More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_2003 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  582  1.0000000000000001e-165  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4436  transcriptional regulator, LysR family  53.05 
 
 		 288 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53692  normal  0.340151 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  41.78 
 
 		 294 aa  228  8e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.92 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.52 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.52 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.52 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.53 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.53 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.53 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.53 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.18 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.99 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.18 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.51 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.64 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.93 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  32.64 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.64 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.64 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.64 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.49 
 
 		 325 aa  146  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.27 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 300 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 300 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.29 
 
 		 299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.4 
 
 		 296 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.18 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 301 aa  142  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.52 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.18 
 
 		 311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.07 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.41 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.41 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.69 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.44 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.62 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.47 
 
 		 292 aa  126  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 317 aa  125  6e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.21 
 
 		 295 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 319 aa  122  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.83 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.84 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.64 
 
 		 295 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  30.28 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 294 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  28 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0813  transcriptional regulator CysB-like protein  28.67 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 288 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  24.91 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 288 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 304 aa  104  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 291 aa  104  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3665  transcriptional regulator CysB-like protein  29.33 
 
 		 313 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891363 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 295 aa  104  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>