More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1232 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_5860  isocitrate lyase  77.08 
 
 		 527 aa  851    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4878  isocitrate lyase  71.13 
 
 		 544 aa  803    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.347742  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1090  isocitrate lyase  72.59 
 
 		 531 aa  809    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.198066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1232  isocitrate lyase  100 
 
 		 527 aa  1098    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2353  isocitrate lyase  75.14 
 
 		 527 aa  842    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000102131  decreased coverage  0.000000217224 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12313  isocitrate lyase  65.78 
 
 		 552 aa  732    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4188  isocitrate lyase  72.26 
 
 		 545 aa  811    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0755941  normal  0.12145 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0529  isocitrate lyase  77.27 
 
 		 528 aa  852    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2041  isocitrate lyase  74.38 
 
 		 527 aa  839    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01326  isocitrate lyase  69.43 
 
 		 531 aa  771    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.190818  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2234  isocitrate lyase  75.9 
 
 		 527 aa  849    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0305365  decreased coverage  0.0000429136 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2926  isocitrate lyase  72.4 
 
 		 531 aa  801    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.70995  normal  0.314009 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3465  isocitrate lyase  73.63 
 
 		 530 aa  780    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.662087  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1627  isocitrate lyase  63.5 
 
 		 528 aa  697    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125319 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28420  isocitrate lyase  71.19 
 
 		 531 aa  797    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.528136  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0384  isocitrate lyase  76.89 
 
 		 528 aa  856    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1448  isocitrate lyase  64.84 
 
 		 527 aa  714    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00397678  normal  0.373019 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1180  isocitrate lyase  65.41 
 
 		 534 aa  739    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0610  isocitrate lyase  76.33 
 
 		 527 aa  845    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2573  isocitrate lyase  73.26 
 
 		 531 aa  812    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157334  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3724  isocitrate lyase  77.08 
 
 		 528 aa  850    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0304  isocitrate lyase  66.79 
 
 		 531 aa  741    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2407  isocitrate lyase  74.58 
 
 		 531 aa  829    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210555  normal  0.138791 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4199  isocitrate lyase  71.89 
 
 		 545 aa  811    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.747158 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1029  isocitrate lyase  72.32 
 
 		 531 aa  805    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1379  isocitrate lyase  70.38 
 
 		 545 aa  799    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.378133 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0542  isocitrate lyase  77.08 
 
 		 528 aa  850    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4447  isocitrate lyase  77.08 
 
 		 527 aa  851    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4801  isocitrate lyase  77.08 
 
 		 528 aa  850    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.815542 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4053  isocitrate lyase  71.51 
 
 		 545 aa  809    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.177822 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3157  isocitrate lyase  73.16 
 
 		 542 aa  806    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1860  isocitrate lyase  64.07 
 
 		 528 aa  702    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0847952 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0047  isocitrate lyase  73.91 
 
 		 530 aa  818    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4737  isocitrate lyase  77.42 
 
 		 526 aa  857    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613526  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0943  isocitrate lyase  73.58 
 
 		 530 aa  798    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.478615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3921  isocitrate lyase  77.08 
 
 		 527 aa  851    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4340  isocitrate lyase  77.46 
 
 		 528 aa  856    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.968792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1215  isocitrate lyase  68.3 
 
 		 533 aa  764    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.180669  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2682  isocitrate lyase  70.68 
 
 		 531 aa  777    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000577171 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3139  isocitrate lyase  74 
 
 		 526 aa  838    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.87886  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3879  isocitrate lyase  77.46 
 
 		 528 aa  856    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.51448  normal  0.0498655 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30050  isocitrate lyase  72.69 
 
 		 531 aa  804    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1363  isocitrate lyase  53.86 
 
 		 535 aa  538  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1501  isocitrate lyase  29.55 
 
 		 461 aa  144  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1102  isocitrate lyase  29.34 
 
 		 438 aa  144  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3098  isocitrate lyase  29.76 
 
 		 432 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.183218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0219  isocitrate lyase  28.47 
 
 		 434 aa  142  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0895016 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4054  isocitrate lyase  27.24 
 
 		 492 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3778  isocitrate lyase  29.16 
 
 		 435 aa  141  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4593  isocitrate lyase  28.41 
 
 		 434 aa  140  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2249  isocitrate lyase  26.92 
 
 		 428 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.44014  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4520  isocitrate lyase  28.41 
 
 		 434 aa  139  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4430  isocitrate lyase  28.41 
 
 		 434 aa  139  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1246  isocitrate lyase  28.85 
 
 		 441 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0481368  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4517  isocitrate lyase  28.41 
 
 		 434 aa  139  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.169882 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02080  isocitrate lyase  28.42 
 
 		 435 aa  139  1e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4395  isocitrate lyase  28.41 
 
 		 434 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2985  isocitrate lyase  29.43 
 
 		 435 aa  139  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.54257  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0366  isocitrate lyase  29.07 
 
 		 435 aa  139  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0583  isocitrate lyase  30.54 
 
 		 443 aa  139  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0768  isocitrate lyase  28.19 
 
 		 431 aa  139  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.139053  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03887  isocitrate lyase  29.27 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3982  isocitrate lyase  29.27 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4249  isocitrate lyase  29.27 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03847  hypothetical protein  29.27 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4557  isocitrate lyase  29.27 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4469  isocitrate lyase  29.27 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0668028  normal  0.0385997 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01042  isocitrate lyase  28.33 
 
 		 437 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4015  isocitrate lyase  29.27 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.857815  normal  0.048313 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5485  isocitrate lyase  28.85 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1869  isocitrate lyase  28.31 
 
 		 439 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.612764  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4509  isocitrate lyase  29.27 
 
 		 434 aa  137  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0711  isocitrate lyase  29.71 
 
 		 438 aa  137  4e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1429  isocitrate lyase  27.31 
 
 		 432 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4502  isocitrate lyase  28.14 
 
 		 435 aa  137  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106696 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0451  isocitrate lyase  27.89 
 
 		 436 aa  136  9e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004371  isocitrate lyase  28.33 
 
 		 437 aa  136  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2963  malate synthase  29.05 
 
 		 1110 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.821485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3957  isocitrate lyase  28.7 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2101  isocitrate lyase  27.85 
 
 		 439 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0829587 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1097  isocitrate lyase  29.48 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2855  isocitrate lyase  28.54 
 
 		 439 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1287  isocitrate lyase  28.95 
 
 		 443 aa  134  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.745788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1239  isocitrate lyase  28.61 
 
 		 440 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.18616  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1415  isocitrate lyase  27.87 
 
 		 441 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0267  isocitrate lyase  28.81 
 
 		 437 aa  134  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00619067  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2380  isocitrate lyase  27.44 
 
 		 439 aa  134  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.399534 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1865  isocitrate lyase  29.26 
 
 		 430 aa  134  5e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2766  isocitrate lyase  27.87 
 
 		 440 aa  134  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0008216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2942  isocitrate lyase  27.87 
 
 		 440 aa  134  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.337122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2860  isocitrate lyase  28.64 
 
 		 439 aa  134  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0028  isocitrate lyase  31.53 
 
 		 427 aa  133  6.999999999999999e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1308  isocitrate lyase  27.87 
 
 		 441 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0590884  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1335  isocitrate lyase  27.61 
 
 		 439 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.738901  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1344  isocitrate lyase  27.87 
 
 		 441 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1317  isocitrate lyase  27.87 
 
 		 441 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0999  isocitrate lyase  29.44 
 
 		 440 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1506  isocitrate lyase  26.26 
 
 		 432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3042  isocitrate lyase  27.87 
 
 		 441 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.709803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5339  isocitrate lyase  27.81 
 
 		 434 aa  133  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.641563  normal  0.832749 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>