More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0728 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0728  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  100 
 
 		 244 aa  494  1e-139  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0406  RNA methyltransferase  62.14 
 
 		 244 aa  325  4.0000000000000003e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0940631  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05650  putative tRNA:rRNA methyltransferase  54.1 
 
 		 245 aa  283  1.0000000000000001e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2061  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  52.74 
 
 		 254 aa  275  4e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2661  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  48.35 
 
 		 256 aa  250  1e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1848  RNA methyltransferase  48.56 
 
 		 249 aa  243  3e-63  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.54 
 
 		 276 aa  239  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0306  TrmH family tRNA methyltransferase  46.5 
 
 		 268 aa  237  1e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1164  hypothetical protein  46.91 
 
 		 246 aa  235  5.0000000000000005e-61  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.2944 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2929  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.1 
 
 		 263 aa  218  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.34 
 
 		 246 aa  180  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.18 
 
 		 246 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.4 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  38.66 
 
 		 249 aa  172  5e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.74 
 
 		 246 aa  171  7.999999999999999e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.04 
 
 		 315 aa  169  3e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  36.29 
 
 		 247 aa  169  4e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.66 
 
 		 254 aa  169  4e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.51 
 
 		 247 aa  168  7e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  40.42 
 
 		 245 aa  168  9e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  36.82 
 
 		 248 aa  167  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.86 
 
 		 247 aa  167  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.58 
 
 		 256 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.86 
 
 		 247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  35.44 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  35.44 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  35.44 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  35.44 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.44 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  35.44 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.44 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.58 
 
 		 256 aa  165  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.25 
 
 		 250 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  35.86 
 
 		 247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  37.6 
 
 		 248 aa  162  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  35.8 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  35.8 
 
 		 289 aa  162  6e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  37.39 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  37.3 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0568  RNA methyltransferase  36.78 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.927994  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0554  RNA methyltransferase  36.78 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.850775  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.69 
 
 		 248 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  36.13 
 
 		 243 aa  156  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.8 
 
 		 250 aa  156  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  34.17 
 
 		 277 aa  155  4e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.44 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0340  rRNA methylase  35.83 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000065422  hitchhiker  0.000000457527 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  35.8 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0190  RNA methyltransferase  38.68 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.153268  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.47 
 
 		 249 aa  152  5e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  34.69 
 
 		 246 aa  151  7e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  37.25 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2043  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.98 
 
 		 253 aa  149  3e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000129806  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.39 
 
 		 246 aa  149  4e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.29 
 
 		 255 aa  149  5e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4216  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.18 
 
 		 245 aa  148  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00990  RNA methyltransferase  32.92 
 
 		 244 aa  148  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314375  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0172  RNA methyltransferase  34.87 
 
 		 249 aa  148  9e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0806813  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.95 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2398  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.3 
 
 		 248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.670056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  35.66 
 
 		 248 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134443 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.89 
 
 		 310 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4879  RNA methyltransferase  35.25 
 
 		 248 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.67 
 
 		 292 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.67 
 
 		 292 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  35.25 
 
 		 248 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0209  RNA methyltransferase  35.98 
 
 		 251 aa  144  1e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  38.66 
 
 		 251 aa  144  1e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000179001  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0753  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  35.77 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0205206  hitchhiker  0.000134961 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0887  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.58 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.986853  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2065  rRNA methylase  34.69 
 
 		 242 aa  144  1e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.33 
 
 		 251 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2172  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.66 
 
 		 237 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0146478  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0122  tRNA/rRNA methyltransferase  35.56 
 
 		 247 aa  143  3e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4934  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.33 
 
 		 250 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03790  rRNA methylase, putative, group 3  33.6 
 
 		 300 aa  142  4e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000601463  normal  0.201311 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2387  RNA methyltransferase  35.51 
 
 		 245 aa  142  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  35.92 
 
 		 248 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0619  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  36.59 
 
 		 248 aa  141  8e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0092  hypothetical protein  35.66 
 
 		 249 aa  140  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1408  RNA methyltransferase  36.14 
 
 		 255 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0243869  normal  0.695011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  34.84 
 
 		 248 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1489  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.27 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1036  RNA methyltransferase  39 
 
 		 242 aa  140  3e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  35.51 
 
 		 248 aa  139  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2767  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.94 
 
 		 247 aa  140  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1425  rRNA methylase  33.62 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022514  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1084  RNA methyltransferase  39 
 
 		 242 aa  140  3e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0107  hypothetical protein  35.25 
 
 		 249 aa  139  3.9999999999999997e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  32.35 
 
 		 242 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2176  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.21 
 
 		 247 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000213076  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf131  SpoU class tRNA/rRNA methyltransferase  34.02 
 
 		 229 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  34.69 
 
 		 246 aa  138  6e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3288  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.69 
 
 		 246 aa  138  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.679975  hitchhiker  0.00104761 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0590  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.44 
 
 		 247 aa  138  7e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0629521 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.69 
 
 		 247 aa  138  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1616  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.25 
 
 		 248 aa  138  7.999999999999999e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.439996 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0512  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  36.8 
 
 		 246 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.801962  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>