183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1095 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1095  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  100 
 
 
310 aa  629  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0122  hypothetical protein  65.85 
 
 
289 aa  374  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186184 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3243  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.27 
 
 
296 aa  267  1e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4269  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  46.92 
 
 
275 aa  261  1e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0310  hypothetical protein  50.38 
 
 
261 aa  258  9e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4445  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.43 
 
 
292 aa  256  3e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0359597  normal  0.141802 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0288  hypothetical protein  49.62 
 
 
260 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0650  hypothetical protein  49.62 
 
 
260 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0570  hypothetical protein  49.62 
 
 
260 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4284  hypothetical protein  49.24 
 
 
260 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0320  hypothetical protein  49.62 
 
 
262 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00988497  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0659  hypothetical protein  49.06 
 
 
271 aa  253  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.300797 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02911  predicted dioxygenase  49.06 
 
 
271 aa  253  3e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0662  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  49.06 
 
 
271 aa  253  3e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02861  hypothetical protein  49.06 
 
 
271 aa  253  3e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3471  hypothetical protein  48.68 
 
 
271 aa  253  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000602519  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3216  hypothetical protein  49.06 
 
 
271 aa  253  3e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000450029  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4352  hypothetical protein  48.68 
 
 
271 aa  252  7e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000625396  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3336  hypothetical protein  48.68 
 
 
262 aa  251  8.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3503  hypothetical protein  48.3 
 
 
271 aa  251  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116395  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3780  hypothetical protein  48.68 
 
 
262 aa  251  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.443365  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3622  hypothetical protein  49.43 
 
 
262 aa  247  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3370  hypothetical protein  48.66 
 
 
276 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3542  hypothetical protein  48.66 
 
 
262 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3447  hypothetical protein  48.28 
 
 
262 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3451  hypothetical protein  48.48 
 
 
262 aa  246  4.9999999999999997e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0386955 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3375  hypothetical protein  48.66 
 
 
262 aa  245  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.62567 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3440  hypothetical protein  48.28 
 
 
262 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1634  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  49.48 
 
 
284 aa  243  3e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3194  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  46.52 
 
 
275 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2374  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.07 
 
 
284 aa  237  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.440484  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2174  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.43 
 
 
284 aa  236  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.804117  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4315  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  47.49 
 
 
257 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1200  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  46.18 
 
 
260 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.656979  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2339  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.31 
 
 
285 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.70741  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3451  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  45.77 
 
 
253 aa  231  1e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00000670941  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1138  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.61 
 
 
273 aa  228  9e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.281449  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1802  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  46.74 
 
 
265 aa  225  8e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.411096  normal  0.0181188 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0476  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  44.31 
 
 
259 aa  224  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.622661  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1704  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  48.79 
 
 
245 aa  223  3e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0765  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.72 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0779  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.72 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.548467 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1336  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  42.75 
 
 
259 aa  221  9.999999999999999e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000105627 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0759  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.72 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3123  hypothetical protein  45.25 
 
 
273 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3641  hypothetical protein  39.73 
 
 
289 aa  218  1e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3853  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  45.25 
 
 
276 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2686  hypothetical protein  41.86 
 
 
257 aa  217  2e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000991963  normal  0.169882 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0532  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  46.36 
 
 
266 aa  216  5e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3977  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  46.54 
 
 
283 aa  207  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0409  hypothetical protein  44.44 
 
 
257 aa  205  9e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0993  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  50.57 
 
 
264 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00681173  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0933  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  49.81 
 
 
264 aa  202  7e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0990  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  49.81 
 
 
264 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.189754  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0983  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.91 
 
 
263 aa  186  5e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.793849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3986  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.08 
 
 
255 aa  179  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6127  putative extradiol ring-cleavage dioxygenase  43.08 
 
 
270 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.105622 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.51 
 
 
263 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.836702  normal  0.589534 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2599  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  41.51 
 
 
263 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0506  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  41.51 
 
 
263 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3593  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  42.26 
 
 
263 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0436  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.53 
 
 
263 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387117  normal  0.164124 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0410  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.91 
 
 
263 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0358  hypothetical protein  41.85 
 
 
274 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229589  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3594  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  41.15 
 
 
262 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0679  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  37.22 
 
 
266 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000247428  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2892  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.13 
 
 
263 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672947 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0432  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.89 
 
 
262 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.31305 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0500  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.77 
 
 
262 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1613  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  40.7 
 
 
278 aa  169  5e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.806059  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0680  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.77 
 
 
262 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0976  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.77 
 
 
262 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.262372  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1947  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.77 
 
 
262 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1444  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  41.54 
 
 
255 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0945438  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3607  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.77 
 
 
262 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3618  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.77 
 
 
262 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2526  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  41.31 
 
 
255 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854892  normal  0.357361 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1456  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.61 
 
 
253 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.216401  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2934  class III extradiol-type catecholic dioxygenase family protein  40.77 
 
 
262 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1064  hypothetical protein  42.86 
 
 
268 aa  166  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3618  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  40.61 
 
 
255 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1717  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.69 
 
 
253 aa  165  8e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145802  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2275  extradiol ring-cleavage dioxygenase III subunit B  43.7 
 
 
265 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.994054 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3482  oxidoreductase  36.78 
 
 
253 aa  162  6e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.361889 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0406  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  43.13 
 
 
254 aa  162  7e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.182951  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0752  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  40.38 
 
 
266 aa  161  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.943488 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1897  oxidoreductase  37.16 
 
 
253 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1869  hypothetical protein  40.54 
 
 
264 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.858581  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1860  oxidoreductase  37.79 
 
 
253 aa  161  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2101  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.46 
 
 
278 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2316  hypothetical protein  40.93 
 
 
256 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2574  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  38.58 
 
 
260 aa  159  5e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1975  oxidoreductase  37.4 
 
 
253 aa  159  5e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1723  oxidoreductase  36.78 
 
 
253 aa  159  6e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1859  oxidoreductase  36.78 
 
 
253 aa  159  6e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03046  4,5-dopa dioxygenase extradiol  41.77 
 
 
258 aa  159  7e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1944  oxidoreductase  37.4 
 
 
253 aa  159  8e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2171  Extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  36.4 
 
 
255 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2953  catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase  37.84 
 
 
277 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.66937  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1478  extradiol ring-cleavage dioxygenase class III protein subunit B  39.77 
 
 
255 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.637793  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>