More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1970 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1970  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  427  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0400579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2100  two component transcriptional regulator  99.55 
 
 		 221 aa  427  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6013  two component transcriptional regulator  86.43 
 
 		 221 aa  381  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2064  two component transcriptional regulator  86.43 
 
 		 221 aa  381  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410384  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2083  winged helix family two component response transcriptional regulator  85.07 
 
 		 221 aa  374  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5681  two component transcriptional regulator  46.88 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.633222 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3745  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4623  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.337483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 225 aa  92.8  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  31.7 
 
 		 227 aa  91.3  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  90.9  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.8 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.11 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  31.93 
 
 		 227 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  29.82 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1658  two component transcriptional regulator  31.39 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.450735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  31.95 
 
 		 249 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 226 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2625  two component transcriptional regulator  30.57 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.983258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  24.78 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  31.11 
 
 		 220 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.25 
 
 		 228 aa  78.2  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  24.78 
 
 		 226 aa  78.2  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000252174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4240  two component transcriptional regulator  29.96 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.735778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  32.44 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0767  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.57 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.870104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.44 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  29.83 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  25.11 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2682  two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  25.11 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  27.56 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  25.11 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  25.11 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.71 
 
 		 248 aa  75.5  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2574  two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2653  two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  25.11 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  25.11 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  25.11 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  25.11 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6946  two component transcriptional regulator  32.59 
 
 		 219 aa  75.1  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.383627 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2700  two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 282 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.469389  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0281  two component transcriptional regulator  24.78 
 
 		 225 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000001543 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  25.11 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3740  two component transcriptional regulator  24.78 
 
 		 225 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0282  two component transcriptional regulator  24.78 
 
 		 225 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.919503  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0649  two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.43 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1216  two component transcriptional regulator  29.33 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6288  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.86 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0171319  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  32.43 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1292  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.19 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.66664 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4259  two component transcriptional regulator  28.95 
 
 		 225 aa  74.7  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2042  two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143055  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  23.89 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1610  two component transcriptional regulator  27.93 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.496365  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.3 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  27.2 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1186  winged helix family two component transcriptional regulator  29.33 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1032  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.15 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.015145 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  25.74 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4428  DNA-binding response regulator  24.78 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  26.43 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0298  two component transcriptional regulator, winged helix family  24.78 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.77813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5980  two component transcriptional regulator  30.18 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0635726 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0294  two component transcriptional regulator  24.78 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  29.13 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0286  two component transcriptional regulator  24.78 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4230  two component transcriptional regulator  30.97 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  29.49 
 
 		 232 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3932  two component transcriptional regulator  28.45 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.2 
 
 		 232 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  28.38 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6645  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.96 
 
 		 217 aa  73.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0293  two component transcriptional regulator  24.78 
 
 		 225 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.973428  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  27.04 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  27.88 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  26.29 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0224  two component transcriptional regulator  30.52 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  31.31 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2013  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  27.23 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.067134 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1542  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  26.46 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  24.78 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3400  two component transcriptional regulator  25.88 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.105495  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  27.9 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  26.87 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  26.87 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.49 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5187  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.99 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000511147 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0546  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.09 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0809  DNA-binding response regulator  29.6 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3341  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.19 
 
 		 225 aa  72  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4933  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  29.44 
 
 		 223 aa  72  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461594  normal  0.344735 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.69 
 
 		 227 aa  72  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  29.91 
 
 		 225 aa  72  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>