52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3489 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 493 aa  1001    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  93.6 
 
 		 484 aa  929    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  98.55 
 
 		 484 aa  971    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  61.06 
 
 		 486 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  61.02 
 
 		 494 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  60.85 
 
 		 486 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  61.02 
 
 		 481 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  61.62 
 
 		 492 aa  571  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  61.45 
 
 		 486 aa  570  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  32.79 
 
 		 452 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  32.48 
 
 		 434 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1366  Carbohydrate-selective porin OprB  28.84 
 
 		 461 aa  176  8e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  27.34 
 
 		 510 aa  123  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  28.03 
 
 		 501 aa  120  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  24.65 
 
 		 459 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  25 
 
 		 477 aa  107  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5080  Carbohydrate-selective porin  25.15 
 
 		 449 aa  103  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  22.98 
 
 		 459 aa  101  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  31.34 
 
 		 253 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  24.4 
 
 		 486 aa  67.4  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  22.33 
 
 		 440 aa  64.7  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6851  hypothetical protein  26.09 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979562  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  18.57 
 
 		 464 aa  63.2  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  22.51 
 
 		 425 aa  62.8  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  23.73 
 
 		 417 aa  61.2  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  24.21 
 
 		 456 aa  60.5  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 		 456 aa  59.3  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 		 456 aa  59.3  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  25.42 
 
 		 534 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 534 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  22.84 
 
 		 476 aa  55.5  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  22.82 
 
 		 488 aa  55.1  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  22.6 
 
 		 481 aa  53.9  0.000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  24.17 
 
 		 509 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  23.65 
 
 		 480 aa  52.4  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  22.99 
 
 		 482 aa  52  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  23.36 
 
 		 452 aa  52  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  23.36 
 
 		 454 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  22.87 
 
 		 502 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  23.29 
 
 		 490 aa  49.7  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  22.17 
 
 		 534 aa  49.7  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  22.74 
 
 		 454 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  22.74 
 
 		 452 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  23.34 
 
 		 453 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  23.31 
 
 		 485 aa  46.2  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  22.61 
 
 		 453 aa  45.8  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  23.41 
 
 		 498 aa  44.3  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  22.75 
 
 		 514 aa  43.9  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  22.75 
 
 		 514 aa  43.9  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  26.02 
 
 		 455 aa  43.9  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  26.02 
 
 		 455 aa  43.9  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  25.68 
 
 		 453 aa  43.9  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>