257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2833 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0594  PII uridylyl-transferase  42.96 
 
 		 933 aa  741    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0045  PII uridylyl-transferase  41.57 
 
 		 968 aa  701    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.893675 
 
 
-
 
NC_004310  BR0144  PII uridylyl-transferase  44.1 
 
 		 934 aa  754    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2185  PII uridylyl-transferase  44.33 
 
 		 936 aa  711    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00224079  normal  0.664857 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0133  PII uridylyl-transferase  41.98 
 
 		 925 aa  705    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.633689  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1811  PII uridylyl-transferase  65.27 
 
 		 930 aa  1239    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0469  PII uridylyl-transferase  65.92 
 
 		 930 aa  1253    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0882544 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0382  PII uridylyl-transferase  44.97 
 
 		 928 aa  702    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.267202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3539  PII uridylyl-transferase  41.13 
 
 		 936 aa  696    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0414  PII uridylyl-transferase  44.29 
 
 		 928 aa  711    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.394312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0032  PII uridylyl-transferase  42.18 
 
 		 932 aa  713    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.968292  normal  0.957944 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0682  PII uridylyl-transferase  44.31 
 
 		 912 aa  719    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0897  PII uridylyl-transferase  65.46 
 
 		 914 aa  1244    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.88473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0342  PII uridylyl-transferase  42.41 
 
 		 931 aa  731    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2833  PII uridylyl-transferase  100 
 
 		 943 aa  1929    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0157  PII uridylyl-transferase  43.67 
 
 		 934 aa  751    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0116  PII uridylyl-transferase  43.3 
 
 		 933 aa  736    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0226  PII uridylyl-transferase  42.19 
 
 		 931 aa  721    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.952956  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3602  PII uridylyl-transferase  45.09 
 
 		 931 aa  810    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0446  PII uridylyl-transferase  64.58 
 
 		 893 aa  1177    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2787  PII uridylyl-transferase  45.37 
 
 		 935 aa  724    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.565994  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1147  PII uridylyl-transferase  44.83 
 
 		 1029 aa  709    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.845695  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0424  PII uridylyl-transferase  40.99 
 
 		 941 aa  667    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4033  PII uridylyl-transferase  44.15 
 
 		 912 aa  705    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.23625  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3127  PII uridylyl-transferase  42.84 
 
 		 953 aa  688    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7648  PII uridylyl-transferase  43.52 
 
 		 931 aa  724    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.285774 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3956  PII uridylyl-transferase  62.27 
 
 		 936 aa  1129    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.619091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0335  PII uridylyl-transferase  44.97 
 
 		 928 aa  702    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0139  PII uridylyl-transferase  44.21 
 
 		 934 aa  753    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0031  PII uridylyl-transferase  43.12 
 
 		 949 aa  719    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000404003 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3543  PII uridylyl-transferase  43.91 
 
 		 935 aa  699    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.654766 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0284  PII uridylyl-transferase  44.77 
 
 		 969 aa  765    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.610069  normal  0.0372398 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0458  PII uridylyl-transferase  65.38 
 
 		 930 aa  1241    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0418586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2799  PII uridylyl-transferase  40 
 
 		 937 aa  661    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0030  PII uridylyl-transferase  41.8 
 
 		 968 aa  694    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.892083 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0009  PII uridylyl-transferase  41.75 
 
 		 941 aa  608  9.999999999999999e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0914  PII uridylyl-transferase  38.51 
 
 		 938 aa  579  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0300  PII uridylyl-transferase  36.82 
 
 		 989 aa  552  1e-156  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.940535  normal  0.172702 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1411  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  35.1 
 
 		 924 aa  543  1e-153  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3022  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  39.11 
 
 		 936 aa  511  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1426  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  33.45 
 
 		 899 aa  475  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.918297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2333  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.49 
 
 		 894 aa  472  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1877  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.45 
 
 		 894 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1820  protein-P-II uridylyltransferase, putative  33.66 
 
 		 902 aa  466  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.074397  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2384  metal dependent phosphohydrolase  33.74 
 
 		 898 aa  464  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2691  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.75 
 
 		 900 aa  443  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.79049  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1343  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.41 
 
 		 905 aa  437  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013889  TK90_1499  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.52 
 
 		 893 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.179178  normal  1 
 
 
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NC_007912  Sde_2602  PII uridylyl-transferase  31.36 
 
 		 900 aa  424  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011901  Tgr7_1157  (Protein-PII) uridylyltransferase  34.35 
 
 		 899 aa  423  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0806  protein-P-II uridylyltransferase  31.49 
 
 		 892 aa  412  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389764  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2164  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.28 
 
 		 930 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.191815  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_2253  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.39 
 
 		 930 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007498  Pcar_1512  protein-P-II uridylyltransferase  32.27 
 
 		 906 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009439  Pmen_3055  PII uridylyl-transferase  31.91 
 
 		 899 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1468  metal dependent phosphohydrolase  33.61 
 
 		 889 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1692  metal dependent phosphohydrolase  31.87 
 
 		 930 aa  403  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.427674  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0561  PII uridylyl-transferase  32.21 
 
 		 891 aa  405  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.113275  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1739  PII uridylyl-transferase  32.45 
 
 		 852 aa  400  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2766  (protein-PII) uridylyltransferase  45.59 
 
 		 487 aa  402  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.66342  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1589  PII uridylyl-transferase  30.88 
 
 		 900 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.590557 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0567  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.11 
 
 		 887 aa  398  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4188  PII uridylyl-transferase  30.93 
 
 		 900 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2550  PII uridylyl-transferase  31.6 
 
 		 881 aa  399  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1144  PII uridylyl-transferase  30.88 
 
 		 900 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206269  normal  0.972072 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00165  PII uridylyl-transferase  31.78 
 
 		 890 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0565  protein-P-II uridylyltransferase  32.8 
 
 		 877 aa  394  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.184337  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1270  metal dependent phosphohydrolase  31.93 
 
 		 897 aa  393  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.439382 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39010  PII uridylyl-transferase  32.33 
 
 		 899 aa  396  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0177  PII uridylyl-transferase  31.78 
 
 		 890 aa  394  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00164  hypothetical protein  31.78 
 
 		 890 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.920413  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3493  PII uridylyl-transferase  31.78 
 
 		 890 aa  393  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.761936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0159  PII uridylyl-transferase  31.78 
 
 		 890 aa  393  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0691765  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0169  PII uridylyl-transferase  31.78 
 
 		 890 aa  393  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3436  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  31.78 
 
 		 890 aa  392  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1099  PII uridylyl-transferase  30.16 
 
 		 900 aa  391  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0170  PII uridylyl-transferase  31.66 
 
 		 890 aa  391  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.751876  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17040  PII uridylyl-transferase  30.88 
 
 		 900 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1853  PII uridylyl-transferase  32.65 
 
 		 881 aa  390  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172176  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0175  PII uridylyl-transferase  31.66 
 
 		 890 aa  393  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0452861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4084  PII uridylyl-transferase  30.22 
 
 		 900 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.822232 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2147  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.49 
 
 		 863 aa  387  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.112628  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3792  PII uridylyl-transferase  30.78 
 
 		 892 aa  388  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.991129  hitchhiker  0.000938474 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1532  [protein-pII] uridylyltransferase  31.33 
 
 		 898 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002744  [Protein-PII] uridylyltransferase  32.93 
 
 		 874 aa  385  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0235  PII uridylyl-transferase  32.46 
 
 		 890 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.862739  normal  0.902468 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03239  PII uridylyl-transferase  31.92 
 
 		 874 aa  383  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1481  PII uridylyl-transferase  31 
 
 		 900 aa  386  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.918327  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1679  PII uridylyl-transferase  32.67 
 
 		 859 aa  383  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0894657  normal  0.0862944 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2457  PII uridylyl-transferase  32.67 
 
 		 859 aa  385  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100241  hitchhiker  0.00205013 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1865  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  31.57 
 
 		 894 aa  384  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0251  PII uridylyl-transferase  32.46 
 
 		 890 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.372246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1287  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  30.81 
 
 		 888 aa  382  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.934135  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0235  PII uridylyl-transferase  32.46 
 
 		 890 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0574  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  31.55 
 
 		 864 aa  383  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.342423  normal  0.895428 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0238  PII uridylyl-transferase  32.33 
 
 		 890 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0253  PII uridylyl-transferase  32.33 
 
 		 890 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_1011  PII uridylyl-transferase  31.14 
 
 		 893 aa  378  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
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NC_010465  YPK_1064  PII uridylyl-transferase  31.14 
 
 		 912 aa  378  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_0705  PII uridylyl-transferase  30.98 
 
 		 891 aa  376  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.707926  normal  1 
 
 
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