More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0310 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
308 aa  579  1e-164  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.955861  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35710  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  61.51 
 
 
324 aa  281  9e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.165906  normal  0.743005 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1411  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  62.01 
 
 
322 aa  256  3e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5378  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  61.41 
 
 
323 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179214 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5162  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  60.34 
 
 
320 aa  249  4e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.540091  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0555  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  61.72 
 
 
312 aa  243  3.9999999999999997e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.644059  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4776  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  60 
 
 
320 aa  242  5e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4862  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  60 
 
 
320 aa  242  5e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.43837  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4020  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  56.71 
 
 
317 aa  227  2e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0614  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  59.68 
 
 
341 aa  226  3e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.06 
 
 
321 aa  218  1e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13656  cell cycle protein mesJ  57.34 
 
 
323 aa  217  2e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0912729  decreased coverage  0.0000749619 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.66 
 
 
334 aa  215  8e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.95 
 
 
334 aa  208  1e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.91 
 
 
358 aa  203  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3449  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.07 
 
 
325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.69 
 
 
376 aa  184  1.0000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2897  helix-turn-helix, Fis-type  51.26 
 
 
324 aa  182  9.000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.79 
 
 
344 aa  181  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.41 
 
 
339 aa  175  7e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.74 
 
 
335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9177  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  48.76 
 
 
337 aa  169  6e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113469  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.56 
 
 
351 aa  168  8e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.36 
 
 
333 aa  160  2e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.45 
 
 
344 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.23 
 
 
333 aa  151  1e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.103594 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0529  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.1 
 
 
324 aa  145  8.000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0224456 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.18 
 
 
386 aa  145  9e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.964582 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.66 
 
 
372 aa  144  2e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.01 
 
 
388 aa  144  2e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4313  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  45.71 
 
 
595 aa  138  1e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.82 
 
 
364 aa  136  6.0000000000000005e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0299  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  43.41 
 
 
608 aa  134  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347067 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0202  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  55.19 
 
 
398 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.135787 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0700  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.13 
 
 
330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24800  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.03 
 
 
356 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2989  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.53 
 
 
384 aa  122  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00761  ATPase  33.55 
 
 
343 aa  122  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.247507 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.11 
 
 
445 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.56 
 
 
470 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0074  MesJ-like protein  34.2 
 
 
337 aa  116  5e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.17 
 
 
468 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40.22 
 
 
444 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  36.48 
 
 
442 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.93 
 
 
476 aa  112  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.31 
 
 
470 aa  112  8.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30 
 
 
476 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  29.74 
 
 
476 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  29.74 
 
 
476 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.84 
 
 
476 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  28.84 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  29.74 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.74 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.53 
 
 
476 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.84 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.51 
 
 
524 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  29.62 
 
 
476 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17771  ATPase  30.03 
 
 
339 aa  109  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0884418  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  37.87 
 
 
445 aa  108  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.26 
 
 
419 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.53 
 
 
455 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  35.05 
 
 
445 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.06 
 
 
471 aa  107  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  28.43 
 
 
427 aa  107  3e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.5 
 
 
456 aa  107  4e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.17 
 
 
464 aa  106  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.8 
 
 
426 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.01 
 
 
422 aa  105  9e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.29 
 
 
474 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.8 
 
 
325 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.93 
 
 
335 aa  103  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.46 
 
 
440 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.85 
 
 
409 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.75 
 
 
462 aa  102  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.79 
 
 
417 aa  102  7e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.06 
 
 
412 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  37.46 
 
 
434 aa  101  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  40.49 
 
 
412 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.41 
 
 
326 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.25 
 
 
335 aa  100  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01210  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.93 
 
 
394 aa  100  4e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.2 
 
 
425 aa  100  4e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1478  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.23 
 
 
418 aa  99.8  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1352  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.18 
 
 
320 aa  99.8  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.150129  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.4 
 
 
464 aa  99.8  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.07 
 
 
460 aa  99.4  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.08 
 
 
326 aa  99.4  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.07 
 
 
451 aa  99.4  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
460 aa  99.4  8e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  29.97 
 
 
449 aa  99.4  8e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.97 
 
 
449 aa  99  9e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21191  ATPase  24.58 
 
 
326 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1914  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.06 
 
 
306 aa  97.4  2e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.08 
 
 
464 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0074  MesJ-like protein  35.79 
 
 
334 aa  97.8  2e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.56 
 
 
427 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.21 
 
 
326 aa  97.8  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.08 
 
 
464 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  37.4 
 
 
682 aa  97.8  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.55 
 
 
433 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>