164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_R0003 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  176  6e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309256  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123875 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0005  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 89 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36870  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.339206  normal  0.059876 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0046  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000202964  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0006  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.226998  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0002  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0027  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233684  normal  0.0829519 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.3235  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_626  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0010  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.812149  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0043  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0015  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.399883  normal  0.370558 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0010  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0044  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454359  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0008  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309348  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00366383 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0041  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.926323  normal  0.128677 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0006  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0060  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0004  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0773482 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309347  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233561 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0034  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 96 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0008  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0056  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000000361768  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>