More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1142 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1142  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  649    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.26532 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1130  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  649    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4389  LysR family transcriptional regulator  96.53 
 
 		 318 aa  628  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2065  LysR family transcriptional regulator  96.21 
 
 		 318 aa  625  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1223  LysR family transcriptional regulator  96.53 
 
 		 318 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0770  LysR family transcriptional regulator  96.21 
 
 		 318 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973031  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1251  LysR family transcriptional regulator  96.21 
 
 		 318 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.392675  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1152  LysR family transcriptional regulator  82.08 
 
 		 320 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1144  LysR family transcriptional regulator  82.08 
 
 		 320 aa  532  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2533  LysR family transcriptional regulator  81.76 
 
 		 320 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2081  LysR family transcriptional regulator  81.76 
 
 		 320 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.11964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1305  LysR family transcriptional regulator  81.45 
 
 		 320 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0699  LysR family transcriptional regulator  81.45 
 
 		 320 aa  526  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1683  LysR family transcriptional regulator  73.9 
 
 		 323 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0254  LysR family transcriptional regulator  73.9 
 
 		 323 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1772  LysR family transcriptional regulator  73.9 
 
 		 323 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.6565  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1161  LysR family transcriptional regulator  73.9 
 
 		 323 aa  504  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0467249  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1101  LysR family transcriptional regulator  73.45 
 
 		 277 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0765049  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0099  LysR family transcriptional regulator  73.45 
 
 		 277 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0325  LysR family transcriptional regulator  73.45 
 
 		 277 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3902  LysR family transcriptional regulator  62.66 
 
 		 319 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3898  LysR family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 311 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.522944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2032  LysR family transcriptional regulator  59.67 
 
 		 302 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2847  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 323 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109493  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2070  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4670  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632106  hitchhiker  0.00186288 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7812  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 317 aa  216  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1244  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 316 aa  139  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0599  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 291 aa  97.4  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0011  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 306 aa  92.8  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 298 aa  93.2  6e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0927  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 302 aa  92.4  9e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  23.13 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  23.73 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0475  transcriptional regulator, LysR family  21.53 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3191  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 293 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.43 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.78 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  27.43 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 		 303 aa  87.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.78 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  24.03 
 
 		 312 aa  87  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  23 
 
 		 304 aa  87  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  22.78 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.43 
 
 		 299 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 295 aa  86.3  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.78 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.43 
 
 		 299 aa  86.3  7e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  22.38 
 
 		 303 aa  85.9  8e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3010  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 309 aa  85.9  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  24.34 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  20 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  20 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  21.31 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  19.4 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0988  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  23.34 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3519  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1551  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  20.95 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  21.55 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2695  LysR substrate-binding protein  24.73 
 
 		 360 aa  82.8  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0747984  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>