275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2918 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00678  predicted outer membrane protein  97.18 
 
 		 816 aa  1601    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02916  predicted outer membrane usher protein  39.36 
 
 		 822 aa  635    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2918  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 818 aa  1695    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.528881  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2937  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  95.6 
 
 		 819 aa  1585    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0635  fimbrial usher family protein  95.6 
 
 		 833 aa  1578    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.07 
 
 		 832 aa  645    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0653  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.85 
 
 		 832 aa  642    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0744  fimbrial usher family protein  95.85 
 
 		 833 aa  1588    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3222  fimbrial usher protein  39.8 
 
 		 833 aa  637    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000448746  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00667  hypothetical protein  98.11 
 
 		 792 aa  1609    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4106  fimbrial usher protein  40.2 
 
 		 830 aa  645    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0808  fimbrial usher protein  83.09 
 
 		 816 aa  1446    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.404851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0766  fimbrial usher family protein  95.6 
 
 		 833 aa  1585    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02866  hypothetical protein  39.31 
 
 		 812 aa  632  1e-180  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.419634  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0654  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.31 
 
 		 821 aa  633  1e-180  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3509  fimbrial usher protein  39.36 
 
 		 834 aa  633  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00630946  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3198  fimbrial usher protein  40.26 
 
 		 829 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3261  fimbrial usher protein  40.02 
 
 		 829 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.313341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3363  fimbrial usher protein  40.02 
 
 		 829 aa  601  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0678454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3247  fimbrial usher protein  40.02 
 
 		 829 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239063  normal  0.0404863 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3184  fimbrial usher protein  39.9 
 
 		 829 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4723  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.9 
 
 		 844 aa  552  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.66956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0403  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.16 
 
 		 835 aa  554  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4146  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.41 
 
 		 846 aa  543  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0233  fimbrial usher protein  37.2 
 
 		 885 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.516859  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0215  fimbrial usher protein  37.09 
 
 		 885 aa  527  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00519356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0217  fimbrial usher protein  37.09 
 
 		 885 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0273463  normal  0.609825 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0232  fimbrial usher protein  37.09 
 
 		 885 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0614  fimbrial usher protein  35.59 
 
 		 826 aa  524  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3480  fimbrial usher protein  35.69 
 
 		 860 aa  519  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0695  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.46 
 
 		 826 aa  518  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0252  fimbrial usher protein  35.34 
 
 		 826 aa  515  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00772695  hitchhiker  0.00000864074 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2489  fimbrial usher family protein  34.86 
 
 		 880 aa  513  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4673  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.35 
 
 		 828 aa  515  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2632  fimbrial usher family protein  34.82 
 
 		 881 aa  515  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2717  fimbrial usher family protein  34.86 
 
 		 880 aa  512  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.405081  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3153  fimbrial usher protein  35.85 
 
 		 881 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.804519  normal  0.112503 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1315  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.47 
 
 		 881 aa  509  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3172  fimbrial usher protein  35.85 
 
 		 881 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.287175  normal  0.39987 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02262  predicted outer membrane export usher protein  34.47 
 
 		 881 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3270  fimbrial usher protein  35.73 
 
 		 881 aa  508  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.142463  normal  0.0139544 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0825  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.52 
 
 		 845 aa  509  9.999999999999999e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2496  fimbrial usher protein  35.3 
 
 		 882 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.111704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3089  fimbrial usher protein  35.73 
 
 		 881 aa  508  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1524  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.75 
 
 		 828 aa  449  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1547  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.64 
 
 		 817 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160729  normal  0.526328 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4772  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.55 
 
 		 828 aa  446  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.26 
 
 		 828 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.334862 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1611  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.35 
 
 		 829 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0173282 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1147  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.14 
 
 		 828 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1627  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.14 
 
 		 828 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2061  MrfC  32.3 
 
 		 813 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.230274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1654  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.42 
 
 		 813 aa  389  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1897  fimbrial usher protein  32.3 
 
 		 813 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.377011  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1910  fimbrial usher protein  32.17 
 
 		 813 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02223  hypothetical protein  35.25 
 
 		 579 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04794  porin PapC  28.54 
 
 		 820 aa  317  4e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.24 
 
 		 837 aa  303  8.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  30.15 
 
 		 851 aa  286  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  28.51 
 
 		 863 aa  282  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  29.2 
 
 		 842 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.45 
 
 		 840 aa  281  5e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  29.47 
 
 		 850 aa  281  5e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  29.08 
 
 		 842 aa  280  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  29.08 
 
 		 842 aa  280  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  29.68 
 
 		 863 aa  278  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  29.56 
 
 		 833 aa  278  3e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  29.56 
 
 		 833 aa  278  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  29.1 
 
 		 833 aa  277  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.44 
 
 		 838 aa  276  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.01 
 
 		 877 aa  276  1.0000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  29.78 
 
 		 838 aa  276  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  28.46 
 
 		 878 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.9 
 
 		 838 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  29.78 
 
 		 838 aa  276  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.57 
 
 		 878 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  28.46 
 
 		 878 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  29.78 
 
 		 838 aa  275  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  29.95 
 
 		 838 aa  274  5.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  28.37 
 
 		 878 aa  273  7e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.35 
 
 		 851 aa  273  8.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  27.82 
 
 		 833 aa  273  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  30.56 
 
 		 844 aa  272  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  29.38 
 
 		 913 aa  272  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.88 
 
 		 890 aa  272  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  29.5 
 
 		 914 aa  272  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  29.38 
 
 		 914 aa  271  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  27.51 
 
 		 848 aa  271  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  27.63 
 
 		 848 aa  270  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  28.19 
 
 		 856 aa  270  7e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  28.55 
 
 		 839 aa  270  8e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  27.76 
 
 		 848 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  28.5 
 
 		 809 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  27.39 
 
 		 848 aa  269  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  28.5 
 
 		 809 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  28.79 
 
 		 840 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  28.5 
 
 		 809 aa  268  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  28.5 
 
 		 809 aa  268  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  27.51 
 
 		 848 aa  268  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  30.05 
 
 		 939 aa  268  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>