57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0653 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 296 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.04 
 
 		 394 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  53.41 
 
 		 280 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  53.41 
 
 		 280 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  53.41 
 
 		 280 aa  287  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  54.47 
 
 		 280 aa  286  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  53.03 
 
 		 280 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  53.03 
 
 		 280 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  51.11 
 
 		 277 aa  275  8e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.89 
 
 		 276 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.52 
 
 		 276 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.01 
 
 		 292 aa  255  7e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  46.76 
 
 		 296 aa  249  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  47.83 
 
 		 292 aa  213  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.01 
 
 		 274 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  46.22 
 
 		 276 aa  198  9e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.73 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  40.57 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.8 
 
 		 265 aa  190  2e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  45.22 
 
 		 274 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  39.93 
 
 		 278 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  40.59 
 
 		 285 aa  185  9e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.47 
 
 		 269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  40.7 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  40 
 
 		 266 aa  183  3e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.93 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.02 
 
 		 276 aa  179  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.58 
 
 		 286 aa  178  8e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  40.14 
 
 		 285 aa  176  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.4 
 
 		 273 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.26 
 
 		 278 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.87 
 
 		 279 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  37.1 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.1 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.52 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  28.47 
 
 		 272 aa  63.5  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.29 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.39 
 
 		 282 aa  52.8  0.000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  27.81 
 
 		 261 aa  49.3  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  30.17 
 
 		 264 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  30.26 
 
 		 256 aa  46.6  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  23.11 
 
 		 281 aa  46.6  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  29.71 
 
 		 250 aa  46.6  0.0005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.1 
 
 		 630 aa  45.4  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1942  xylose isomerase domain-containing protein  29.61 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  26.05 
 
 		 273 aa  45.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1896  xylose isomerase-like TIM barrel  29.61 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  25.47 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  30.4 
 
 		 268 aa  44.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.78 
 
 		 631 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  30.86 
 
 		 295 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  30.86 
 
 		 295 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  30.86 
 
 		 295 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.08 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  25.88 
 
 		 293 aa  42.7  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.01 
 
 		 739 aa  42.4  0.01  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.9 
 
 		 631 aa  42.4  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>