More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1914 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1914  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
306 aa  577  1e-164  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4020  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.47 
 
 
317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.99 
 
 
334 aa  108  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.2 
 
 
321 aa  103  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.94 
 
 
326 aa  102  8e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.12 
 
 
417 aa  102  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5378  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.98 
 
 
323 aa  101  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179214 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.71 
 
 
455 aa  98.6  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35710  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.14 
 
 
324 aa  98.2  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.165906  normal  0.743005 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4862  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.66 
 
 
320 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.43837  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5162  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.66 
 
 
320 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.540091  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4776  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  45.66 
 
 
320 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.5 
 
 
345 aa  96.7  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.34 
 
 
469 aa  96.3  6e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.83 
 
 
308 aa  95.9  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.955861  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.49 
 
 
468 aa  95.1  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.78 
 
 
430 aa  95.5  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0614  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.75 
 
 
341 aa  93.6  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
471 aa  92.8  6e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.43 
 
 
376 aa  92.4  8e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
241 aa  92  1e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.68 
 
 
524 aa  91.3  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.09 
 
 
358 aa  91.3  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.32 
 
 
351 aa  90.1  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1411  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.16 
 
 
322 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  34.88 
 
 
445 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.02 
 
 
470 aa  86.7  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  30.8 
 
 
431 aa  86.7  5e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.47 
 
 
509 aa  85.9  8e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  39.02 
 
 
425 aa  85.9  8e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  33.97 
 
 
427 aa  85.9  8e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  38.94 
 
 
442 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.01 
 
 
454 aa  85.9  9e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.32 
 
 
470 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.57 
 
 
409 aa  85.1  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  33.07 
 
 
422 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  37.91 
 
 
497 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.96 
 
 
469 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.65 
 
 
449 aa  84  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.41 
 
 
485 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.94 
 
 
388 aa  83.6  0.000000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  38.65 
 
 
455 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.76 
 
 
335 aa  83.6  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.52 
 
 
469 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.56 
 
 
439 aa  83.2  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  32.02 
 
 
431 aa  83.2  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.65 
 
 
449 aa  83.2  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.41 
 
 
464 aa  82.8  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.41 
 
 
464 aa  82.8  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  32.02 
 
 
431 aa  82.8  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37 
 
 
486 aa  82.8  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0074  MesJ-like protein  34.92 
 
 
337 aa  82.4  0.000000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  39.81 
 
 
358 aa  82.4  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.38 
 
 
476 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.23 
 
 
334 aa  81.6  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3547  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.95 
 
 
427 aa  81.6  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.397659  normal  0.0756988 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24800  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.26 
 
 
356 aa  81.6  0.00000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0845  PP-loop  37.75 
 
 
323 aa  81.6  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.985439  hitchhiker  0.00439343 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  32.34 
 
 
430 aa  81.6  0.00000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.93 
 
 
400 aa  80.5  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9177  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  42.86 
 
 
337 aa  80.5  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113469  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.21 
 
 
347 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0555  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.95 
 
 
312 aa  80.1  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.644059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.49 
 
 
472 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.68 
 
 
412 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.64 
 
 
458 aa  80.5  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.55 
 
 
334 aa  80.1  0.00000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  33.2 
 
 
682 aa  80.1  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.16 
 
 
442 aa  79.7  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 
474 aa  79.7  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.38 
 
 
476 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.83 
 
 
459 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.11 
 
 
440 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.95 
 
 
426 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.93 
 
 
427 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.18 
 
 
460 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  31.75 
 
 
476 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.42 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.36 
 
 
427 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.08 
 
 
476 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  31.75 
 
 
476 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.18 
 
 
451 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.22 
 
 
364 aa  78.6  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.18 
 
 
460 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.7 
 
 
450 aa  79  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.77 
 
 
489 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  31.75 
 
 
476 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.77 
 
 
489 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  31.75 
 
 
476 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  37.77 
 
 
489 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2897  helix-turn-helix, Fis-type  37.56 
 
 
324 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.77 
 
 
492 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  37.77 
 
 
492 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  36.71 
 
 
412 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.64 
 
 
372 aa  77.8  0.0000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.28 
 
 
473 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.75 
 
 
476 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.94 
 
 
344 aa  77.8  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.62 
 
 
494 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0202  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.75 
 
 
398 aa  77.8  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.135787 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>