47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3797 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 484 aa  981    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  93.39 
 
 		 484 aa  928    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  98.55 
 
 		 493 aa  971    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  60.64 
 
 		 486 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  61.02 
 
 		 481 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  61.62 
 
 		 492 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  60.85 
 
 		 486 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  61.02 
 
 		 494 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  61.45 
 
 		 486 aa  570  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  33.02 
 
 		 452 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  32.94 
 
 		 434 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1366  Carbohydrate-selective porin OprB  28.6 
 
 		 461 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  27.04 
 
 		 510 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  27.76 
 
 		 501 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  24.65 
 
 		 459 aa  113  8.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  25.21 
 
 		 477 aa  108  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  22.74 
 
 		 459 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5080  Carbohydrate-selective porin  25.15 
 
 		 449 aa  101  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  31.34 
 
 		 253 aa  94  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  23.56 
 
 		 440 aa  65.9  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6851  hypothetical protein  26.51 
 
 		 208 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979562  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  22.76 
 
 		 425 aa  64.3  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  23.55 
 
 		 486 aa  64.7  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  18.33 
 
 		 464 aa  63.5  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  23.97 
 
 		 417 aa  62  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  25.65 
 
 		 534 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  25.18 
 
 		 534 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  24.21 
 
 		 456 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  24.93 
 
 		 456 aa  57  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  24.93 
 
 		 456 aa  57  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 		 482 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  22.87 
 
 		 476 aa  54.3  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  22.82 
 
 		 488 aa  53.5  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  23.64 
 
 		 480 aa  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  22.28 
 
 		 481 aa  51.2  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  22.79 
 
 		 502 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  22.81 
 
 		 452 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  23.87 
 
 		 509 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  22.81 
 
 		 454 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  23.59 
 
 		 453 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  22.19 
 
 		 452 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  22.19 
 
 		 454 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  22.57 
 
 		 534 aa  47.4  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  22.41 
 
 		 453 aa  46.2  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  22.83 
 
 		 490 aa  45.1  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  22.56 
 
 		 485 aa  45.1  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  23.17 
 
 		 498 aa  43.5  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>