More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0030 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_R0019  16S ribosomal RNA  82.78 
 
 		 1519 bp  682    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0071  16S ribosomal RNA  82.78 
 
 		 1519 bp  682    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.351816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0035  16S ribosomal RNA  99.8 
 
 		 1514 bp  2977    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0045  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 		 1519 bp  690    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0005  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 		 1519 bp  690    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0057  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 		 1519 bp  690    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.906516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0051  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 		 1519 bp  690    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0030  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1514 bp  3001    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.399957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0027  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 		 1514 bp  2985    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0040  16S ribosomal RNA  99.67 
 
 		 1514 bp  2962    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0677845 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0042  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1514 bp  3001    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0160041 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0024  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 		 1514 bp  2985    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.103837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0009  16S ribosomal RNA  84.06 
 
 		 1515 bp  521  1.0000000000000001e-145  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0043  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1495 bp  480  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000158022  normal  0.338692 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0004  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1495 bp  480  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000518712  normal  0.582922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0053  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1495 bp  480  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000916534  normal  0.0303457 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0020  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1495 bp  480  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127613  normal  0.0141426 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0011  16S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 1510 bp  462  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0049  16S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 1510 bp  462  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.54781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0055  16S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 1510 bp  462  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S03  16S ribosomal RNA  83.68 
 
 		 1382 bp  428  1e-117  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S02  16S ribosomal RNA  83.68 
 
 		 1382 bp  428  1e-117  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S01  16S ribosomal RNA  83.68 
 
 		 1382 bp  428  1e-117  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0232245 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0050  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1509 bp  361  3.9999999999999996e-97  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0034  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1509 bp  361  3.9999999999999996e-97  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.449906  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0012  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1509 bp  361  3.9999999999999996e-97  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.513424  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0018  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1509 bp  361  3.9999999999999996e-97  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.232461  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG16SA  16S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 1475 bp  357  5.9999999999999994e-96  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00161199 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SB  16S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 1475 bp  357  5.9999999999999994e-96  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SC  16S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 1475 bp  357  5.9999999999999994e-96  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.304262 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SD  16S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 1475 bp  357  5.9999999999999994e-96  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0013  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1495 bp  329  1e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204924  normal  0.815446 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0034  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1495 bp  329  1e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0025  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1495 bp  329  1e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.643168  normal  0.762156 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0022  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1495 bp  329  1e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0002  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 1544 bp  291  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.235432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0013  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 1544 bp  291  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r07731  16S ribosomal RNA  82.96 
 
 		 1521 bp  283  7e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r13674  16S ribosomal RNA  82.96 
 
 		 1521 bp  283  7e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0972385  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0016  16S ribosomal RNA  82.52 
 
 		 1525 bp  281  3e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.70161  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0052  16S ribosomal RNA  82.52 
 
 		 1525 bp  281  3e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00180214  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0006  16S ribosomal RNA  84.39 
 
 		 1528 bp  266  2e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0018  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 		 1544 bp  264  7e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.11461  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0003  16S ribosomal RNA  84.11 
 
 		 1537 bp  264  7e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193245  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0009  16S ribosomal RNA  84.11 
 
 		 1538 bp  264  7e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000361089  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0001  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 		 1544 bp  264  7e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000182978  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0038  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 		 1544 bp  264  7e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000194684  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0070  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 		 1544 bp  264  7e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000375741  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0009  16S ribosomal RNA  84.11 
 
 		 1538 bp  264  7e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000102294  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0003  16S ribosomal RNA  84.11 
 
 		 1538 bp  264  7e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011323  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0003  16S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 1495 bp  250  9.999999999999999e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000311763  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0008  16S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 1495 bp  250  9.999999999999999e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00667028  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0023  16S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 1495 bp  250  9.999999999999999e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0009  16S ribosomal RNA  87.8 
 
 		 1459 bp  246  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000834644  hitchhiker  0.00771881 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0052  16S ribosomal RNA  87.8 
 
 		 1459 bp  246  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000233456  normal  0.528995 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3084  16S ribosomal RNA  87.8 
 
 		 1470 bp  246  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448941  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0384  16S ribosomal RNA  87.8 
 
 		 1470 bp  246  2e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.40156  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0011  16S ribosomal RNA  83.84 
 
 		 1556 bp  242  2e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.170551  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r1  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1509 bp  242  2e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1586 bp  240  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1586 bp  240  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1586 bp  240  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1586 bp  240  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1585 bp  240  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1610 bp  240  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1610 bp  240  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1610 bp  240  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1563 bp  236  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1563 bp  236  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1548 bp  236  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1548 bp  236  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0008  16S ribosomal RNA  87.82 
 
 		 1494 bp  234  6e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00811076  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0003  16S ribosomal RNA  87.82 
 
 		 1494 bp  234  6e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0018  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1543 bp  232  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1548 bp  232  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0073  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1543 bp  232  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1548 bp  232  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0033  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1548 bp  232  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0343433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0063  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1543 bp  232  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0074  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1548 bp  232  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0058  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1543 bp  232  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0018  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1489 bp  228  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0369143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0065  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1489 bp  228  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470185  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1543 bp  226  9.999999999999999e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0053  16S ribosomal RNA  87.39 
 
 		 1494 bp  226  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000661064  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1543 bp  226  9.999999999999999e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0008  16S ribosomal RNA  86.97 
 
 		 1495 bp  226  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.291877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0048  16S ribosomal RNA  87.39 
 
 		 1494 bp  226  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000451742  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0049  16S ribosomal RNA  87.39 
 
 		 1363 bp  226  9.999999999999999e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000340062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0052  16S ribosomal RNA  87.39 
 
 		 1364 bp  226  9.999999999999999e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000418748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0003  16S ribosomal RNA  86.97 
 
 		 1495 bp  226  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420138 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0021  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1551 bp  220  9e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.184479  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0005  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1551 bp  220  9e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.872751  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0052  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1471 bp  218  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0176979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1471 bp  218  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0064  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1547 bp  216  1e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000356751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0069  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1547 bp  216  1e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000561178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0059  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1547 bp  216  1e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00900498  hitchhiker  0.000470771 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0014  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1547 bp  216  1e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0215019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0074  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1547 bp  216  1e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.18727  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>