More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_1403 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_1403  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
335 aa  678    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1449  LysR family transcriptional regulator  72.67 
 
 
336 aa  487  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.319275 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  55.36 
 
 
337 aa  332  5e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  47.52 
 
 
322 aa  287  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1497  transcriptional regulator CysB  26.87 
 
 
324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000166035  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  31.97 
 
 
333 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1689  transcriptional regulator CysB  26.19 
 
 
324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.372652  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003883  regulatory protein CysB  25.85 
 
 
324 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.803514  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01793  transcriptional regulator CysB  25.85 
 
 
324 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1583  transcriptional regulator CysB  29.05 
 
 
325 aa  123  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1296  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  30.23 
 
 
312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1979  transcriptional regulator CysB  26.44 
 
 
323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  32.68 
 
 
301 aa  119  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
314 aa  119  6e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  28.14 
 
 
324 aa  119  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2649  transcriptional regulator CysB  26.01 
 
 
324 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1851  transcriptional regulator CysB-like protein  29.49 
 
 
308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1205  transcriptional regulator CysB-like protein  29.49 
 
 
308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.215298  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0350  transcriptional regulator CysB-like protein  29.49 
 
 
308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0871745  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1694  transcriptional regulator CysB-like protein  29.49 
 
 
308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.272702  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2018  transcriptional regulator CysB-like protein  29.49 
 
 
308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.962244  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0810  transcriptional regulator CysB-like protein  29.49 
 
 
308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259681  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2476  transcriptional regulator CysB-like protein  29.49 
 
 
308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2428  transcriptional regulator CysB  27.89 
 
 
323 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  29.49 
 
 
308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.625225  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1501  transcriptional regulator CysB-like protein  29.39 
 
 
308 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33535  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0847  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 
320 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.960379 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0699  sulfur assimilation transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 
320 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.735105  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1521  transcriptional regulator CysB-like protein  29.39 
 
 
308 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
300 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 
316 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2327  transcriptional regulator CysB  26.87 
 
 
324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184075  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 
306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4743  transcriptional regulator CysB-like protein  29.49 
 
 
308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.217696  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3443  transcriptional regulator CysB  26.87 
 
 
324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0457028  hitchhiker  0.00255719 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1928  transcriptional regulator CysB  26.87 
 
 
324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0221409  hitchhiker  0.0000000000199307 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0301  transcriptional regulator CysB  25.59 
 
 
324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1731  transcriptional regulator CysB  25.59 
 
 
324 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00171097  normal  0.293254 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1662  transcriptional regulator CysB  25.59 
 
 
324 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0319237  unclonable  0.0000181404 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1587  transcriptional regulator CysB  25.59 
 
 
324 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.296126  normal  0.104148 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41870  transcriptional regulator CysB  27.21 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 
303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2839  transcriptional regulator CysB  25.59 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.462693  hitchhiker  0.00000219555 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  25.85 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  25.85 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  25.85 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2469  transcriptional regulator CysB  28.28 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1624  transcriptional regulator CysB  25.59 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.239161  normal  0.11593 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1632  transcriptional regulator CysB-like protein  29.05 
 
 
308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  25.85 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  25.85 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  25.85 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  25.85 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  25.85 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  25.85 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2129  transcriptional regulator CysB-like protein  29.58 
 
 
311 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.74673e-16  decreased coverage  0.00000124662 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
304 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4003  transcriptional regulator CysB  26.87 
 
 
324 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.260583  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1805  transcriptional regulator CysB  25.59 
 
 
324 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  0.0101242 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1145  transcriptional regulator CysB-like protein  29.01 
 
 
308 aa  114  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207377  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3553  transcriptional regulator CysB  26.87 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1582  transcriptional regulator CysB-like protein  29.05 
 
 
308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.610687  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2656  transcriptional regulator CysB  25.51 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00546956  unclonable  0.0000000382364 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1324  transcriptional regulator CysB  25.59 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.121135 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1605  transcriptional regulator CysB-like protein  29.05 
 
 
308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339549  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2546  transcriptional regulator CysB  26.19 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000891923 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1768  transcriptional regulator CysB  26.62 
 
 
324 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000142013 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 
301 aa  113  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2195  transcriptional regulator CysB  25.51 
 
 
324 aa  113  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000422628 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1697  transcriptional regulator CysB  29.73 
 
 
326 aa  113  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.828749 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 
303 aa  113  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2016  transcriptional regulator CysB  25.17 
 
 
324 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.251178  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2317  transcriptional regulator CysB  25.17 
 
 
324 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
302 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1625  transcriptional regulator CysB-like protein  29.25 
 
 
308 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.879627  normal  0.658708 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2248  transcriptional regulator CysB  25.93 
 
 
325 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.841929  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1125  transcriptional regulator CysB-like protein  28.81 
 
 
308 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2161  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 
324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281423  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2910  transcriptional regulator CysB-like protein  29.63 
 
 
313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170902  normal  0.254391 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1840  transcriptional regulator CysB  26.44 
 
 
324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000484032 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1844  transcriptional regulator CysB  25.51 
 
 
324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1902  transcriptional regulator CysB  25.51 
 
 
324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.834508  hitchhiker  4.2824e-16 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3535  transcriptional regulator CysB-like protein  31.97 
 
 
326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1537  transcriptional regulator CysB  25.25 
 
 
324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000242596  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2292  transcriptional regulator CysB-like protein  26.69 
 
 
306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.524252  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2096  transcriptional regulator CysB  25.77 
 
 
324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00807982  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1434  transcriptional regulator CysB  25.51 
 
 
324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237388  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  29.35 
 
 
313 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
311 aa  110  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
296 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  30.56 
 
 
323 aa  110  3e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1624  transcriptional regulator CysB  25.25 
 
 
324 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.483368  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2032  transcriptional regulator CysB  25 
 
 
324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30659  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1656  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>