutyrate aminotransferase  46.65 
 
 		 434 aa  322  7e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2233  4-aminobutyrate aminotransferase  39.9 
 
 		 421 aa  322  9.000000000000001e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4744  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0910  4-aminobutyrate aminotransferase  43.31 
 
 		 425 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000169324  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0090  4-aminobutyrate aminotransferase  42.37 
 
 		 426 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5663  4-aminobutyrate aminotransferase  43.63 
 
 		 429 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01279  GABA aminotransferase, PLP-dependent  43.97 
 
 		 421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2344  4-aminobutyrate aminotransferase  43.97 
 
 		 421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00720647  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1512  4-aminobutyrate transaminase  43.97 
 
 		 421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2323  4-aminobutyrate transaminase  43.97 
 
 		 421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01290  hypothetical protein  43.97 
 
 		 421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3928  (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase  43.52 
 
 		 427 aa  320  3e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3262  4-aminobutyrate aminotransferase  44.79 
 
 		 425 aa  320  3e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.129895 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0259  4-aminobutyrate aminotransferase  45.65 
 
 		 434 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2755  4-aminobutyrate aminotransferase  41.46 
 
 		 448 aa  319  5e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4414  4-aminobutyrate aminotransferase  47.77 
 
 		 426 aa  319  5e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.877124 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4211  4-aminobutyrate aminotransferase  44.82 
 
 		 425 aa  319  6e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.225868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1820  4-aminobutyrate transaminase  44.67 
 
 		 421 aa  319  6e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.144249 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1417  4-aminobutyrate transaminase  43.97 
 
 		 421 aa  318  7.999999999999999e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1867  4-aminobutyrate aminotransferase  40.91 
 
 		 421 aa  318  9e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6300  4-aminobutyrate aminotransferase  42.03 
 
 		 426 aa  318  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.437284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1944  4-aminobutyrate transaminase  43.97 
 
 		 421 aa  318  1e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.991898 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0354  4-aminobutyrate aminotransferase  42.26 
 
 		 468 aa  317  2e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0310  4-aminobutyrate aminotransferase  42.26 
 
 		 454 aa  317  2e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0325  4-aminobutyrate aminotransferase  42.26 
 
 		 454 aa  317  2e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2119  4-aminobutyrate aminotransferase  45.5 
 
 		 427 aa  317  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22947  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0399  4-aminobutyrate aminotransferase  42.26 
 
 		 454 aa  316  4e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0326575  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2245  4-aminobutyrate aminotransferase  40.8 
 
 		 441 aa  317  4e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.120834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1538  4-aminobutyrate transaminase  43.72 
 
 		 421 aa  316  5e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.535334  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1784  4-aminobutyrate aminotransferase  41.15 
 
 		 421 aa  316  6e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>