262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0446 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1147  PII uridylyl-transferase  45.22 
 
 		 1029 aa  721    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.845695  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2185  PII uridylyl-transferase  44.04 
 
 		 936 aa  712    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00224079  normal  0.664857 
 
 
-
 
NC_004310  BR0144  PII uridylyl-transferase  46.02 
 
 		 934 aa  742    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2799  PII uridylyl-transferase  42.13 
 
 		 937 aa  682    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0030  PII uridylyl-transferase  41.99 
 
 		 968 aa  667    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.892083 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0133  PII uridylyl-transferase  42.78 
 
 		 925 aa  702    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.633689  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1811  PII uridylyl-transferase  67.69 
 
 		 930 aa  1238    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3539  PII uridylyl-transferase  42.95 
 
 		 936 aa  714    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3543  PII uridylyl-transferase  44.48 
 
 		 935 aa  725    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.654766 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0032  PII uridylyl-transferase  43.45 
 
 		 932 aa  722    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.968292  normal  0.957944 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0682  PII uridylyl-transferase  43.98 
 
 		 912 aa  690    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0897  PII uridylyl-transferase  64.4 
 
 		 914 aa  1153    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.88473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0335  PII uridylyl-transferase  44.98 
 
 		 928 aa  722    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3602  PII uridylyl-transferase  47.68 
 
 		 931 aa  813    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0342  PII uridylyl-transferase  42.62 
 
 		 931 aa  723    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0157  PII uridylyl-transferase  45.43 
 
 		 934 aa  756    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0414  PII uridylyl-transferase  44.98 
 
 		 928 aa  722    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.394312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0116  PII uridylyl-transferase  43.89 
 
 		 933 aa  735    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0226  PII uridylyl-transferase  43.24 
 
 		 931 aa  719    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.952956  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0446  PII uridylyl-transferase  100 
 
 		 893 aa  1829    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2787  PII uridylyl-transferase  45.2 
 
 		 935 aa  706    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.565994  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0594  PII uridylyl-transferase  43.85 
 
 		 933 aa  735    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0139  PII uridylyl-transferase  45.91 
 
 		 934 aa  741    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0469  PII uridylyl-transferase  67.12 
 
 		 930 aa  1235    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0882544 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4033  PII uridylyl-transferase  43.99 
 
 		 912 aa  699    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.23625  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0045  PII uridylyl-transferase  42.11 
 
 		 968 aa  682    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.893675 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0424  PII uridylyl-transferase  42.75 
 
 		 941 aa  681    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0284  PII uridylyl-transferase  45.18 
 
 		 969 aa  733    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.610069  normal  0.0372398 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3956  PII uridylyl-transferase  62.01 
 
 		 936 aa  1134    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.619091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0458  PII uridylyl-transferase  67.69 
 
 		 930 aa  1238    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0418586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7648  PII uridylyl-transferase  43.88 
 
 		 931 aa  733    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.285774 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0382  PII uridylyl-transferase  44.98 
 
 		 928 aa  723    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.267202 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0031  PII uridylyl-transferase  45.3 
 
 		 949 aa  724    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000404003 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3127  PII uridylyl-transferase  41.71 
 
 		 953 aa  671    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2833  PII uridylyl-transferase  64.58 
 
 		 943 aa  1188    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0009  PII uridylyl-transferase  42.42 
 
 		 941 aa  609  1e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0914  PII uridylyl-transferase  41.42 
 
 		 938 aa  604  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1411  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  37 
 
 		 924 aa  558  1e-157  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0300  PII uridylyl-transferase  38.26 
 
 		 989 aa  546  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.940535  normal  0.172702 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3022  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  41.1 
 
 		 936 aa  511  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1820  protein-P-II uridylyltransferase, putative  35.86 
 
 		 902 aa  502  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.074397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1877  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  35.6 
 
 		 894 aa  502  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1426  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  35.2 
 
 		 899 aa  499  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.918297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2333  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  35.59 
 
 		 894 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2691  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.61 
 
 		 900 aa  488  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.79049  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1343  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  36.14 
 
 		 905 aa  476  1e-133  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2384  metal dependent phosphohydrolase  35.32 
 
 		 898 aa  473  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1499  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  36.97 
 
 		 893 aa  459  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.179178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1157  (Protein-PII) uridylyltransferase  35.6 
 
 		 899 aa  442  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1512  protein-P-II uridylyltransferase  34.71 
 
 		 906 aa  437  1e-121  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0806  protein-P-II uridylyltransferase  33.52 
 
 		 892 aa  432  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389764  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39010  PII uridylyl-transferase  33.61 
 
 		 899 aa  430  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2602  PII uridylyl-transferase  33.09 
 
 		 900 aa  427  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4084  PII uridylyl-transferase  33.37 
 
 		 900 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.822232 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0561  PII uridylyl-transferase  34.09 
 
 		 891 aa  423  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.113275  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1865  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.64 
 
 		 894 aa  424  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678957  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1589  PII uridylyl-transferase  33.25 
 
 		 900 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.590557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3055  PII uridylyl-transferase  33.37 
 
 		 899 aa  421  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4188  PII uridylyl-transferase  33.37 
 
 		 900 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1144  PII uridylyl-transferase  33.21 
 
 		 900 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206269  normal  0.972072 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00165  PII uridylyl-transferase  33.7 
 
 		 890 aa  412  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0565  protein-P-II uridylyltransferase  34.25 
 
 		 877 aa  412  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.184337  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1532  [protein-pII] uridylyltransferase  32 
 
 		 898 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0175  PII uridylyl-transferase  33.58 
 
 		 890 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0452861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1287  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  30.45 
 
 		 888 aa  412  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.934135  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1692  metal dependent phosphohydrolase  34.25 
 
 		 930 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.427674  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2983  PII uridylyl-transferase  34.16 
 
 		 890 aa  411  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00164  hypothetical protein  33.7 
 
 		 890 aa  412  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.920413  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0159  PII uridylyl-transferase  33.58 
 
 		 890 aa  411  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0691765  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2550  PII uridylyl-transferase  33.41 
 
 		 881 aa  410  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0169  PII uridylyl-transferase  33.58 
 
 		 890 aa  410  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3493  PII uridylyl-transferase  33.7 
 
 		 890 aa  412  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.761936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0177  PII uridylyl-transferase  33.58 
 
 		 890 aa  410  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3436  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.58 
 
 		 890 aa  409  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2164  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.66 
 
 		 930 aa  409  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.191815  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3792  PII uridylyl-transferase  32.32 
 
 		 892 aa  408  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.991129  hitchhiker  0.000938474 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0253  PII uridylyl-transferase  33.83 
 
 		 890 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2253  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.51 
 
 		 930 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0170  PII uridylyl-transferase  33.45 
 
 		 890 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.751876  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0238  PII uridylyl-transferase  33.83 
 
 		 890 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0235  PII uridylyl-transferase  33.71 
 
 		 890 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.862739  normal  0.902468 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0567  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.08 
 
 		 887 aa  404  1e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0235  PII uridylyl-transferase  34.12 
 
 		 890 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0251  PII uridylyl-transferase  33.71 
 
 		 890 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.372246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0705  PII uridylyl-transferase  33.25 
 
 		 891 aa  405  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.707926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1340  PII uridylyl-transferase  33.9 
 
 		 862 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.423567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1099  PII uridylyl-transferase  31.59 
 
 		 900 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1481  PII uridylyl-transferase  32.76 
 
 		 900 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.918327  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002744  [Protein-PII] uridylyltransferase  32.2 
 
 		 874 aa  402  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17040  PII uridylyl-transferase  32.55 
 
 		 900 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0556  metal dependent phosphohydrolase  31.67 
 
 		 899 aa  402  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258602 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1468  metal dependent phosphohydrolase  34.2 
 
 		 889 aa  402  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3167  PII uridylyl-transferase  33.33 
 
 		 893 aa  399  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1684  hypothetical protein  31.26 
 
 		 861 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2112  metal dependent phosphohydrolase  35.3 
 
 		 927 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0838808  normal  0.131108 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1532  PII uridylyl-transferase  32.28 
 
 		 856 aa  399  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0731964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03239  PII uridylyl-transferase  32.21 
 
 		 874 aa  397  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1276  PII uridylyl-transferase  33.84 
 
 		 862 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.111517  normal  0.077343 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2817  PII uridylyl-transferase  33.58 
 
 		 861 aa  397  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0674494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1137  PII uridylyl-transferase  33.33 
 
 		 856 aa  399  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0729778  normal  0.136181 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>