More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3287 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
265 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2471  CRP/FNR family transcriptional regulator  96.98 
 
 
273 aa  523  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185946  normal  0.661743 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3034  Crp/FNR family transcriptional regulator  80.08 
 
 
269 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.369454  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1666  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.04 
 
 
250 aa  245  6e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0506299  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3345  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.1 
 
 
247 aa  238  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.797997  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2772  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
245 aa  221  6e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00275745 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1047  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  43.15 
 
 
247 aa  216  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3775  CRP/FNR family transcriptional regulator  43.64 
 
 
265 aa  217  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1288  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.98 
 
 
246 aa  211  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1091  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.15 
 
 
247 aa  210  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.140321  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2471  transcription factor Fnr  43.88 
 
 
269 aa  209  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.366844  normal  0.0435693 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1007  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.02 
 
 
242 aa  209  4e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2782  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
262 aa  208  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0680307  normal  0.414614 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1530  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.64 
 
 
239 aa  206  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1163  CRP/FNR family transcriptional regulator  43.72 
 
 
251 aa  205  8e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1111  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.13 
 
 
242 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.700786  normal  0.531022 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4265  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.65 
 
 
259 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.367581  normal  0.892156 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1283  putative fumarate and nitrate reduction regulatory transcription regulator protein  42.55 
 
 
242 aa  202  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0516193  normal  0.32826 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1207  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.78 
 
 
264 aa  202  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.494469  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1204  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.7 
 
 
242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1147  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  45.07 
 
 
261 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1217  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  45.07 
 
 
261 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.53 
 
 
403 aa  198  7e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4428  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.04 
 
 
263 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4561  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.04 
 
 
263 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.291712 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1937  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.81 
 
 
223 aa  195  7e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155753  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1170  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
274 aa  194  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2034  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  41.82 
 
 
232 aa  192  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2037  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.82 
 
 
232 aa  192  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.441781 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3764  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.09 
 
 
259 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0549839 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4433  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
224 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4238  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.64 
 
 
257 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0460631  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5999  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.32 
 
 
259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.582695  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4355  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.32 
 
 
259 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0811079  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4012  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.32 
 
 
259 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0190  transcription regulator protein  40.97 
 
 
266 aa  188  8e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1636  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
259 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0129  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
259 aa  188  9e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.300797  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1554  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
259 aa  188  9e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796955  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4521  Crp/Fnr family transcriptional regulator  39.06 
 
 
257 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0161618  normal  0.0108643 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6195  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.08 
 
 
257 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0460  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.94 
 
 
256 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4280  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
257 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0900166 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1665  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.18 
 
 
259 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00239618  normal  0.130389 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1244  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
261 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.82 
 
 
256 aa  186  5e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0588975 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5811  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.83 
 
 
266 aa  185  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.118405 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3812  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.279241  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0792  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.43 
 
 
262 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.328451  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0606  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
267 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.149995 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4294  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
272 aa  182  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5904  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.82 
 
 
257 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379633  normal  0.222249 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5297  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.08 
 
 
248 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3149  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
249 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0035  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.07 
 
 
251 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5008  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.07 
 
 
249 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
260 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3138  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
248 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0212  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.32 
 
 
254 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2018  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  40.18 
 
 
252 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.831368  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4486  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
248 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1138  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
260 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4272  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.04 
 
 
218 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.71016  normal  0.563993 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1783  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  41.07 
 
 
250 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.251439 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1845  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  41.07 
 
 
250 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1785  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  41.07 
 
 
250 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.377507  normal  0.141635 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1673  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  41.07 
 
 
250 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.349784  normal  0.0983377 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1491  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  41.07 
 
 
250 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0202312  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0037  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0031  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0051  cAMP-binding proteins - catabolite gene activator and regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinases  40.62 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0037  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.284481  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0931  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  39.24 
 
 
249 aa  179  4.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.896198 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1853  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  41.07 
 
 
250 aa  179  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1184  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1464  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
251 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.855917  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02295  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  41.96 
 
 
248 aa  178  5.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1540  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
630 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18142  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2222  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  39.73 
 
 
250 aa  178  9e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0665535  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2311  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.62 
 
 
250 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.144598  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2291  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  40.62 
 
 
250 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2105  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  41.07 
 
 
248 aa  177  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0944449  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1546  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  40.62 
 
 
250 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1788  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  40.62 
 
 
250 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.765276  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1450  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  40.62 
 
 
250 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1575  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  40.62 
 
 
250 aa  177  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2398  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  41.07 
 
 
248 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  39.34 
 
 
244 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  39.34 
 
 
244 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5737  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.18 
 
 
248 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003475  fumarate and nitrate reduction regulatory protein  41.52 
 
 
248 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.292896  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5122  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.18 
 
 
248 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1843  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  39.29 
 
 
250 aa  176  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0177159  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1864  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  41.07 
 
 
250 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.856056  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1045  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  41.07 
 
 
250 aa  176  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.18077  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1981  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  40.18 
 
 
250 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.320226 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0164  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.91 
 
 
260 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2604  Crp/Fnr family transcriptional regulator  39.91 
 
 
260 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1016  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.91 
 
 
260 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0190  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.91 
 
 
242 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>