More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0654 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0654  malate dehydrogenase  100 
 
 		 278 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0687  malate dehydrogenase  99.28 
 
 		 309 aa  563  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.663685  normal  0.0260965 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0697  malate dehydrogenase  93.17 
 
 		 309 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2377  malate dehydrogenase, NAD-dependent  57.09 
 
 		 307 aa  305  4.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.379215  normal  0.1398 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2802  malate dehydrogenase, NAD-dependent  56.36 
 
 		 311 aa  300  2e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2971  malate dehydrogenase, NAD-dependent  58.7 
 
 		 307 aa  300  2e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.184219  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4333  malate dehydrogenase  48.15 
 
 		 312 aa  264  1e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0253  malate dehydrogenase  46.4 
 
 		 309 aa  263  3e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.041825  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4422  malate dehydrogenase  47.78 
 
 		 312 aa  261  6.999999999999999e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4718  malate dehydrogenase  47.78 
 
 		 312 aa  261  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4723  malate dehydrogenase  47.78 
 
 		 312 aa  261  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4486  malate dehydrogenase  47.78 
 
 		 312 aa  261  8.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4321  malate dehydrogenase  47.78 
 
 		 312 aa  261  8.999999999999999e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4702  malate dehydrogenase  47.78 
 
 		 312 aa  261  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.842149  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4707  malate dehydrogenase  47.78 
 
 		 312 aa  261  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000597561 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4837  malate dehydrogenase  47.78 
 
 		 312 aa  261  8.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0536  malate dehydrogenase  47.78 
 
 		 312 aa  261  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00988703 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0283  malate dehydrogenase  45.32 
 
 		 309 aa  259  4e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1121  malate dehydrogenase  48.13 
 
 		 309 aa  257  2e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0347  malate dehydrogenase  44.87 
 
 		 313 aa  256  3e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.536254  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4206  malate dehydrogenase  45.32 
 
 		 314 aa  255  5e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3276  malate dehydrogenase  44.94 
 
 		 312 aa  254  8e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1951  malate dehydrogenase (NAD)  44.78 
 
 		 308 aa  249  4e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.800681 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0783  malate dehydrogenase  44.62 
 
 		 312 aa  246  4e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2677  malate dehydrogenase  44.23 
 
 		 312 aa  245  6e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2347  malate dehydrogenase, NAD-dependent  49.43 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2185  malate dehydrogenase  44.24 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1867  malate dehydrogenase  43.27 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00765461  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1587  malate dehydrogenase, NAD-dependent  43.17 
 
 		 320 aa  240  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.295644  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1325  malate dehydrogenase  42.11 
 
 		 317 aa  239  4e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000410815 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2290  malate dehydrogenase  43.88 
 
 		 309 aa  239  4e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.974079 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0912  malate dehydrogenase, NAD-dependent  47.46 
 
 		 312 aa  239  5e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0881394  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0561  malate dehydrogenase  43.59 
 
 		 320 aa  237  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.394685  normal  0.500877 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1088  malate dehydrogenase, NAD-dependent  44.44 
 
 		 316 aa  237  2e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00100592  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2900  malate dehydrogenase  42.11 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000048511  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0930  malate dehydrogenase  43.07 
 
 		 320 aa  236  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2193  malate dehydrogenase  40.91 
 
 		 318 aa  236  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000748395  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4129  malate dehydrogenase  41.61 
 
 		 320 aa  236  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1856  malate dehydrogenase  43.07 
 
 		 320 aa  236  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1466  malate dehydrogenase  42.11 
 
 		 317 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0862702  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2327  malate dehydrogenase  41.75 
 
 		 317 aa  234  8e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000213554  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0022  malate dehydrogenase  43.22 
 
 		 321 aa  234  8e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1927  malate dehydrogenase  42.7 
 
 		 320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1656  malate dehydrogenase, NAD-dependent  45.72 
 
 		 312 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0080  malate dehydrogenase  41.34 
 
 		 320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0862  malate dehydrogenase  41.37 
 
 		 310 aa  232  5e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0390301  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1925  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.86 
 
 		 320 aa  232  5e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.282591  normal  0.451174 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1643  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.86 
 
 		 320 aa  232  5e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.160131  normal  0.329919 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0832  malate dehydrogenase  40.65 
 
 		 310 aa  232  6e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.328831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1626  malate dehydrogenase  42.45 
 
 		 312 aa  232  6e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0187  malate dehydrogenase  42.01 
 
 		 322 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.433088  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1048  malate dehydrogenase  45.69 
 
 		 319 aa  231  1e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.466907  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0968  malate dehydrogenase  41.39 
 
 		 338 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3395  malate dehydrogenase  42.12 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3020  malate dehydrogenase (NAD)  44.24 
 
 		 312 aa  230  2e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1029  malate dehydrogenase  41.01 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758057  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2628  malate dehydrogenase  41.39 
 
 		 320 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2374  malate dehydrogenase, NAD-dependent  41.01 
 
 		 311 aa  229  3e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1900  malate dehydrogenase  40.65 
 
 		 310 aa  229  3e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1123  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.12 
 
 		 320 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117995  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1450  malate dehydrogenase, NAD-dependent  41.39 
 
 		 333 aa  228  6e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2829  malate dehydrogenase (NAD)  40.28 
 
 		 320 aa  228  6e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0539  malate dehydrogenase, NAD-dependent  43.01 
 
 		 320 aa  228  9e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0522  malate dehydrogenase, NAD-dependent  43.01 
 
 		 320 aa  228  9e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1748  malate dehydrogenase  42.55 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.747056 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0153  malate dehydrogenase  42.86 
 
 		 321 aa  227  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2944  malate dehydrogenase  42.34 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.533999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2322  malate dehydrogenase  42.81 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0749738  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2161  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.12 
 
 		 320 aa  226  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.515147 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2234  malate dehydrogenase  42.81 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1510  malate dehydrogenase  40.65 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0354026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3685  malate dehydrogenase  41.61 
 
 		 320 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3974  malate dehydrogenase  41.61 
 
 		 320 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.342256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1589  malate dehydrogenase  40.49 
 
 		 316 aa  225  6e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0268739 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2876  malate dehydrogenase  40.66 
 
 		 320 aa  225  7e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1037  malate dehydrogenase  39.43 
 
 		 318 aa  225  8e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.217027  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0919  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.12 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0994344 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0281  malate dehydrogenase  41.76 
 
 		 322 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0194  malate dehydrogenase  42.01 
 
 		 322 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0535  malate dehydrogenase  42.12 
 
 		 322 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1649  malate dehydrogenase  40.14 
 
 		 316 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2226  malate dehydrogenase  40.14 
 
 		 316 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.773058  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1799  malate dehydrogenase, NAD-dependent  39.25 
 
 		 320 aa  223  3e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1625  malate dehydrogenase  40.44 
 
 		 321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000635356  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1722  malate dehydrogenase  40.14 
 
 		 316 aa  222  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0624  malate dehydrogenase  40.42 
 
 		 332 aa  222  4.9999999999999996e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000517637  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1713  malate dehydrogenase  40.65 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.905202  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2178  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.15 
 
 		 326 aa  221  9e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00838959 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0545  malate dehydrogenase  41.39 
 
 		 322 aa  221  9e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.557349  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5004  malate dehydrogenase  40.64 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1273  malate dehydrogenase  41.91 
 
 		 324 aa  221  9.999999999999999e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.570878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1360  malate dehydrogenase  39.65 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000756192  hitchhiker  0.0000000000000730576 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3517  malate dehydrogenase  39.93 
 
 		 320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.734695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0428  malate dehydrogenase  41.09 
 
 		 307 aa  219  3e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0451  malate dehydrogenase  41.45 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0392  malate dehydrogenase  42.38 
 
 		 322 aa  219  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293299  normal  0.208989 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_393  malate dehydrogenase, NAD-dependent  41.09 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.871516  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1121  malate dehydrogenase  37.73 
 
 		 316 aa  219  6e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0419  malate dehydrogenase  41.64 
 
 		 322 aa  218  7e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.425489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1603  malate dehydrogenase  38.85 
 
 		 310 aa  217  1e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>