195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_626 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.3235  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.812149  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_626  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0060  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000000115188  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.317107  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0031  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0876919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0024  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000896566  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_627  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2055  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.311721  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0029  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0203924  normal  0.277974 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0052  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0340813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000273575 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0014  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0011  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.785527  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0052  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0011  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.796085  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.595817 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0035  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0006  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.226998  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0050  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.850223 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0014  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0936822 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0042  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 96 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.926323  normal  0.128677 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0044  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>