More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET0730 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0730  [Fe] hydrogenase, HymC subunit, putative  100 
 
 
222 aa  454  1e-127  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.793468  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_636  [Fe] hydrogenase, HymC subunit  86.7 
 
 
240 aa  391  1e-108  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.452884  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0845  ferredoxin  40.1 
 
 
272 aa  175  6e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0485504  normal  0.303699 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2079  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  45.86 
 
 
218 aa  162  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000108627  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1275  ferredoxin  39.25 
 
 
270 aa  159  3e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.593332 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1700  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  44.55 
 
 
247 aa  156  3e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1451  ferredoxin  44.75 
 
 
212 aa  155  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.340001  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2803  ferredoxin  44.2 
 
 
214 aa  154  8e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_768  hydrogenase subunit, ferredoxin-like protein  42.54 
 
 
197 aa  151  5.9999999999999996e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0865  hydrogenase subunit HymC, putative  42.54 
 
 
197 aa  151  7e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0783  ferredoxin  41.99 
 
 
197 aa  149  4e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.32 
 
 
898 aa  146  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24680  NADH:ubiquinone oxidoreductase chain G-like protein  40.31 
 
 
251 aa  138  7e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.89 
 
 
917 aa  133  1.9999999999999998e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0472  ferredoxin  36.27 
 
 
240 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00592357  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  37.38 
 
 
307 aa  129  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  34.86 
 
 
351 aa  127  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  37.68 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  34.95 
 
 
353 aa  125  6e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.14 
 
 
886 aa  124  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.71 
 
 
893 aa  123  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.75 
 
 
239 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  37.2 
 
 
358 aa  123  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.27 
 
 
893 aa  122  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  35.89 
 
 
582 aa  122  6e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  38.35 
 
 
235 aa  122  6e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1831  NADH dehydrogenase I chain G  35.94 
 
 
363 aa  120  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  38.05 
 
 
826 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.1 
 
 
238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  36.36 
 
 
573 aa  120  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.92 
 
 
240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.62 
 
 
933 aa  119  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  37.56 
 
 
573 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  37.13 
 
 
601 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0344  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  34.15 
 
 
826 aa  118  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.3 
 
 
900 aa  118  9e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0835  anaerobic dehydrogenase  34.4 
 
 
305 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.25 
 
 
238 aa  117  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.25 
 
 
238 aa  117  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.05 
 
 
924 aa  117  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  35.71 
 
 
582 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.86 
 
 
235 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.65 
 
 
967 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  37.32 
 
 
583 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3132  molybdopterin oxidoreductase  34.15 
 
 
815 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.65 
 
 
905 aa  116  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.81 
 
 
946 aa  116  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  33.9 
 
 
579 aa  116  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.47 
 
 
893 aa  116  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  33.33 
 
 
576 aa  115  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.24 
 
 
948 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  37.5 
 
 
585 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  34.42 
 
 
593 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  32.86 
 
 
238 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.69 
 
 
901 aa  114  7.999999999999999e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  33.81 
 
 
586 aa  115  7.999999999999999e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  35.12 
 
 
310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2856  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.96 
 
 
959 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.01 
 
 
355 aa  114  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 
911 aa  113  2.0000000000000002e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  36.67 
 
 
581 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.76 
 
 
948 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.29 
 
 
948 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  32.52 
 
 
666 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4238  molybdopterin oxidoreductase  34.63 
 
 
828 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.29 
 
 
238 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.45 
 
 
959 aa  112  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.73 
 
 
949 aa  113  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1111  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.58 
 
 
238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.592876  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  34.55 
 
 
899 aa  112  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  36.06 
 
 
573 aa  112  6e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 
925 aa  112  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2478  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.12 
 
 
235 aa  112  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0927823  normal  0.689692 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.65 
 
 
948 aa  112  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  36.54 
 
 
573 aa  112  6e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1309  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  35.96 
 
 
788 aa  112  6e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  35.58 
 
 
573 aa  111  9e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.86 
 
 
952 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.09 
 
 
951 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  33.82 
 
 
582 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4051  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.92 
 
 
238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0848168 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.83 
 
 
927 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  33.5 
 
 
562 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0337  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.64 
 
 
955 aa  109  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3269  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.18 
 
 
942 aa  109  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.964291  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.38 
 
 
948 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.37 
 
 
944 aa  109  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  31.25 
 
 
984 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.25 
 
 
984 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1473  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.58 
 
 
947 aa  108  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0442327  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.29 
 
 
984 aa  108  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  35.71 
 
 
582 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.78 
 
 
953 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2684  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.84 
 
 
951 aa  108  7.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.801873  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2100  ferredoxin  32.85 
 
 
609 aa  107  1e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.624892  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3925  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.91 
 
 
959 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287134  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4072  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.7 
 
 
957 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3022  Fe(III) reductase, alpha subunit  35.61 
 
 
831 aa  107  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3349  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  34.15 
 
 
828 aa  107  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.407234  normal  0.217544 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  31.28 
 
 
359 aa  107  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>