79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6135 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6135  citrate synthase-like protein  100 
 
 		 416 aa  798    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822109  normal  0.0240059 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7426  citrate synthase-like  85.1 
 
 		 412 aa  646    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0339716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6508  citrate synthase-like protein  86.09 
 
 		 414 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6017  citrate synthase-like protein  86.65 
 
 		 416 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.03442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5652  citrate synthase-like  86.65 
 
 		 416 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0704  hypothetical protein  56.68 
 
 		 383 aa  355  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0982036  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0538  citrate synthase-related protein  56.68 
 
 		 383 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0221269  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0520  citrate synthase-related protein  56.68 
 
 		 383 aa  355  1e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.455647  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1463  citrate synthase-related protein  56.42 
 
 		 383 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2891  citrate synthase-related protein  56.42 
 
 		 383 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0125  citrate synthase-related protein  56.42 
 
 		 383 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3155  citrate synthase-related protein  56.42 
 
 		 383 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6702  citrate synthase  31.89 
 
 		 390 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4677  citrate synthase  29.33 
 
 		 257 aa  62.8  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3867  citrate synthase  27.88 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4946  citrate synthase  29.8 
 
 		 252 aa  55.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.094047  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1252  Citrate (Si)-synthase  27.39 
 
 		 373 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0115  citrate synthase 2  34 
 
 		 368 aa  51.2  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0663  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27.4 
 
 		 373 aa  51.6  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.280152  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3029  methylcitrate synthase  28.32 
 
 		 385 aa  50.8  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1572  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.29 
 
 		 380 aa  49.3  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1039  citrate synthase  30.06 
 
 		 255 aa  49.7  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0404  methylcitrate synthase  24.5 
 
 		 389 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2221  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.14 
 
 		 377 aa  49.7  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57744  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1476  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.2 
 
 		 382 aa  49.3  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.644774  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0621  methylcitrate synthase  26.98 
 
 		 383 aa  49.3  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0364  methylcitrate synthase  24.5 
 
 		 389 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6707  methylcitrate synthase  26.19 
 
 		 389 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4355  methylcitrate synthase  26.19 
 
 		 391 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00291  hypothetical protein  24.5 
 
 		 389 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1815  Citrate synthase  27.44 
 
 		 419 aa  48.5  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3273  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.5 
 
 		 389 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3292  methylcitrate synthase  24.5 
 
 		 389 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0357  methylcitrate synthase  24.5 
 
 		 389 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00287  2-methylcitrate synthase  24.5 
 
 		 389 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1809  methylcitrate synthase  25.27 
 
 		 384 aa  48.5  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.507238  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2276  citrate synthase  24.09 
 
 		 380 aa  48.9  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0398  methylcitrate synthase  24.5 
 
 		 389 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2009  citrate synthase  28.89 
 
 		 261 aa  48.5  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.884105 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0421  methylcitrate synthase  24.21 
 
 		 389 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0837  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.29 
 
 		 378 aa  48.1  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.531649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0401  methylcitrate synthase  24.21 
 
 		 389 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.600733  hitchhiker  0.00000000076827 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0403  methylcitrate synthase  24.21 
 
 		 389 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0463  methylcitrate synthase  24.21 
 
 		 389 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000165686  hitchhiker  0.000000131062 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0409  methylcitrate synthase  24.21 
 
 		 389 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000027346 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7568  citrate synthase 2  26.13 
 
 		 362 aa  47.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.708852 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02719  methylcitrate synthase  27.51 
 
 		 384 aa  47.8  0.0004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.966086  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0100  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  28.08 
 
 		 377 aa  47.4  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4948  citrate synthase 2  30.26 
 
 		 364 aa  47  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.257238  normal  0.409706 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2480  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.61 
 
 		 380 aa  47  0.0007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.388889  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3564  DNA binding domain protein, excisionase family  30.77 
 
 		 410 aa  46.6  0.0008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2208  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  32.04 
 
 		 374 aa  46.6  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.539974  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8311  citrate synthase  28.25 
 
 		 277 aa  46.2  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173148  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1035  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.6 
 
 		 375 aa  45.1  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4013  citrate synthase  29.61 
 
 		 274 aa  45.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2319  methylcitrate synthase  27.06 
 
 		 386 aa  45.4  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.16364  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1097  citrate synthase family protein  31.98 
 
 		 289 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.383469  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2452  citrate synthase  35.23 
 
 		 410 aa  45.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000202962 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2557  citrate synthase  25.77 
 
 		 391 aa  45.4  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3860  methylcitrate synthase  26.19 
 
 		 389 aa  44.7  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3974  methylcitrate synthase  26.19 
 
 		 389 aa  44.7  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0651061 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1016  Citrate (Si)-synthase  25.34 
 
 		 366 aa  44.7  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.525155  hitchhiker  0.00235766 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2628  citrate synthase  29.92 
 
 		 387 aa  44.7  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1347  methylcitrate synthase  27.27 
 
 		 389 aa  44.7  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33820  citrate synthase 2  30 
 
 		 389 aa  44.3  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.655288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0306  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  25.94 
 
 		 397 aa  44.3  0.004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.772555 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4790  methylcitrate synthase  28.3 
 
 		 385 aa  43.9  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.427382  normal  0.159071 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3036  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.74 
 
 		 382 aa  43.5  0.006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14160  citrate synthase  25.52 
 
 		 381 aa  43.9  0.006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2582  citrate synthase  34.66 
 
 		 410 aa  43.5  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11188  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3119  citrate synthase  27.4 
 
 		 254 aa  43.5  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0511  citrate synthase 2  27.93 
 
 		 368 aa  43.5  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.043222  hitchhiker  0.0026302 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0834  Citrate (Si)-synthase  34.82 
 
 		 377 aa  43.5  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3240  DNA binding domain protein, excisionase family  30.07 
 
 		 410 aa  43.5  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23220  methylcitrate synthase  23.94 
 
 		 387 aa  43.5  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1523  citrate synthase  25 
 
 		 379 aa  43.1  0.009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.836356  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1313  citrate synthase  27.03 
 
 		 262 aa  43.1  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5862  methylcitrate synthase  25.6 
 
 		 398 aa  43.1  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4867  citrate synthase  31.43 
 
 		 385 aa  43.1  0.01  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0287319  normal  0.592181 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>