More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2111 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2111  formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 		 301 aa  608  1e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0452  formyltetrahydrofolate deformylase  66.55 
 
 		 286 aa  397  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6004  formyltetrahydrofolate deformylase  54.32 
 
 		 293 aa  332  5e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.91162  normal  0.0315018 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0944  formyltetrahydrofolate deformylase  57.14 
 
 		 294 aa  331  7.000000000000001e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2603  formyltetrahydrofolate deformylase  56.79 
 
 		 294 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6011  formyltetrahydrofolate deformylase  54.32 
 
 		 294 aa  329  3e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7341  formyltetrahydrofolate deformylase  58.63 
 
 		 284 aa  327  2.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0997377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6579  formyltetrahydrofolate deformylase  52.88 
 
 		 294 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4957  normal  0.0500835 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2971  formyltetrahydrofolate deformylase  55.76 
 
 		 294 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.266607 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4496  formyltetrahydrofolate deformylase  52.88 
 
 		 294 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3457  formyltetrahydrofolate deformylase  56.94 
 
 		 284 aa  324  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5642  formyltetrahydrofolate deformylase  53.07 
 
 		 294 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.60464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0941  formyltetrahydrofolate deformylase  57.35 
 
 		 283 aa  322  4e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417344  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2544  formyltetrahydrofolate deformylase  56.99 
 
 		 282 aa  322  4e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.553017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1157  formyltetrahydrofolate deformylase  58.39 
 
 		 284 aa  321  9.999999999999999e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.604603  normal  0.183465 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3470  formyltetrahydrofolate deformylase  55.28 
 
 		 288 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1458  formyltetrahydrofolate deformylase  54.48 
 
 		 294 aa  321  9.999999999999999e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2106  formyltetrahydrofolate deformylase  57.39 
 
 		 288 aa  319  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.815168  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2236  formyltetrahydrofolate deformylase  58.51 
 
 		 288 aa  319  3e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.0525619 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2613  formyltetrahydrofolate deformylase  54.68 
 
 		 294 aa  319  3e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.705504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4904  formyltetrahydrofolate deformylase  54.68 
 
 		 294 aa  319  3e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4206  formyltetrahydrofolate deformylase  52.16 
 
 		 294 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0852  formyltetrahydrofolate deformylase  53.76 
 
 		 294 aa  317  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631909  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2074  formyltetrahydrofolate deformylase  57.24 
 
 		 288 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1873  formyltetrahydrofolate deformylase  56.89 
 
 		 288 aa  317  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00824927  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0909  formyltetrahydrofolate deformylase  53.76 
 
 		 294 aa  317  2e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2454  formyltetrahydrofolate deformylase  57.24 
 
 		 288 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160682  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3310  formyltetrahydrofolate deformylase  51.97 
 
 		 294 aa  317  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2862  formyltetrahydrofolate deformylase  56.27 
 
 		 284 aa  316  3e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.413616  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2830  formyltetrahydrofolate deformylase  52.52 
 
 		 294 aa  316  4e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.694192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5709  formyltetrahydrofolate deformylase  55.63 
 
 		 287 aa  315  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.506805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2211  formyltetrahydrofolate deformylase  56.74 
 
 		 288 aa  315  9e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308703  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1752  formyltetrahydrofolate deformylase  57.09 
 
 		 288 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2226  formyltetrahydrofolate deformylase  56.94 
 
 		 288 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326176  normal  0.659595 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1591  formyltetrahydrofolate deformylase  56.27 
 
 		 284 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1628  formyltetrahydrofolate deformylase  51.43 
 
 		 298 aa  311  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0459247  normal  0.542854 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0336  formyltetrahydrofolate deformylase  55.75 
 
 		 287 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2094  formyltetrahydrofolate deformylase  50.7 
 
 		 298 aa  308  5.9999999999999995e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689957  normal  0.0344586 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4704  formyltetrahydrofolate deformylase  52.6 
 
 		 289 aa  308  5.9999999999999995e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.452468  normal  0.348836 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0189  formyltetrahydrofolate deformylase  54.84 
 
 		 284 aa  308  5.9999999999999995e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00979575 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3717  formyltetrahydrofolate deformylase  57.5 
 
 		 309 aa  307  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1883  formyltetrahydrofolate deformylase  57.14 
 
 		 291 aa  306  3e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1145  formyltetrahydrofolate deformylase  54.9 
 
 		 287 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857181  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0690  formyltetrahydrofolate deformylase  55.94 
 
 		 286 aa  305  5.0000000000000004e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0127  formyltetrahydrofolate deformylase  57.19 
 
 		 282 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.236113  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4112  formyltetrahydrofolate deformylase  55.44 
 
 		 289 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5699  formyltetrahydrofolate deformylase  55.09 
 
 		 287 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0606  formyltetrahydrofolate deformylase  54.58 
 
 		 289 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930988 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5200  formyltetrahydrofolate deformylase  56.12 
 
 		 281 aa  302  4.0000000000000003e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.569737 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0411  formyltetrahydrofolate deformylase  53.24 
 
 		 295 aa  302  5.000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.789305  normal  0.762078 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3621  formyltetrahydrofolate deformylase  55.36 
 
 		 284 aa  300  1e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.155921  normal  0.0233728 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2764  formyltetrahydrofolate deformylase  55.71 
 
 		 283 aa  301  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.999032  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4164  formyltetrahydrofolate deformylase  54.58 
 
 		 287 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.500211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3853  formyltetrahydrofolate deformylase  54.26 
 
 		 287 aa  298  9e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.565594  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2376  formyltetrahydrofolate deformylase  50 
 
 		 293 aa  297  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0552536 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2356  formyltetrahydrofolate deformylase  56.63 
 
 		 285 aa  297  2e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1837  formyltetrahydrofolate deformylase  53.87 
 
 		 290 aa  296  2e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3462  formyltetrahydrofolate deformylase  56.83 
 
 		 306 aa  296  2e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0748  formyltetrahydrofolate deformylase  53.79 
 
 		 291 aa  296  3e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.811069  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3590  formyltetrahydrofolate deformylase  51.84 
 
 		 298 aa  296  4e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3290  formyltetrahydrofolate deformylase  54.64 
 
 		 282 aa  295  5e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.38752 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28050  formyltetrahydrofolate deformylase  54.86 
 
 		 302 aa  295  6e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0961827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3699  formyltetrahydrofolate deformylase  53.15 
 
 		 303 aa  295  9e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0213  formyltetrahydrofolate deformylase  53.57 
 
 		 283 aa  293  2e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.543031 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1303  formyltetrahydrofolate deformylase  54.01 
 
 		 295 aa  293  2e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.154885 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6111  formyltetrahydrofolate deformylase  53.66 
 
 		 294 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.481987  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1943  formyltetrahydrofolate deformylase  52.86 
 
 		 286 aa  292  4e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000066655 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2792  formyltetrahydrofolate deformylase  53.26 
 
 		 294 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2167  formyltetrahydrofolate deformylase  53.26 
 
 		 294 aa  291  6e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2781  formyltetrahydrofolate deformylase  53.26 
 
 		 294 aa  291  6e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184484  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0534  formyltetrahydrofolate deformylase  53.61 
 
 		 294 aa  290  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2382  formyltetrahydrofolate deformylase  53.9 
 
 		 285 aa  290  2e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04640  formyltetrahydrofolate deformylase  54.33 
 
 		 301 aa  290  3e-77  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.432525  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1188  formyltetrahydrofolate deformylase  54.29 
 
 		 286 aa  289  4e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000131662 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0648  formyltetrahydrofolate deformylase  54.32 
 
 		 282 aa  289  5.0000000000000004e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2873  formyltetrahydrofolate deformylase  55.4 
 
 		 282 aa  288  6e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.571166  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0496  formyltetrahydrofolate deformylase  52.92 
 
 		 293 aa  288  6e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.275042  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3546  formyltetrahydrofolate deformylase  53.82 
 
 		 295 aa  288  6e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.299703  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00495  formyltetrahydrofolate deformylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G11620)  50.17 
 
 		 289 aa  288  7e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.39908  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0065  formyltetrahydrofolate deformylase  51.75 
 
 		 290 aa  288  7e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.957043 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2841  formyltetrahydrofolate deformylase  52.61 
 
 		 294 aa  288  8e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2699  formyltetrahydrofolate deformylase  52.61 
 
 		 294 aa  288  8e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.622702  normal  0.252245 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3983  formyltetrahydrofolate deformylase  56.58 
 
 		 285 aa  288  9e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.523347 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0556  formyltetrahydrofolate deformylase  52.65 
 
 		 297 aa  288  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1583  formyltetrahydrofolate deformylase  53.33 
 
 		 287 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1114  formyltetrahydrofolate deformylase  52.69 
 
 		 286 aa  286  2.9999999999999996e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.851375  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1110  formyltetrahydrofolate deformylase  52.31 
 
 		 303 aa  286  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344472  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18880  formyltetrahydrofolate deformylase  54.68 
 
 		 282 aa  286  4e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.0052951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1153  formyltetrahydrofolate deformylase  49.11 
 
 		 284 aa  285  4e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.677496  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4789  formyltetrahydrofolate deformylase  53.93 
 
 		 285 aa  286  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.284642  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2993  formyltetrahydrofolate deformylase  54.48 
 
 		 280 aa  286  4e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0643  formyltetrahydrofolate deformylase  54.12 
 
 		 284 aa  285  5.999999999999999e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4812  formyltetrahydrofolate deformylase  53.55 
 
 		 290 aa  285  7e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896795  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4562  formyltetrahydrofolate deformylase  52.98 
 
 		 287 aa  285  7e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0428  formyltetrahydrofolate deformylase  52.88 
 
 		 282 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1100  formyltetrahydrofolate deformylase  50.36 
 
 		 283 aa  283  2.0000000000000002e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.862849  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4036  formyltetrahydrofolate deformylase  47.04 
 
 		 292 aa  283  3.0000000000000004e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0419  formyltetrahydrofolate deformylase  52.88 
 
 		 282 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0700542  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1577  formyltetrahydrofolate deformylase  52.46 
 
 		 287 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2891  formyltetrahydrofolate deformylase  54.12 
 
 		 283 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.954133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>