224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3606 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0922  amino acid permease-associated region  82.49 
 
 		 571 aa  960    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3317  amino acid permease-associated region  62.9 
 
 		 594 aa  737    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.59573 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3606  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 571 aa  1137    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5657  amino acid permease-associated region  62.73 
 
 		 594 aa  734    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6593  amino acid permease-associated region  62.39 
 
 		 594 aa  736    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000438666 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5964  amino acid permease-associated region  53.04 
 
 		 559 aa  595  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0671695 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0446  amino acid permease-associated region  52.95 
 
 		 562 aa  587  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000198962  normal  0.478578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3183  amino acid permease-associated region  51.81 
 
 		 560 aa  576  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.577712  normal  0.0276792 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5970  amino acid permease-associated region  52.83 
 
 		 546 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.699386  normal  0.10331 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5831  amino acid permease-associated region  49.08 
 
 		 545 aa  528  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5210  amino acid permease-associated region  47.74 
 
 		 551 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0581  amino acid transporter  47.57 
 
 		 551 aa  523  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3293  amino acid permease-associated region  47.74 
 
 		 551 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.373408  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5075  amino acid permease-associated region  47.74 
 
 		 551 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0481  putative amino acid transporter  48.89 
 
 		 551 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.483178  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5012  amino acid permease-associated region  47.4 
 
 		 551 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2118  hypothetical protein  48.89 
 
 		 551 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.755576  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0700  amino acid permease  48.89 
 
 		 551 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.163425  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0996  amino acid permease  48.89 
 
 		 551 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.858254  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0750  amino acid permease  48.89 
 
 		 551 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1969  amino acid permease  48.89 
 
 		 551 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.303247  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3557  amino acid permease-associated region  47.4 
 
 		 551 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1858  amino acid transporter, putative  48.52 
 
 		 551 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.540964  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4487  amino acid permease-associated region  47.29 
 
 		 551 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0838  amino acid permease  48.89 
 
 		 551 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3293  amino acid permease-associated region  47.55 
 
 		 555 aa  514  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.622521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4239  amino acid permease-associated region  47.13 
 
 		 551 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23200  amino acid transporter  34.56 
 
 		 541 aa  336  9e-91  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00374176 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2292  amino acid transporter  30.54 
 
 		 500 aa  183  9.000000000000001e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3606  amino acid permease  28.49 
 
 		 508 aa  181  4e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.582205 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0198  amino acid permease-associated region  27.51 
 
 		 490 aa  80.5  0.00000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000143228  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5040  Amino acid transporter-like protein  25.68 
 
 		 472 aa  76.6  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.973812  normal  0.0393734 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2625  amino acid permease-associated region  23.75 
 
 		 482 aa  66.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0475967  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2679  amino acid permease-associated region  23.75 
 
 		 482 aa  66.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1920  amino acid permease-associated region  25.81 
 
 		 466 aa  62.8  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000169214  normal  0.866406 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000712  probable transport protein  27.65 
 
 		 467 aa  61.6  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.234899  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1815  amino acid permease-associated region  25.94 
 
 		 491 aa  59.3  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0554  amino acid transporter  25.46 
 
 		 476 aa  59.7  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00163593  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3620  amino acid permease-associated region  24.9 
 
 		 494 aa  59.3  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0544  ethanolamine transproter  24.6 
 
 		 482 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0583  ethanolamine transproter  24.6 
 
 		 482 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1150  amino acid permease-associated region  23.42 
 
 		 476 aa  58.2  0.0000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000287534  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  24.03 
 
 		 490 aa  58.2  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0596  ethanolamine transproter  23.8 
 
 		 482 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.542262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0388  amino acid transporter  24.01 
 
 		 483 aa  56.2  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000257428  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0589  ethanolamine transproter  24.15 
 
 		 482 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360598  normal  0.279879 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1191  amino acid permease-associated region  25.41 
 
 		 499 aa  55.1  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3457  amino acid permease-associated region  27.37 
 
 		 413 aa  55.5  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.553768  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1332  amino acid permease-associated region  25.57 
 
 		 490 aa  54.3  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.454402  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1349  amino acid permease-associated region  25.57 
 
 		 490 aa  54.3  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923637  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1740  amino acid permease-associated region  27.27 
 
 		 493 aa  54.7  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.327226  normal  0.532509 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1368  amino acid permease-associated region  25.57 
 
 		 490 aa  54.3  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3885  amino acid permease-associated region  23.44 
 
 		 487 aa  54.3  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.223191  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3674  amino acid permease-associated region  23.71 
 
 		 487 aa  54.3  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4722  amino acid permease-associated region  22.62 
 
 		 503 aa  54.3  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.699782 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0285  inner membrane protein YjeH  24.48 
 
 		 427 aa  54.3  0.000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4174  amino acid permease-associated region  24.39 
 
 		 478 aa  53.9  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.427253  normal  0.28467 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1930  amino acid permease-associated region  24.08 
 
 		 489 aa  54.3  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1143  amino acid permease-associated region  25.64 
 
 		 464 aa  53.5  0.000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0728  amino acid permease-associated region  26.83 
 
 		 467 aa  53.1  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3677  amino acid permease-associated region  25.74 
 
 		 482 aa  53.5  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.386944 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1638  ethanolamine transproter  22.9 
 
 		 483 aa  53.5  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.179181 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1623  amino acid transporter  25.36 
 
 		 427 aa  53.5  0.00001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133426  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3527  amino acid permease-associated region  22.2 
 
 		 555 aa  52.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238018  normal  0.261752 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3063  amino acid permease-associated region  24.65 
 
 		 468 aa  52.8  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.313511  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0097  amino acid transporter  22.71 
 
 		 465 aa  52.8  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000513472  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0909  amino acid permease family protein  25.85 
 
 		 467 aa  52  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0187  inner membrane protein YjeH  29.68 
 
 		 420 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0779  amino acid permease family protein  25.48 
 
 		 467 aa  52.4  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0728  amino acid permease  25.85 
 
 		 467 aa  51.6  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0714  amino acid permease  25.85 
 
 		 467 aa  52  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0914  amino acid permease family protein  25.85 
 
 		 467 aa  51.6  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.43784e-41 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4281  inner membrane protein YjeH  29.68 
 
 		 420 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0818  amino acid permease family protein  25.48 
 
 		 467 aa  52.4  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4149  inner membrane protein YjeH  29.68 
 
 		 420 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1758  amino acid permease-associated region  24.32 
 
 		 495 aa  52  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0120604  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4463  amino acid permease family protein  25.85 
 
 		 467 aa  52  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.821822 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1820  amino acid permease-associated region  23.83 
 
 		 486 aa  52  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0983  amino acid permease family protein  25.85 
 
 		 467 aa  52  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0185  inner membrane protein YjeH  29.68 
 
 		 420 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0872  amino acid permease family protein  25.85 
 
 		 467 aa  51.6  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0345  amino acid permease-associated region  27.59 
 
 		 468 aa  51.6  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0431  amino acid transporter  24.51 
 
 		 517 aa  51.6  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11790  putative amino acid transporter  24.65 
 
 		 482 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0380626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6322  amino acid permease-associated region  24.92 
 
 		 503 aa  51.6  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.393049  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0046  amino acid permease-associated region  22.17 
 
 		 481 aa  50.8  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3197  ethanolamine permease  23.57 
 
 		 480 aa  50.8  0.00006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3581  amino acid transport protein  25.63 
 
 		 480 aa  50.8  0.00006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0683236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0317  inner membrane protein YjeH  28.31 
 
 		 420 aa  50.8  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0027  hypothetical protein  24.06 
 
 		 463 aa  50.8  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1634  amino acid permease-associated region  24.14 
 
 		 476 aa  50.8  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.131349  normal  0.325388 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1408  cationic amino acid transporter  26.29 
 
 		 483 aa  50.4  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0734654  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3458  inner membrane protein YjeH  26.89 
 
 		 418 aa  50.4  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5170  amino acid permease-associated region  26.18 
 
 		 502 aa  50.4  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.892102 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0026  hypothetical protein  24.06 
 
 		 463 aa  49.7  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0708  amino acid permease-associated region  22.97 
 
 		 480 aa  49.7  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156631 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3641  amino acid permease-associated region  25.08 
 
 		 513 aa  50.1  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2056  amino acid permease-associated region  23.6 
 
 		 509 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4368  amino acid permease-associated region  29.19 
 
 		 457 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2039  amino acid permease-associated region  23.6 
 
 		 509 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.254406 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>