More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1294 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
360 aa  721    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26434  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.66 
 
 
319 aa  470  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.05 
 
 
316 aa  450  1e-125  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.228313 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3245  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.52 
 
 
331 aa  399  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.221391 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.61 
 
 
325 aa  397  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.39 
 
 
318 aa  393  1e-108  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.94 
 
 
329 aa  393  1e-108  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.19 
 
 
323 aa  389  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0431145  normal  0.15102 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.52 
 
 
316 aa  372  1e-102  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.556452  hitchhiker  0.000650625 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60 
 
 
317 aa  372  1e-102  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.2 
 
 
330 aa  374  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.46913  normal  0.0352982 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.2 
 
 
322 aa  367  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0900  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.35 
 
 
326 aa  367  1e-100  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.425817  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3393  dTDP-glucose 4,6-dehydratase, NAD-dependent epimerase/dehydratase-related protein  54.66 
 
 
326 aa  367  1e-100  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.229105  normal  0.0838562 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.33 
 
 
317 aa  368  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307285  normal  0.160905 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.5 
 
 
318 aa  366  1e-100  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.07 
 
 
330 aa  364  1e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.07 
 
 
316 aa  364  1e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02955  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  53.67 
 
 
339 aa  363  4e-99  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.43 
 
 
313 aa  362  7.0000000000000005e-99  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 
329 aa  360  2e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.228757  normal  0.0226045 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.06 
 
 
313 aa  360  2e-98  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.186347 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 
329 aa  360  3e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.34994  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.61 
 
 
312 aa  355  6.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0684106  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.21 
 
 
318 aa  354  1e-96  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5517  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.86 
 
 
315 aa  353  2e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.55 
 
 
327 aa  353  2.9999999999999997e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3525  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.08 
 
 
326 aa  352  5e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.783462 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.96 
 
 
312 aa  352  5.9999999999999994e-96  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0395145  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2009  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.96 
 
 
312 aa  352  5.9999999999999994e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.17 
 
 
318 aa  351  1e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2307  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.39 
 
 
311 aa  348  8e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00124145  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.03 
 
 
340 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.03 
 
 
340 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0814825 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.9 
 
 
310 aa  345  8e-94  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.453654  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3805  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.93 
 
 
314 aa  345  8.999999999999999e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.387069 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1140  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.88 
 
 
312 aa  343  2e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.193248  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.42 
 
 
316 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.301245  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.25 
 
 
311 aa  343  4e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0132998  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.72 
 
 
320 aa  342  9e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.579578  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.63 
 
 
312 aa  340  2e-92  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1611  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.13 
 
 
313 aa  340  2e-92  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.709629  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.24 
 
 
318 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3791  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.92 
 
 
313 aa  340  2.9999999999999998e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.05 
 
 
313 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000855956  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.08 
 
 
336 aa  339  5e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.21 
 
 
318 aa  338  8e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954538 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.63 
 
 
325 aa  338  8e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.7 
 
 
348 aa  338  9e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0212169 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11280  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  55.13 
 
 
329 aa  337  9.999999999999999e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883785  normal  0.146231 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1165  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.06 
 
 
320 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0499982  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.56 
 
 
314 aa  335  5e-91  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.167111  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1815  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  53.42 
 
 
311 aa  335  1e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.437537  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0129  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.09 
 
 
322 aa  334  1e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1149  dTDP-glucose 46-dehydratase  53.4 
 
 
325 aa  334  2e-90  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.985297 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.42 
 
 
324 aa  333  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26091  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  53.25 
 
 
313 aa  332  5e-90  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.91787 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.99 
 
 
325 aa  332  5e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.26 
 
 
321 aa  332  6e-90  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.58 
 
 
330 aa  331  9e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000230956 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.41 
 
 
319 aa  331  1e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.6 
 
 
341 aa  331  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.27 
 
 
343 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0230856  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1937  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.29 
 
 
311 aa  331  1e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.14 
 
 
348 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120111  normal  0.224068 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.45 
 
 
315 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4588  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.75 
 
 
311 aa  330  3e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.29 
 
 
311 aa  330  3e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.366265  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2802  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.06 
 
 
317 aa  330  3e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0542  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.23 
 
 
337 aa  327  1.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0024  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.09 
 
 
326 aa  328  1.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235622  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.23 
 
 
337 aa  327  1.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14221  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  49.34 
 
 
311 aa  328  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.84912  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.78 
 
 
318 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14001  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  49.34 
 
 
316 aa  328  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3556  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.46 
 
 
321 aa  326  3e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.1 
 
 
308 aa  326  5e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0262  sugar nucleotide dehydratase  52.43 
 
 
317 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.129808  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.64 
 
 
309 aa  325  8.000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.84 
 
 
346 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.544479  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.05 
 
 
348 aa  324  1e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0857049  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4391  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.98 
 
 
350 aa  325  1e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.626317  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.13 
 
 
315 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.380397  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.05 
 
 
348 aa  324  1e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.47827  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1288  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.05 
 
 
348 aa  324  1e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2263  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.05 
 
 
348 aa  324  1e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171141  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1378  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.05 
 
 
348 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280113  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3252  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.77 
 
 
314 aa  323  2e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0363049  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.13 
 
 
315 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.710301 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3158  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.05 
 
 
348 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0477125  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3029  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.05 
 
 
348 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.965327  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3060  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  51.47 
 
 
331 aa  323  4e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0392933  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0261  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.51 
 
 
311 aa  323  4e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.370218  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0189  putative nucleoside-diphosphate sugar epimerase  52.77 
 
 
316 aa  322  5e-87  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.496773  decreased coverage  0.00806939 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.76 
 
 
330 aa  322  7e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.19 
 
 
318 aa  322  8e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000151711  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.48 
 
 
342 aa  322  8e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1566  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.96 
 
 
319 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13324  normal 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_41531  nad-dependent epimerase/dehydratase  48.52 
 
 
514 aa  320  1.9999999999999998e-86  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.52 
 
 
347 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131148 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>