More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5854 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5854  hypothetical protein  100 
 
 		 335 aa  681    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.103507  normal  0.680592 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1273  putative periplasmic solute-binding protein  87.46 
 
 		 333 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384428  normal  0.646198 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4046  putative periplasmic solute-binding protein  82.09 
 
 		 335 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0699034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1663  extracellular solute-binding protein family 1  80.3 
 
 		 335 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3312  putative periplasmic solute-binding protein  66.88 
 
 		 339 aa  461  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00706911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2152  putative periplasmic solute-binding protein  69.16 
 
 		 342 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282737  normal  0.123138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3124  extracellular solute-binding protein  64.33 
 
 		 345 aa  438  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4840  putative ABC transporter periplasmic binding component  60.36 
 
 		 340 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0305994 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1418  extracellular solute-binding protein family 1  61.85 
 
 		 343 aa  424  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58033  normal  0.12139 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  62.78 
 
 		 343 aa  418  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1459  extracellular solute-binding protein family 1  62.46 
 
 		 343 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0283759 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3454  putative periplasmic solute-binding protein  62.18 
 
 		 337 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357351  normal  0.433387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1265  extracellular solute-binding protein family 1  58.51 
 
 		 337 aa  417  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4695  extracellular solute-binding protein  61.22 
 
 		 333 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2074  extracellular solute-binding protein  63.31 
 
 		 342 aa  408  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  60.9 
 
 		 333 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.64062  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  61.34 
 
 		 362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  59.27 
 
 		 844 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4343  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  62.01 
 
 		 370 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  59.19 
 
 		 349 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3071  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  59.17 
 
 		 353 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0501  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  59.17 
 
 		 353 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0652  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  59.17 
 
 		 353 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2829  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  62.34 
 
 		 353 aa  402  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1208  extracellular solute-binding protein  61.69 
 
 		 342 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.527758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0753  extracellular solute-binding protein  61.69 
 
 		 365 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1116  extracellular solute-binding protein  62.01 
 
 		 361 aa  401  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1117  extracellular solute-binding protein  62.34 
 
 		 361 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1234  extracellular solute-binding protein  61.69 
 
 		 365 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1412  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  59.17 
 
 		 353 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1215  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  59.17 
 
 		 353 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0399502  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  61.51 
 
 		 348 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1419  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  58.88 
 
 		 353 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1913  extracellular solute-binding protein family 1  43.83 
 
 		 348 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0831866  normal  0.645841 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0827  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.63 
 
 		 348 aa  180  2.9999999999999997e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.333267  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.63 
 
 		 348 aa  179  4.999999999999999e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.860784  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1606  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.12 
 
 		 355 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.273588 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1820  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.58 
 
 		 362 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34313  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1786  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.58 
 
 		 362 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0448  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.58 
 
 		 362 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0354  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.58 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2082  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.58 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1109  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.58 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0818  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.58 
 
 		 362 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3878  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.19 
 
 		 355 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.405488  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1471  extracellular solute-binding protein family 1  34.01 
 
 		 359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1686  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.56 
 
 		 354 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.224605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3418  extracellular solute-binding protein family 1  33.44 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0725  extracellular solute-binding protein family 1  34.81 
 
 		 350 aa  168  9e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21960  hypothetical protein  35.14 
 
 		 352 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000202681 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0746  extracellular solute-binding protein family 1  34.63 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4785  extracellular solute-binding protein  33.44 
 
 		 363 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5374  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.44 
 
 		 362 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0583866  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.44 
 
 		 362 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1875  hypothetical protein  34.19 
 
 		 352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4354  putative ABC transport system, substrate-binding exported protein  31.48 
 
 		 359 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.710836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1332  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  32.63 
 
 		 352 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0623244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4488  extracellular solute-binding protein  33.45 
 
 		 353 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.404976  normal  0.627866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1726  ABC transporter, periplasmic binding protein  33.11 
 
 		 354 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.477367  normal  0.0250834 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3993  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  32.77 
 
 		 354 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.249752  normal  0.268451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000661  putative periplasmic solute-binding protein  33.02 
 
 		 355 aa  156  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1275  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 		 354 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  0.567692 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1318  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 		 352 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.801159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1027  hypothetical protein  33.33 
 
 		 355 aa  149  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2471  extracellular solute-binding protein  32.72 
 
 		 390 aa  147  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4201  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.41 
 
 		 371 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.476825 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4228  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 		 367 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.461853  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0514  extracellular solute-binding protein family 1  33.87 
 
 		 371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.843064  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2897  extracellular solute-binding protein family 1  31 
 
 		 367 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0221  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 		 365 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.783235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1234  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  33.09 
 
 		 414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0793  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  32.71 
 
 		 410 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.295736  normal  0.158194 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2637  extracellular solute-binding protein family 1  31 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2134  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.575498  normal  0.605089 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3395  extracellular solute-binding protein family 1  27.62 
 
 		 381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.441617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0500  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 		 367 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2372  extracellular solute-binding protein family 1  28.19 
 
 		 396 aa  126  5e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0115  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.88 
 
 		 367 aa  125  8.000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.512733  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0105  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.12 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.628694  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3326  Integrase catalytic region  27.14 
 
 		 356 aa  125  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.138399  normal  0.815514 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2054  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 378 aa  119  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7381  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 		 387 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0829  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 		 368 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2948  ABC transporter substrate binding protein  30.67 
 
 		 366 aa  116  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0984  extracellular solute-binding protein  28.84 
 
 		 366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366377  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  28.21 
 
 		 344 aa  110  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1380  ABC polyamine/opine/phosphonate transporter, periplasmic ligand binding protein  29 
 
 		 382 aa  110  3e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0346  ABC transporter, substrate binding protein  31.02 
 
 		 366 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.24266  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1990  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 366 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0950  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.161195 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  28.61 
 
 		 343 aa  107  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  28.88 
 
 		 343 aa  102  8e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5742  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 383 aa  102  8e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  27.04 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.74 
 
 		 381 aa  99.8  6e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.909966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2124  extracellular solute-binding protein family 1  33.2 
 
 		 400 aa  99  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  30.21 
 
 		 342 aa  97.8  2e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  33.19 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1080  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 377 aa  96.3  6e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0294396  normal  0.998293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>