42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3260 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3260  hypothetical protein  100 
 
 		 424 aa  869    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128123  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0192  hypothetical protein  50.81 
 
 		 411 aa  348  7e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.681892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03165  Extracellular ligand-binding receptor  33.86 
 
 		 364 aa  166  8e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2647  extracellular ligand-binding receptor  31.67 
 
 		 397 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 		 396 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 		 396 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 		 394 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 		 396 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 		 393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 		 395 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 		 390 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 392 aa  90.1  7e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 399 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 412 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.94 
 
 		 405 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  23.67 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  23.33 
 
 		 400 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 406 aa  80.1  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 394 aa  79  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 		 403 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 400 aa  78.2  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1699  Extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 		 410 aa  78.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.574188  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 		 404 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  22.72 
 
 		 407 aa  77  0.0000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 		 410 aa  75.5  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.9 
 
 		 410 aa  73.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  23.25 
 
 		 412 aa  62.4  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  20.51 
 
 		 405 aa  62  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  22.81 
 
 		 416 aa  62  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  21.49 
 
 		 396 aa  60.1  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  21.82 
 
 		 410 aa  59.7  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  21.49 
 
 		 396 aa  59.7  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 		 392 aa  58.2  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  21.68 
 
 		 417 aa  57  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  21.47 
 
 		 400 aa  53.9  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  21.94 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  22.86 
 
 		 390 aa  45.8  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  23.31 
 
 		 372 aa  43.5  0.007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>