More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2115 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2115  peptide ABC transporter membrane protein  100 
 
 
286 aa  560  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  62.55 
 
 
298 aa  354  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  61.45 
 
 
306 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.01 
 
 
303 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.5 
 
 
294 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.249945  normal  0.298261 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2420  dipeptide ABC transport system inner membrane binding component DppC  52.11 
 
 
288 aa  310  2e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767733 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.21 
 
 
307 aa  238  9e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.21 
 
 
307 aa  236  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.42 
 
 
296 aa  236  3e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.87 
 
 
298 aa  235  7e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
298 aa  235  8e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.87 
 
 
298 aa  234  8e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.87 
 
 
298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  43.87 
 
 
298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  43.87 
 
 
298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.87 
 
 
298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.49 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  45.76 
 
 
321 aa  231  1e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
285 aa  231  1e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  42.24 
 
 
295 aa  230  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.88 
 
 
301 aa  229  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.65 
 
 
313 aa  229  4e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 
299 aa  229  5e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  39.24 
 
 
299 aa  228  1e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.24 
 
 
299 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  39.24 
 
 
299 aa  228  1e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  39.24 
 
 
299 aa  228  1e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.24 
 
 
299 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
301 aa  227  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
299 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.18 
 
 
287 aa  226  4e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  43.12 
 
 
294 aa  226  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
305 aa  225  6e-58  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
310 aa  224  1e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  43.68 
 
 
301 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
300 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
287 aa  223  3e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.88 
 
 
287 aa  223  3e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
300 aa  223  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.13 
 
 
294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
301 aa  221  8e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 
299 aa  221  8e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  42.55 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 
287 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
294 aa  219  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
298 aa  218  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
310 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.46 
 
 
301 aa  217  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.32 
 
 
304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
309 aa  216  4e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  43.92 
 
 
867 aa  214  9e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.89 
 
 
294 aa  212  4.9999999999999996e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.13 
 
 
296 aa  212  4.9999999999999996e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.143013 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
290 aa  212  5.999999999999999e-54  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  43.32 
 
 
300 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
300 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.1 
 
 
294 aa  211  9e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.431042  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  41.87 
 
 
300 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
280 aa  211  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.95 
 
 
284 aa  210  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.08 
 
 
310 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.6 
 
 
300 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 
302 aa  210  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.94 
 
 
277 aa  210  2e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
299 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.49 
 
 
304 aa  209  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
293 aa  209  3e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1783  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
291 aa  209  3e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0926789  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.46 
 
 
286 aa  209  4e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.13 
 
 
280 aa  209  4e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
293 aa  209  6e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.88 
 
 
319 aa  209  6e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  46.24 
 
 
313 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  46.24 
 
 
313 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  46.24 
 
 
313 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
309 aa  208  9e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
305 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  45.86 
 
 
313 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  45.86 
 
 
313 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  41.57 
 
 
279 aa  207  2e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.46 
 
 
300 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  45.86 
 
 
313 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  45.86 
 
 
313 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.46 
 
 
300 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.46 
 
 
308 aa  206  3e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
300 aa  206  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
304 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
311 aa  206  4e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1030  nickel transporter permease NikC  41.37 
 
 
270 aa  206  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.503674  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  42.06 
 
 
276 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.94 
 
 
285 aa  206  5e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
300 aa  205  7e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  43.85 
 
 
299 aa  204  9e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.36 
 
 
304 aa  204  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
300 aa  205  9e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
312 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.19 
 
 
359 aa  204  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>