106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_R0003 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 327 bp  648    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  98.2 
 
 		 315 bp  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 356 bp  301  6e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  91.59 
 
 		 326 bp  297  1e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  91.07 
 
 		 357 bp  285  4.0000000000000003e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  87.67 
 
 		 315 bp  220  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    87.73 
 
 		 330 bp  198  7e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0037  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 323 bp  71.9  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.742854  normal  0.0345695 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0039  RNA component of RNaseP  85.06 
 
 		 328 bp  69.9  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.652207 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  85.57 
 
 		 329 bp  65.9  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 284 bp  65.9  0.000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  88.52 
 
 		 335 bp  65.9  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  90.38 
 
 		 308 bp  63.9  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0003  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 330 bp  61.9  0.0000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0285718 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  81.12 
 
 		 301 bp  61.9  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0736  Bacterial RNase P class A  97.06 
 
 		 288 bp  60  0.0000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0033  RNA component of RNaseP  84.15 
 
 		 332 bp  60  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0562795  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0080    96.97 
 
 		 295 bp  58  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00404274  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 297 bp  58  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 291 bp  56  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 307 bp  56  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_002936  DET_DernpB1  sRNA  94.29 
 
 		 261 bp  54  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.573184  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  87.27 
 
 		 353 bp  54  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 305 bp  54  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_rnpBVIMSS1309424  RnpB RNA: catalytic subunit of RNase P  100 
 
 		 398 bp  54  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0019    87.27 
 
 		 348 bp  54  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0920457  normal  0.986238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  87.27 
 
 		 346 bp  54  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  94.29 
 
 		 304 bp  54  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  94.29 
 
 		 422 bp  54  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 364 bp  54  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  94.29 
 
 		 308 bp  54  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  94.29 
 
 		 396 bp  54  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 302 bp  52  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 312 bp  52  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  94.12 
 
 		 349 bp  52  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 363 bp  52  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 305 bp  52  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 331 bp  52  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 299 bp  52  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 299 bp  52  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0014  RNA component of RNaseP  90.48 
 
 		 342 bp  52  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.250128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  94.12 
 
 		 296 bp  52  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 300 bp  52  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 300 bp  52  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 300 bp  52  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 300 bp  52  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  92.11 
 
 		 302 bp  52  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 306 bp  52  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 317 bp  52  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  94.12 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 322 bp  52  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 299 bp  52  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  94.12 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0043  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 213 bp  52  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000487494  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0049  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 292 bp  52  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 333 bp  52  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 298 bp  52  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 359 bp  52  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 333 bp  52  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 301 bp  52  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  94.12 
 
 		 303 bp  52  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0015  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 313 bp  50.1  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0681345  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0056  RNase P class A  93.94 
 
 		 276 bp  50.1  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.441573  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 333 bp  50.1  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  87.76 
 
 		 352 bp  50.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  87.76 
 
 		 358 bp  50.1  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0043    91.89 
 
 		 303 bp  50.1  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.15761  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    87.76 
 
 		 352 bp  50.1  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  90.24 
 
 		 296 bp  50.1  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  91.89 
 
 		 354 bp  50.1  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  87.76 
 
 		 352 bp  50.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 305 bp  50.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  96.55 
 
 		 427 bp  50.1  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  93.75 
 
 		 378 bp  48.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0033  RNA component of RNaseP  82.14 
 
 		 348 bp  48.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0667281  normal  0.0671024 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0032  RNA component of RNaseP  81.52 
 
 		 326 bp  48.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 373 bp  48.1  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  91.43 
 
 		 359 bp  46.1  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  91.43 
 
 		 369 bp  46.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0027  RNA component of RNaseP  96.3 
 
 		 326 bp  46.1  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0434723 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1797  bacterial RNase P, class A  96.3 
 
 		 380 bp  46.1  0.006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.848087  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  93.55 
 
 		 346 bp  46.1  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>