More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3560 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
335 aa  679    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.41 
 
 
327 aa  348  8e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4083  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.12 
 
 
336 aa  334  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.17 
 
 
334 aa  332  7.000000000000001e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.8 
 
 
336 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  50.32 
 
 
323 aa  328  1.0000000000000001e-88  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.31 
 
 
326 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  50 
 
 
323 aa  325  8.000000000000001e-88  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.81 
 
 
335 aa  325  9e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.38 
 
 
326 aa  324  2e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.13 
 
 
332 aa  323  3e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.95 
 
 
328 aa  323  3e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  46.84 
 
 
335 aa  323  3e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.26 
 
 
334 aa  319  3e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.96 
 
 
326 aa  318  7e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  46.5 
 
 
333 aa  317  1e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.41 
 
 
335 aa  317  1e-85  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.16 
 
 
328 aa  315  6e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.22 
 
 
330 aa  314  9.999999999999999e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.06 
 
 
336 aa  315  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2645  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.73 
 
 
326 aa  311  6.999999999999999e-84  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
334 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.32 
 
 
323 aa  310  2.9999999999999997e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.68 
 
 
333 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.38 
 
 
326 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.38 
 
 
326 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01131  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  49.03 
 
 
335 aa  304  2.0000000000000002e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.434009 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.6 
 
 
333 aa  172  7.999999999999999e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0539  hypothetical protein  32.52 
 
 
328 aa  169  4e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.69 
 
 
312 aa  169  6e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.36 
 
 
314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 
310 aa  165  8e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  31.95 
 
 
331 aa  162  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.27 
 
 
328 aa  160  2e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.27 
 
 
313 aa  161  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
324 aa  161  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.75 
 
 
330 aa  160  3e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0710  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.43 
 
 
337 aa  160  4e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06090  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.09 
 
 
330 aa  160  4e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262708  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.67 
 
 
328 aa  159  6e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.14 
 
 
322 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.37 
 
 
307 aa  157  2e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1572  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.13 
 
 
330 aa  157  3e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
329 aa  156  4e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 
319 aa  156  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
304 aa  155  6e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.73 
 
 
325 aa  155  7e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.51 
 
 
329 aa  155  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0415  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.92 
 
 
324 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.021137  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  31.37 
 
 
319 aa  153  5e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4331  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.54 
 
 
331 aa  152  8e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  33.43 
 
 
326 aa  152  8e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5789  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.64 
 
 
331 aa  152  8e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0435819 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8193  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.54 
 
 
338 aa  152  8.999999999999999e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 
313 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
327 aa  150  2e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.94 
 
 
336 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3843  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.43 
 
 
346 aa  151  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.24 
 
 
346 aa  151  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
315 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.02 
 
 
336 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0956  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.64 
 
 
344 aa  150  3e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.417373  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.36 
 
 
343 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
309 aa  150  4e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.72 
 
 
346 aa  150  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218972  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
345 aa  149  5e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.72 
 
 
329 aa  149  5e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.463092  decreased coverage  0.00350753 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 
314 aa  149  6e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.25 
 
 
307 aa  149  8e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.72 
 
 
328 aa  149  8e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.49 
 
 
311 aa  149  9e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4211  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.02 
 
 
331 aa  149  9e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.315212 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.14 
 
 
334 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1538  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.46 
 
 
336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00186226  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.71 
 
 
336 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.54 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  30.68 
 
 
337 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.66 
 
 
330 aa  147  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.89 
 
 
322 aa  147  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.12 
 
 
310 aa  147  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.31 
 
 
341 aa  147  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 
309 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  30.68 
 
 
337 aa  146  6e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  30.68 
 
 
337 aa  146  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  30.68 
 
 
337 aa  146  6e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  30.68 
 
 
337 aa  146  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  30.68 
 
 
337 aa  146  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  30.68 
 
 
337 aa  146  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2679  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.15 
 
 
332 aa  145  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0614199  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.83 
 
 
336 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 
313 aa  145  9e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.94 
 
 
320 aa  145  9e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.65 
 
 
345 aa  145  9e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
306 aa  145  1e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.97 
 
 
318 aa  145  1e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.44 
 
 
322 aa  145  1e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000137645  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.31 
 
 
298 aa  144  3e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0632  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.92 
 
 
340 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.18 
 
 
342 aa  144  3e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>