More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_R0002 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1548 bp  1041    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1548 bp  1041    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0039  16S ribosomal RNA  86.83 
 
 		 1545 bp  1176    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0011  16S ribosomal RNA  85.2 
 
 		 1556 bp  805    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.170551  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4997  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.544547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0384  16S ribosomal RNA  84.06 
 
 		 1470 bp  646    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.40156  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5822  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.446882  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3084  16S ribosomal RNA  84.06 
 
 		 1470 bp  646    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448941  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0208  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000398584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4781  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00045189  hitchhiker  0.000000313025 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4582  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00856308  normal  0.0343893 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5007  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4991  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.167942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5642  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0485658  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5630  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0540044  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0021  16S ribosomal RNA  88.92 
 
 		 1551 bp  761    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.184479  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5013  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  84.32 
 
 		 1543 bp  706    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1518 bp  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1518 bp  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1518 bp  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1518 bp  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1518 bp  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-10  16S ribosomal RNA  83.25 
 
 		 1510 bp  702    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5679  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_12  16S ribosomal RNA  83.24 
 
 		 1510 bp  706    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.379759  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0006  16S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 1554 bp  650    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00174832  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5019  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.03826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  86.8 
 
 		 1548 bp  1134    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  87.94 
 
 		 1548 bp  1126    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  83.74 
 
 		 1519 bp  747    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1504 bp  755    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1489 bp  755    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  83.74 
 
 		 1501 bp  747    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SJ  16S ribosomal RNA  83.25 
 
 		 1507 bp  702    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.617912  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0013  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1544 bp  3061    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0059  16S ribosomal RNA  83.49 
 
 		 1538 bp  652    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000147893  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1555 bp  803    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  86.83 
 
 		 1542 bp  1176    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  86.83 
 
 		 1542 bp  1176    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  84.43 
 
 		 1495 bp  640    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  84.43 
 
 		 1534 bp  640    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  86.85 
 
 		 1548 bp  692    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0052  16S ribosomal RNA  84.06 
 
 		 1459 bp  646    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000233456  normal  0.528995 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5616  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.162347  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  86.85 
 
 		 1548 bp  692    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0073  16S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 1542 bp  722    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5623  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00151087  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0039  16S ribosomal RNA  86.92 
 
 		 1550 bp  1179    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0011  16S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 1542 bp  722    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0009  16S ribosomal RNA  84.06 
 
 		 1459 bp  646    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000834644  hitchhiker  0.00771881 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0002  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1544 bp  3061    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.235432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  84.32 
 
 		 1543 bp  706    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0007  16S ribosomal RNA  83.49 
 
 		 1538 bp  652    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0041  16S ribosomal RNA  83.49 
 
 		 1538 bp  652    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0625865  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0073  16S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 1661 bp  650    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000134012  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5152  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000400545  hitchhiker  0.00430273 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5041  16S ribosomal RNA  83.28 
 
 		 1509 bp  708    Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000406275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5289  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0602543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5231  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00606945  hitchhiker  0.0000000000104089 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5664  16S ribosomal RNA  83.24 
 
 		 1509 bp  706    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5313  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.130141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0013  16S ribosomal RNA  85.2 
 
 		 1555 bp  805    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000280692  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0051  16S ribosomal RNA  85.2 
 
 		 1555 bp  805    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0012  16S ribosomal RNA  86.83 
 
 		 1545 bp  1176    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0032  16S ribosomal RNA  87.87 
 
 		 1550 bp  743    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0577345 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0080  16S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 1671 bp  650    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.088848  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0012  16S ribosomal RNA  86.92 
 
 		 1550 bp  1179    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0043  16S ribosomal RNA  87.87 
 
 		 1550 bp  743    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0005  16S ribosomal RNA  88.92 
 
 		 1551 bp  761    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.872751  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  86.69 
 
 		 1551 bp  1148    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  86.69 
 
 		 1551 bp  1148    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  86.69 
 
 		 1551 bp  1148    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  86.69 
 
 		 1551 bp  1148    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5647  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.227305  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5675  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000156307  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5682  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0221448  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5688  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5694  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0644845  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5691  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0190899  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5685  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.137206  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5703  16S ribosomal RNA  83.32 
 
 		 1509 bp  714    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.43437  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0005  16S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 1541 bp  668    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0138974 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0021  16S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 1541 bp  666    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.877724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0028  16S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 1541 bp  666    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0078  16S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 1541 bp  666    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.202754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0085  16S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 1541 bp  666    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.444431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0018  16S ribosomal RNA  84.18 
 
 		 1554 bp  618  9.999999999999999e-175  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000694535  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0061  16S ribosomal RNA  84.18 
 
 		 1554 bp  618  9.999999999999999e-175  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0052  16S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 1471 bp  613  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0176979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 1471 bp  613  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  90.26 
 
 		 1563 bp  597  1e-168  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  90.26 
 
 		 1563 bp  597  1e-168  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0062  16S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 1544 bp  595  1e-167  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0027  16S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 1544 bp  595  1e-167  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.635376  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0071  16S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 1544 bp  595  1e-167  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00175837  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0054  16S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 1544 bp  595  1e-167  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00288313  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0001  16S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 1544 bp  595  1e-167  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00178674  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0008  16S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 1544 bp  595  1e-167  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0059  16S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 1544 bp  595  1e-167  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0861088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>