110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0065 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0065  N4/N6-methyltransferase family protein  100 
 
 		 255 aa  530  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0286  N4/N6-methyltransferase family protein  63.36 
 
 		 569 aa  292  3e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1809  hypothetical protein  49.57 
 
 		 849 aa  219  5e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0483  N-6 DNA methylase  51.06 
 
 		 568 aa  218  7.999999999999999e-56  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283562  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3380  N-6 DNA methylase  50 
 
 		 570 aa  207  9e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.368642  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4240  N-6 DNA methylase  37.12 
 
 		 567 aa  142  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.386659  hitchhiker  0.00142847 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0032  N-6 DNA methylase  35.37 
 
 		 544 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.885751  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0154  site-specific DNA-methyltransferase, type I modification  35.68 
 
 		 234 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.522125  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4473  N-6 DNA methylase  37.12 
 
 		 567 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.844286 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  34.42 
 
 		 523 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0005  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 528 aa  113  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1858  N-6 DNA methylase  35.05 
 
 		 540 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0224  Type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 519 aa  108  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1086  type I restriction-modification system, M subunit  31.92 
 
 		 576 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4777  N-6 DNA methylase  33.8 
 
 		 517 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.797401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1940  N-6 DNA methylase  33.18 
 
 		 535 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0625168  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2743  type I restriction system adenine methylase  32.87 
 
 		 518 aa  98.6  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1539  type I restriction-modification system, M subunit  32.11 
 
 		 500 aa  98.6  9e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000154488  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3758  N-6 DNA methylase  31.63 
 
 		 511 aa  98.2  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.921564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  29.17 
 
 		 498 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4006  N-6 DNA methylase  29.36 
 
 		 514 aa  93.6  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2017  N-6 DNA methylase  32.09 
 
 		 517 aa  93.6  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.54323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  30.14 
 
 		 510 aa  93.2  3e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2909  N4/N6-methyltransferase family protein  31.63 
 
 		 515 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1120  type I restriction-modification system specificity subunit  30.73 
 
 		 527 aa  92.4  6e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2789  N-6 DNA methylase  32.09 
 
 		 532 aa  92  8e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.206405 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.17 
 
 		 497 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1222  N-6 DNA methylase  30.73 
 
 		 519 aa  90.1  3e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3006  N-6 DNA methylase  31.63 
 
 		 520 aa  90.5  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.809429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.36 
 
 		 538 aa  89.7  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0988  N-6 DNA methylase  27.27 
 
 		 527 aa  89  7e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3080  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.31 
 
 		 549 aa  89  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.801077 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0019  N-6 DNA methylase  29.58 
 
 		 501 aa  88.2  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00151011 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  30.05 
 
 		 501 aa  88.6  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7556  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  30.56 
 
 		 544 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2418  N-6 DNA methylase  27.19 
 
 		 525 aa  86.3  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.572428  normal  0.0719197 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2793  type I restriction-modification system, M subunit  27.19 
 
 		 525 aa  86.3  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3128  N-6 DNA methylase  30.56 
 
 		 518 aa  85.5  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.465456  decreased coverage  0.00982418 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2509  site-specific DNA-methyltransferase  26.98 
 
 		 540 aa  85.5  8e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.847656  normal  0.642426 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3148  N-6 DNA methylase  27.9 
 
 		 540 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.303766 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4931  type I restriction-modification system, M subunit  28.64 
 
 		 539 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.748503  normal  0.593383 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0877  putative type I restriction-modification system, M subunit  30.09 
 
 		 529 aa  82.4  0.000000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1359  N-6 DNA methylase  29.63 
 
 		 529 aa  80.1  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.315285 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1102  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.19 
 
 		 548 aa  79.7  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.358797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1096  N-6 DNA methylase  25.68 
 
 		 543 aa  79.3  0.00000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3767  N-6 DNA methylase  25.61 
 
 		 564 aa  77.8  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3915  N-6 DNA methylase  28.57 
 
 		 541 aa  76.6  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2248  N-6 DNA methylase  27.31 
 
 		 521 aa  75.9  0.0000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0522014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0034  N-6 DNA methylase  25.89 
 
 		 544 aa  75.5  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966218 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.81 
 
 		 503 aa  73.2  0.000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  26.46 
 
 		 574 aa  70.5  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  28.14 
 
 		 587 aa  71.2  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12769  type I restriction/modification system DNA methylase hsdM  24.32 
 
 		 540 aa  70.1  0.00000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  27.03 
 
 		 633 aa  68.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  25.78 
 
 		 814 aa  67.4  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  25.88 
 
 		 495 aa  67.4  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  25.75 
 
 		 574 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  26.85 
 
 		 574 aa  62.4  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  26.34 
 
 		 523 aa  62  0.000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  26.46 
 
 		 508 aa  61.6  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  25.33 
 
 		 808 aa  61.2  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  24.46 
 
 		 815 aa  59.3  0.00000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  24.24 
 
 		 513 aa  58.2  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3300  N-6 DNA methylase  23.72 
 
 		 537 aa  55.5  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500405 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  24.79 
 
 		 516 aa  55.5  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  22.97 
 
 		 822 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  21.85 
 
 		 891 aa  53.5  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  21.52 
 
 		 816 aa  53.1  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1221  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  22.58 
 
 		 533 aa  53.5  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  27.35 
 
 		 525 aa  53.1  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  23.98 
 
 		 908 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  24.77 
 
 		 505 aa  51.2  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  23.14 
 
 		 500 aa  51.2  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  23.71 
 
 		 498 aa  50.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  26.09 
 
 		 510 aa  50.4  0.00003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  24.42 
 
 		 525 aa  49.7  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  25.97 
 
 		 568 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1499  type I restriction-modification system, M subunit  21.4 
 
 		 521 aa  48.9  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1762  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  24.42 
 
 		 585 aa  48.9  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2666  type I restriction-modification system specificity subunit  25.66 
 
 		 508 aa  48.9  0.00009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.289078  normal  0.157244 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2236  N-6 DNA methylase  22.27 
 
 		 528 aa  47.4  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  22.97 
 
 		 511 aa  47.4  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  25.68 
 
 		 518 aa  47  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4352  N-6 DNA methylase  23.5 
 
 		 565 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  23.08 
 
 		 496 aa  46.6  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  23.53 
 
 		 498 aa  46.2  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  24.3 
 
 		 824 aa  45.8  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1412  type I restriction-modification system, M subunit  23.46 
 
 		 517 aa  46.2  0.0006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.446719  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  22.22 
 
 		 524 aa  45.8  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  20.26 
 
 		 527 aa  45.4  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  21.27 
 
 		 523 aa  45.4  0.0009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  22.94 
 
 		 505 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  23.01 
 
 		 495 aa  44.7  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  21.52 
 
 		 860 aa  44.7  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3498  N-6 DNA methylase  22.94 
 
 		 694 aa  44.3  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.100632 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  23.25 
 
 		 537 aa  44.3  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  23.25 
 
 		 537 aa  44.3  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  24.2 
 
 		 874 aa  43.5  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1712  N-6 DNA methylase  23.04 
 
 		 662 aa  43.5  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.857909  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  23.53 
 
 		 910 aa  43.5  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>