More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4414 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4414  4-aminobutyrate aminotransferase  100 
 
 		 426 aa  850    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.877124 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3070  4-aminobutyrate aminotransferase  70.78 
 
 		 433 aa  580  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281034 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0592  4-aminobutyrate aminotransferase  59.24 
 
 		 432 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2630  4-aminobutyrate aminotransferase  61.71 
 
 		 430 aa  513  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5241  4-aminobutyrate aminotransferase  58.64 
 
 		 427 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3364  4-aminobutyrate aminotransferase  58.41 
 
 		 429 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.158842 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4909  4-aminobutyrate aminotransferase  58.41 
 
 		 427 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4851  4-aminobutyrate aminotransferase  58.87 
 
 		 430 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0280  4-aminobutyrate aminotransferase  57.94 
 
 		 429 aa  503  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.969383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3005  4-aminobutyrate aminotransferase  57.94 
 
 		 429 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742708  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4711  4-aminobutyrate aminotransferase  58.18 
 
 		 446 aa  504  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5361  4-aminobutyrate aminotransferase  57.94 
 
 		 429 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2338  4-aminobutyrate aminotransferase  62.92 
 
 		 422 aa  502  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384271  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4356  4-aminobutyrate aminotransferase  63.03 
 
 		 426 aa  500  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00363071 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1618  4-aminobutyrate aminotransferase  60.34 
 
 		 420 aa  501  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.346531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4618  4-aminobutyrate aminotransferase  57.72 
 
 		 427 aa  495  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.914156  normal  0.10828 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4026  4-aminobutyrate aminotransferase  62.09 
 
 		 426 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.35866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4677  4-aminobutyrate aminotransferase  61.45 
 
 		 422 aa  490  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.300302  normal  0.0763833 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2912  4-aminobutyrate aminotransferase  58.75 
 
 		 430 aa  490  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4695  4-aminobutyrate aminotransferase  59.38 
 
 		 430 aa  488  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0834  4-aminobutyrate aminotransferase  58.49 
 
 		 429 aa  486  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379614 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1978  4-aminobutyrate aminotransferase  57.45 
 
 		 425 aa  486  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.514602 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02518  4-aminobutyrate aminotransferase  56.28 
 
 		 426 aa  478  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3864  4-aminobutyrate aminotransferase  56.67 
 
 		 421 aa  479  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4519  4-aminobutyrate aminotransferase  57.85 
 
 		 427 aa  481  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02482  hypothetical protein  56.28 
 
 		 426 aa  478  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3262  4-aminobutyrate aminotransferase  60.72 
 
 		 425 aa  479  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.129895 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2259  4-aminobutyrate aminotransferase  61.2 
 
 		 426 aa  478  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.418729  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1021  4-aminobutyrate aminotransferase  55.11 
 
 		 426 aa  477  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3398  4-aminobutyrate aminotransferase  59.32 
 
 		 426 aa  477  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3904  4-aminobutyrate aminotransferase  56.04 
 
 		 426 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.888156 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2797  4-aminobutyrate aminotransferase  54.87 
 
 		 426 aa  475  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2782  4-aminobutyrate aminotransferase  56.28 
 
 		 426 aa  475  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.480055 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2233  4-aminobutyrate aminotransferase  56.25 
 
 		 421 aa  477  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4744  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2545  4-aminobutyrate aminotransferase  56.49 
 
 		 421 aa  476  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.505618  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1910  4-aminobutyrate aminotransferase  58.91 
 
 		 426 aa  474  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.692445  normal  0.29202 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1044  4-aminobutyrate aminotransferase  54.87 
 
 		 426 aa  475  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0848  4-aminobutyrate aminotransferase  59.57 
 
 		 425 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2942  4-aminobutyrate aminotransferase  54.63 
 
 		 426 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3721  4-aminobutyrate aminotransferase  59.08 
 
 		 426 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2002  4-aminobutyrate aminotransferase  60.1 
 
 		 434 aa  473  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000607298 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6300  4-aminobutyrate aminotransferase  58.81 
 
 		 426 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.437284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0429  4-aminobutyrate aminotransferase  59.37 
 
 		 433 aa  467  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.286831  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7694  4-aminobutyrate aminotransferase  58.33 
 
 		 426 aa  467  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.788415  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4306  4-aminobutyrate aminotransferase  57.14 
 
 		 421 aa  464  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0232  4-aminobutyrate aminotransferase  55.07 
 
 		 440 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2937  4-aminobutyrate aminotransferase  54.48 
 
 		 427 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.735836  normal  0.115833 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2972  4-aminobutyrate aminotransferase  54.55 
 
 		 427 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.109466  normal  0.025416 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2989  4-aminobutyrate aminotransferase  54.78 
 
 		 427 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0883038 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1784  4-aminobutyrate aminotransferase  56.19 
 
 		 421 aa  461  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2119  4-aminobutyrate aminotransferase  58.64 
 
 		 427 aa  462  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22947  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4229  4-aminobutyrate aminotransferase  58.39 
 
 		 428 aa  462  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.94603  normal  0.717078 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2905  4-aminobutyrate aminotransferase  55.02 
 
 		 427 aa  464  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0810  4-aminobutyrate transaminase  58.88 
 
 		 427 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.622888  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0029  4-aminobutyrate aminotransferase protein  59.32 
 
 		 426 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1480  4-aminobutyrate aminotransferase  58.88 
 
 		 427 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.285314  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0344  4-aminobutyrate aminotransferase  54.83 
 
 		 426 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0188  4-aminobutyrate aminotransferase  56.42 
 
 		 425 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03450  4-aminobutyrate aminotransferase  54.83 
 
 		 426 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.22305e-16 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0494  4-aminobutyrate transaminase  58.88 
 
 		 427 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141268  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2127  4-aminobutyrate transaminase  58.88 
 
 		 427 aa  458  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.815383  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3106  4-aminobutyrate aminotransferase  54.48 
 
 		 429 aa  456  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1822  4-aminobutyrate transaminase  58.64 
 
 		 427 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0396  4-aminobutyrate transaminase  58.64 
 
 		 427 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.925328  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1867  4-aminobutyrate aminotransferase  55.77 
 
 		 421 aa  455  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1218  4-aminobutyrate aminotransferase  54.48 
 
 		 429 aa  456  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5049  4-aminobutyrate aminotransferase  59.09 
 
 		 436 aa  456  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.96187  normal  0.62875 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1335  4-aminobutyrate aminotransferase  54.95 
 
 		 429 aa  455  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0214  4-aminobutyrate aminotransferase  54.22 
 
 		 425 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0174674 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0238  4-aminobutyrate aminotransferase  54.22 
 
 		 425 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3172  4-aminobutyrate aminotransferase  57.68 
 
 		 426 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0229  4-aminobutyrate aminotransferase  54.22 
 
 		 425 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2371  4-aminobutyrate aminotransferase  57.21 
 
 		 440 aa  453  1.0000000000000001e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0827884  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01279  GABA aminotransferase, PLP-dependent  55.48 
 
 		 421 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2344  4-aminobutyrate aminotransferase  55.48 
 
 		 421 aa  449  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00720647  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1417  4-aminobutyrate transaminase  55.71 
 
 		 421 aa  451  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3928  (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase  57.49 
 
 		 427 aa  451  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46670  4-aminobutyrate transaminase  57.73 
 
 		 426 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01290  hypothetical protein  55.48 
 
 		 421 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2323  4-aminobutyrate transaminase  55.48 
 
 		 421 aa  449  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4998  4-aminobutyrate aminotransferase  55.18 
 
 		 425 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.554548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1512  4-aminobutyrate transaminase  55.48 
 
 		 421 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1538  4-aminobutyrate transaminase  55.48 
 
 		 421 aa  449  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.535334  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1820  4-aminobutyrate transaminase  55.58 
 
 		 421 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.144249 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1944  4-aminobutyrate transaminase  55.48 
 
 		 421 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.991898 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2602  4-aminobutyrate aminotransferase  58.08 
 
 		 433 aa  445  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.317433  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3862  4-aminobutyrate aminotransferase  57 
 
 		 427 aa  444  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.612157 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1889  4-aminobutyrate aminotransferase  57.92 
 
 		 435 aa  442  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148357  normal  0.0202633 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4664  4-aminobutyrate aminotransferase  56.97 
 
 		 428 aa  440  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4167  4-aminobutyrate aminotransferase  56.29 
 
 		 434 aa  435  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.130001  normal  0.207789 
 
 
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NC_007005  Psyr_0090  4-aminobutyrate aminotransferase  54.94 
 
 		 426 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0301  4-aminobutyrate aminotransferase  54.94 
 
 		 426 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0047  4-aminobutyrate aminotransferase  54.55 
 
 		 425 aa  433  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008345  Sfri_3003  4-aminobutyrate aminotransferase  54.42 
 
 		 424 aa  433  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.48796  n/a   
 
 
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NC_014212  Mesil_2400  4-aminobutyrate aminotransferase  50.71 
 
 		 430 aa  429  1e-119  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.681516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1532  4-aminobutyrate aminotransferase  52.38 
 
 		 419 aa  430  1e-119  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_2341  4-aminobutyrate aminotransferase  57.86 
 
 		 423 aa  425  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_3091  4-aminobutyrate aminotransferase  55.92 
 
 		 425 aa  425  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0318031  normal  0.465218 
 
 
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NC_009901  Spea_0952  4-aminobutyrate aminotransferase  53.18 
 
 		 425 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008700  Sama_2636  4-aminobutyrate aminotransferase  53.54 
 
 		 425 aa  427  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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