More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1976 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  100 
 
 		 305 aa  591  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  62.62 
 
 		 307 aa  368  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  54.28 
 
 		 310 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5194  ribokinase  58.67 
 
 		 328 aa  310  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0135726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7361  ribokinase  54.58 
 
 		 308 aa  307  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4655  ribokinase  58.8 
 
 		 319 aa  306  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.557505 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6387  ribokinase  54.97 
 
 		 309 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.906333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1401  ribokinase  59.67 
 
 		 325 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.033164  normal  0.166986 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7825  putative ribokinase  57.33 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1272  putative ribokinase  59.67 
 
 		 320 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0725613 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  42.28 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  41.91 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  40.51 
 
 		 317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  41.53 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  41.64 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  34.77 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  37.7 
 
 		 404 aa  195  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  37.7 
 
 		 404 aa  195  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  37.7 
 
 		 404 aa  195  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  40.88 
 
 		 403 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  37.7 
 
 		 404 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1084  PfkB family DNA-binding protein/kinase  36.88 
 
 		 404 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  37.38 
 
 		 404 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  43.69 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  39.93 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  45.54 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  42.72 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  43.04 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  40.92 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  40.92 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  40.85 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  40.79 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  40.92 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  41.5 
 
 		 297 aa  189  7e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  42.05 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  40.59 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  37.91 
 
 		 403 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  40.4 
 
 		 424 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  37.71 
 
 		 398 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  43.28 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  40.33 
 
 		 295 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2205  PfkB  42.05 
 
 		 327 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.503057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  45.03 
 
 		 309 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  42.76 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  41.06 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  40.52 
 
 		 306 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  39.29 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  39.53 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  42.3 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  44.15 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  44.73 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  42.3 
 
 		 309 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  42.3 
 
 		 309 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  42.3 
 
 		 309 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  42.3 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  40 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  40.4 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  41.2 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  40 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  41.97 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  41.97 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  41.06 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  35.31 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  35.31 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  35.31 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  41.97 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  37.58 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  35.31 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  37.58 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  35.31 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  41.64 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  42.62 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  41.97 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  39 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  43.19 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  39.67 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  39.67 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  39.33 
 
 		 303 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  39.33 
 
 		 303 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  40.45 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  40.33 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  40.92 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  40.63 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  42.72 
 
 		 318 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  41.86 
 
 		 309 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  41.86 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  41.86 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  41.86 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  43.25 
 
 		 295 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  39.68 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  36.77 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  39.32 
 
 		 319 aa  176  6e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  38.03 
 
 		 314 aa  175  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  34.87 
 
 		 310 aa  175  8e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  41.53 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  34.54 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  34.11 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  36.6 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  39.4 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  37.09 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>