134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1681 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1681  PilT protein-like  100 
 
 		 136 aa  270  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.116331  normal  0.664267 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0440  PilT protein-like  47.37 
 
 		 134 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000179252  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2472  virulence associated protein C  42.96 
 
 		 133 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00148493  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4187  DNA replication protein-like protein  43.61 
 
 		 135 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.49294 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1868  PilT domain-containing protein  40.44 
 
 		 133 aa  107  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000212984  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4076  plamid maintenance protein  42.86 
 
 		 135 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1771  hypothetical protein  42.42 
 
 		 133 aa  107  8.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2129  virulence-associated protein, putative  44.36 
 
 		 136 aa  105  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156283  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4624  PilT domain-containing protein  44.03 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.723585  normal  0.112001 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1788  PilT protein domain protein  44.36 
 
 		 136 aa  105  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.813085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3267  plasmid maintenance protein  41.22 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3368  plasmid maintenance protein  41.22 
 
 		 133 aa  104  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.911  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1045  virulence-associated protein, putative  42.86 
 
 		 134 aa  103  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.491192  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6178  PilT protein, N-terminal  44.12 
 
 		 133 aa  103  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.382745  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3905  PilT domain-containing protein  43.38 
 
 		 134 aa  101  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.646522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3968  PilT domain-containing protein  43.28 
 
 		 135 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10464  normal  0.34904 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2669  PilT protein-like  39.69 
 
 		 132 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0691561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1627  PilT protein domain protein  43.61 
 
 		 136 aa  99.8  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.733144  normal  0.420461 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3461  PilT domain-containing protein  41.91 
 
 		 135 aa  97.8  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.999718 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0894  PilT protein, N-terminal  41.35 
 
 		 134 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.282292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4600  putative nitrogen regulatory protein (NtrR-like), putative virulence associated protein (vap)  47.06 
 
 		 135 aa  97.4  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.660475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4437  PilT protein-like  42.65 
 
 		 134 aa  97.1  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0152  PilT protein domain protein  44.78 
 
 		 134 aa  97.1  7e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0688  PilT domain-containing protein  37.04 
 
 		 132 aa  95.9  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.442109  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3680  PilT protein domain protein  39.55 
 
 		 134 aa  93.6  9e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0728  PilT protein domain protein  40.15 
 
 		 132 aa  92.8  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.741529  hitchhiker  0.0000801582 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0286  PilT protein domain protein  41.04 
 
 		 135 aa  92.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.024358  decreased coverage  0.0024847 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3988  PilT protein domain protein  40.46 
 
 		 133 aa  92.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0532731 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3939  PilT protein domain protein  41.22 
 
 		 133 aa  91.3  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2951  PilT domain-containing protein  38.81 
 
 		 136 aa  90.1  9e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1067  PilT protein domain protein  44.12 
 
 		 134 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0602  PilT protein domain protein  39.55 
 
 		 135 aa  90.1  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.191075  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1138  PilT domain-containing protein  41.04 
 
 		 133 aa  87  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3729  PilT protein-like  43.51 
 
 		 133 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.294534  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1461  PilT protein domain protein  37.5 
 
 		 134 aa  86.3  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1484  hypothetical protein  39.86 
 
 		 141 aa  86.7  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174904  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0701  PilT protein domain protein  40.3 
 
 		 136 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.528227 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2777  PilT protein domain protein  35.34 
 
 		 134 aa  85.5  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0898  PilT protein domain protein  41.79 
 
 		 131 aa  84.3  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.185586  normal  0.0272728 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0091  PilT domain-containing protein  36.57 
 
 		 132 aa  84  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3269  PilT protein-like  39.55 
 
 		 133 aa  83.6  9e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159462  hitchhiker  0.00995267 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03915  predicted nucleic acid-binding protein,contains PIN domain  44.12 
 
 		 101 aa  83.6  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.968864  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1325  nucleic acid binding protein  35.88 
 
 		 133 aa  82.4  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.000000000000354508  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4731  VagD  34.35 
 
 		 138 aa  81.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.761951  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1319  PilT protein domain protein  41.98 
 
 		 140 aa  80.5  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1213  virulence associated protein C  39.69 
 
 		 138 aa  79.7  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1533  PilT protein domain protein  38.06 
 
 		 132 aa  79.3  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0497484  hitchhiker  0.000597174 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0234  PilT domain-containing protein  40.3 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.749646 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1063  PilT protein domain protein  39.71 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.471234  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0442  nitrogen regulatory protein NtrR  40.46 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.315733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0478  virulence-associated protein, putative  36.03 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1876  PilT protein domain protein  40.3 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0638  PilT protein domain protein  36.09 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2127  vapC protein, putative  33.85 
 
 		 133 aa  73.6  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5055  PilT domain-containing protein  35.82 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4147  PilT domain-containing protein  41.22 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.448502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2719  PilT protein-like  34.81 
 
 		 151 aa  68.2  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.116591 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6255  PilT domain-containing protein  37.59 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0358672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3558  PilT domain-containing protein  36.5 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2936  PilT domain-containing protein  35.88 
 
 		 130 aa  67  0.00000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.203821 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2391  PIN (PilT N terminus) domain  41.05 
 
 		 95 aa  66.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1545  PilT domain-containing protein  33.08 
 
 		 140 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.230093  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6878  PilT domain-containing protein  38.35 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.425666  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1566  PilT domain-containing protein  33.59 
 
 		 140 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.123163  normal  0.225999 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0483  PilT domain-containing protein  40.6 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0156  PilT protein domain protein  38.17 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2366  PilT protein domain protein  33.33 
 
 		 137 aa  62.8  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2655  PIN domain protein  31.54 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36180  PilT domain-containing protein  32.09 
 
 		 136 aa  61.2  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2597  PilT protein-like protein  37.59 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2281  PilT protein domain protein  35.05 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.913458  hitchhiker  0.0000308693 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1623  virulence associated protein VagD, putative  30.37 
 
 		 134 aa  60.1  0.000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4794  PilT protein-like  33.59 
 
 		 138 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3732  nucleic acid-binding protein  34.33 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1183  PilT protein domain protein  38.71 
 
 		 119 aa  58.9  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3757  PilT domain-containing protein  34.31 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00272094  normal  0.0228653 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0414  PilT protein domain protein  29.93 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2552  PilT domain-containing protein  34.78 
 
 		 152 aa  58.9  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.748536  normal  0.0339823 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1337  PilT protein domain protein  33.59 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.1325  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0795  PilT protein-like protein  40.22 
 
 		 95 aa  57  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1904  PilT protein domain protein  35.66 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.101114 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1769  hypothetical protein  29.01 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0017  PilT domain-containing protein  31.3 
 
 		 138 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.461831  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0141  plasmid maintenance protein VagD  30.53 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1340  PilT protein domain protein  32.58 
 
 		 129 aa  55.1  0.0000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.382871  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1127  PilT domain-containing protein  29.1 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.539233 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0983  PilT domain-containing protein  29.77 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2721  PilT protein-like protein  32.39 
 
 		 125 aa  53.1  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.865953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4589  PilT protein domain protein  28.37 
 
 		 139 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000022459  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2468  PilT protein domain protein  31.91 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0500169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0420  PilT protein domain protein  39.68 
 
 		 137 aa  52.8  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0138  PilT domain-containing protein  28.79 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0155  PilT protein domain protein  28.99 
 
 		 139 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.538447 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3320  PilT protein-like  29.55 
 
 		 133 aa  51.6  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2661  PilT domain-containing protein  33.33 
 
 		 124 aa  50.4  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0154  PilT domain-containing protein  29.55 
 
 		 133 aa  50.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1433  NtrR protein  30.83 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3585  PilT protein domain protein  33.06 
 
 		 129 aa  49.7  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4829  PilT protein domain protein  34.09 
 
 		 130 aa  49.7  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3124  hypothetical protein  30.34 
 
 		 141 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.864245 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>