More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4121 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_4121  cytochrome c assembly protein  100 
 
 
274 aa  522  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.492563 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2871  cytochrome c assembly protein  31.86 
 
 
276 aa  137  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0705  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  32.51 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80358  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2890  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  30 
 
 
275 aa  118  9e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0734214  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0594  cytochrome c assembly protein  32.24 
 
 
275 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0573  cytochrome c assembly protein  34.62 
 
 
278 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0579  cytochrome c assembly protein  36.22 
 
 
269 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2880  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  28.69 
 
 
277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.976784  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0523  cytochrome c assembly protein  26.91 
 
 
276 aa  113  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2200  cytochrome c assembly protein  36.41 
 
 
276 aa  109  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3357  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  26.75 
 
 
284 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000743711  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6712  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  34.96 
 
 
321 aa  103  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2951  cytochrome c assembly protein  28.19 
 
 
1074 aa  100  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.693523  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0511  cytochrome c assembly protein  30.32 
 
 
275 aa  99.8  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000900002  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1161  cytochrome c assembly protein  27.84 
 
 
275 aa  99.8  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.14813  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09813  hypothetical protein  27.43 
 
 
1054 aa  97.4  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3558  cytochrome c assembly protein  28.16 
 
 
286 aa  95.9  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3537  cytochrome c assembly protein  26.47 
 
 
275 aa  94.7  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0447  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.19 
 
 
321 aa  91.3  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07230  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.49 
 
 
340 aa  91.3  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3065  cytochrome c biogenesis protein  35.29 
 
 
278 aa  91.3  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253378  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0513  cytochrome c assembly protein  33.91 
 
 
397 aa  91.3  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.525112  normal  0.322787 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0504  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.87 
 
 
271 aa  90.1  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000138241  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0524  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  33.64 
 
 
301 aa  88.6  9e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00389658 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24320  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.46 
 
 
297 aa  88.6  1e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.909816 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24230  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.89 
 
 
358 aa  88.6  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.795122  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1335  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  29.29 
 
 
1017 aa  87.4  2e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.927141  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0631  cytochrome c assembly protein  33.04 
 
 
328 aa  87.8  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244792  hitchhiker  0.001469 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1894  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.77 
 
 
272 aa  87.8  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.29708  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1116  cytochrome c biogenesis protein, CcmF/CycK/CcsA family  30.54 
 
 
1076 aa  86.7  3e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0547  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.91 
 
 
282 aa  87.4  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1157  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  29.88 
 
 
1081 aa  86.7  4e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1032  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  29.88 
 
 
1081 aa  86.3  5e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0775  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  29.88 
 
 
1081 aa  85.9  6e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.239289  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5339  cytochrome c assembly protein  33.03 
 
 
326 aa  85.9  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5672  cytochrome c assembly protein  33.03 
 
 
326 aa  85.9  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.593468 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3702  cytochrome c assembly protein  33.03 
 
 
326 aa  85.9  6e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2200  cytochrome c assembly protein  32.56 
 
 
327 aa  85.5  8e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0703  cytochrome c assembly protein  32 
 
 
283 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0688  cytochrome c assembly protein  34.02 
 
 
334 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4512  cytochrome c assembly protein  34.07 
 
 
328 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0695  cytochrome c assembly protein  34.02 
 
 
334 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4471  cytochrome c assembly protein  30.56 
 
 
366 aa  85.1  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4302  cytochrome c assembly protein  30.56 
 
 
366 aa  85.1  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.694809  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4202  cytochrome c assembly protein  30.56 
 
 
366 aa  85.1  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0254  cytochrome c assembly protein  30.59 
 
 
378 aa  84.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.409306  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0575  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like protein  35.16 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0708  cytochrome c assembly protein  34.02 
 
 
334 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.034343 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2820  cytochrome c assembly protein  33.63 
 
 
326 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6117  cytochrome c assembly protein  30.91 
 
 
396 aa  84.3  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242647  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1760  cytochrome c assembly protein  29.76 
 
 
889 aa  84.3  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.790958  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10540  cytochrome C-type biogenesis protein ccsA  35.71 
 
 
324 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241853  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4570  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32 
 
 
309 aa  83.6  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0695  cytochrome c assembly protein  27.86 
 
 
283 aa  83.2  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00968755  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0404  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  28.51 
 
 
1024 aa  83.2  0.000000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0824  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.7 
 
 
357 aa  82.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.341691  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08251  putative heme transporter  28.88 
 
 
309 aa  82.8  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.379611  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3841  cytochrome c assembly protein  29.22 
 
 
282 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000353743  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08271  putative heme transporter  28.88 
 
 
309 aa  82.4  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.958198  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2514  cytochrome c assembly protein  28.83 
 
 
284 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000017273  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2756  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.58 
 
 
283 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00415775  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3088  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  31.66 
 
 
360 aa  82  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3289  cytochrome c assembly protein  32.32 
 
 
381 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0809  cytochrome c biogenesis protein  26.72 
 
 
899 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.747072  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2701  CcsB  43.69 
 
 
329 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.223788  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2900  cytochrome c assembly protein  27.89 
 
 
284 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000276179  normal  0.563922 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4574  cytochrome c assembly protein  33.17 
 
 
360 aa  81.3  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0272  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  34.74 
 
 
323 aa  81.3  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.480455  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.6 
 
 
271 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0600631  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0869  cytochrome c assembly protein  32.8 
 
 
327 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.0057057  normal  0.189022 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3232  cytochrome c assembly protein  33.33 
 
 
271 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00268584  normal  0.260264 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0049  cytochrome c assembly protein  32.88 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.255683 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8079  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.88 
 
 
358 aa  80.1  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0986266  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  31.03 
 
 
271 aa  79.7  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3519  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  26.94 
 
 
282 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00186818 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5011  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.8 
 
 
330 aa  79.3  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0692  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.96 
 
 
330 aa  79  0.00000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0232519  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08181  putative heme transporter  38.6 
 
 
312 aa  79  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0049  cytochrome c assembly protein  25.94 
 
 
391 aa  78.6  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00321304  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0361  cytochrome c assembly protein  30.4 
 
 
271 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2587  cytochrome c assembly protein  28.99 
 
 
284 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.192397  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0614  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  26.82 
 
 
283 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3283  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  28.46 
 
 
271 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0480  cytochrome c assembly protein  28.03 
 
 
1045 aa  77.8  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.379709  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17940  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis, permease component  31.31 
 
 
366 aa  77.8  0.0000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4428  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  43.81 
 
 
339 aa  78.2  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1103  cytochrome c assembly protein  26.29 
 
 
278 aa  77  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208072  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  27.44 
 
 
405 aa  77.4  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02970  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.57 
 
 
333 aa  76.6  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1039  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.6 
 
 
361 aa  76.3  0.0000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0197  outer membrane lipoprotein MapA  28.14 
 
 
1027 aa  75.9  0.0000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0185  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  29.23 
 
 
379 aa  75.9  0.0000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.107492  normal  0.161414 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0773  putative heme transporter  39.81 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.694231  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0699  cytochrome c assembly protein  28.91 
 
 
898 aa  75.9  0.0000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00244296  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2731  cytochrome c assembly protein  31.28 
 
 
341 aa  75.5  0.0000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0354846  normal  0.099851 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2228  ABC-type transport system, permease component  28.81 
 
 
285 aa  75.5  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.062571  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1461  cytochrome C assembly protein  28.33 
 
 
1031 aa  74.7  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2711  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  28.51 
 
 
395 aa  73.6  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0072374  unclonable  0.0000000000373166 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3113  cytochrome c-type biogenesis protein ResC  28.51 
 
 
352 aa  73.6  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09971  putative heme transporter  35.29 
 
 
311 aa  73.9  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.671585  normal  0.218138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>