265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0055 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0055  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00000273568  normal  0.583061 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0067  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338605  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0016  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.730547 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0074  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000023542  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0040  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000586892  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0055  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000135944  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0007  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0046  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.592692  normal  0.555862 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0048  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0037  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 81 bp  61.9  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0026  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.46023  hitchhiker  0.0000702886 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309291  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.932316 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0055  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000760879  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0047  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.343405  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0052  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.948257 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0029  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000000112966  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0836194  normal  0.282288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt51  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0003  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 81 bp  54  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0687845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0002  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00711  hypothetical protein  92.31 
 
 		 1389 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0271557  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309067  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.086825  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0001  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 81 bp  54  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309118  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.253847  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309143  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0032  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0173175  normal  0.0159101 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0066  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477099  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0050  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.155875  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0036  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0035  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000252903  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31720  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0016  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 82 bp  50.1  0.00008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  hitchhiker  0.0000231938 
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309345  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.419344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0040  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000105173  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0006  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000531495  normal  0.328026 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t19  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4338  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162299  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6043  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.768445  normal  0.843688 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4272  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.645936  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4273  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.901226  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0005  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000329783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.322054 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0110996  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.477957  normal  0.0356548 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4274  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.553252  normal  0.0230597 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0017  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00783085  normal  0.0179625 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0095  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000279268  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1764  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000024558  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1768  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000175454  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1772  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>