109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0217 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0217  hypothetical protein  100 
 
 		 274 aa  551  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.207419  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0162  hypothetical protein  60.22 
 
 		 243 aa  308  4e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.844011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0180  hypothetical protein  60.22 
 
 		 243 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223462  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0232  hypothetical protein  58.89 
 
 		 241 aa  302  5.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0301  hypothetical protein  56.78 
 
 		 243 aa  298  7e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3315  hypothetical protein  55.24 
 
 		 236 aa  253  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.266873  normal  0.0899377 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0182  hypothetical protein  52.59 
 
 		 265 aa  237  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.56754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0239  hypothetical protein  38.6 
 
 		 266 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0290  hypothetical protein  36.95 
 
 		 265 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2962  hypothetical protein  34.73 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3379  putative transmembrane protein  38.3 
 
 		 269 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3265  putative transmembrane protein  38.79 
 
 		 268 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0239  hypothetical protein  33.76 
 
 		 256 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1084  hypothetical protein  40 
 
 		 272 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0585166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3587  hypothetical protein  38.36 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00011907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0216  signal peptide protein  35.8 
 
 		 271 aa  102  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000480093 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0197  hypothetical protein  36.65 
 
 		 271 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.680563 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1958  putative signal peptide protein  34.21 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0341  signal peptide protein  37.12 
 
 		 268 aa  99  7e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0595  putative transmembrane protein  36.17 
 
 		 234 aa  98.6  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.812754  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0052  hypothetical protein  36.02 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0060351  normal  0.567667 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0294  hypothetical protein  33.8 
 
 		 223 aa  91.7  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.385476  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1664  hypothetical protein  31.49 
 
 		 281 aa  86.7  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.886499  normal  0.578123 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5833  hypothetical protein  30.14 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2512  hypothetical protein  36.81 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0104508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0547  hypothetical protein  32.74 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0546  hypothetical protein  32.13 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3483  hypothetical protein  31.84 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3818  hypothetical protein  31.56 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3944  hypothetical protein  31.56 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.291724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3762  hypothetical protein  31.56 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.852713 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3732  hypothetical protein  31.3 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.817538  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3326  hypothetical protein  31.11 
 
 		 230 aa  72  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0506  hypothetical protein  31.25 
 
 		 230 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255853  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0429  hypothetical protein  31.05 
 
 		 230 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00504  hypothetical protein  29.96 
 
 		 273 aa  70.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1111  hypothetical protein  33.19 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0309164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1183  hypothetical protein  31.35 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3206  hypothetical protein  31.35 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0599  hypothetical protein  28.64 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1089  hypothetical protein  32.9 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0210765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0547  hypothetical protein  30.77 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3109  hypothetical protein  32.48 
 
 		 240 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.052504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1149  hypothetical protein  30.95 
 
 		 240 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0395177  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3575  hypothetical protein  33.78 
 
 		 219 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.580348  hitchhiker  0.00969465 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4354  hypothetical protein  31.66 
 
 		 229 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3533  hypothetical protein  30.04 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1041  hypothetical protein  31.09 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0114575  normal  0.584816 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1600  hypothetical protein  31.25 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.400677  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3012  hypothetical protein  32.05 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0896353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2930  hypothetical protein  32.05 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000617689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0933  hypothetical protein  31.22 
 
 		 244 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.281157  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5922  hypothetical protein  30 
 
 		 287 aa  65.5  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3159  hypothetical protein  30.14 
 
 		 229 aa  63.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0478  hypothetical protein  31.79 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2403  hypothetical protein  40.74 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0963  hypothetical protein  28.81 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.151638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3025  hypothetical protein  28.76 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00392442  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0660  hypothetical protein  40.18 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3502  hypothetical protein  29.96 
 
 		 280 aa  62  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1081  hypothetical protein  30.9 
 
 		 240 aa  61.6  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000020952  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4680  hypothetical protein  30.77 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467996  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2358  hypothetical protein  28.69 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2652  hypothetical protein  30.6 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000484219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02514  hypothetical protein  33.18 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2231  hypothetical protein  33.33 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1336  hypothetical protein  35.2 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0194  hypothetical protein  32.1 
 
 		 245 aa  55.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.743567 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1005  hypothetical protein  33.91 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.433057  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2028  hypothetical protein  26.42 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2615  hypothetical protein  29.64 
 
 		 281 aa  53.9  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.360147  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1117  hypothetical protein  32.03 
 
 		 234 aa  53.5  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1194  hypothetical protein  32.5 
 
 		 234 aa  53.5  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0143956  hitchhiker  0.0000261256 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1353  hypothetical protein  32.69 
 
 		 239 aa  53.1  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02644  putative periplasmic protein  30.89 
 
 		 240 aa  53.1  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46580  hypothetical protein  29.15 
 
 		 252 aa  52.8  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0546  hypothetical protein  31.02 
 
 		 279 aa  52.4  0.000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0802876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1944  hypothetical protein  32.69 
 
 		 235 aa  51.6  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0137324  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3778  hypothetical protein  28.93 
 
 		 249 aa  52  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.919699 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0717  hypothetical protein  31.17 
 
 		 267 aa  51.2  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000102421  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1847  hypothetical protein  30.1 
 
 		 251 aa  51.6  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.562939  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3033  hypothetical protein  32.05 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.501077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1482  hypothetical protein  31.97 
 
 		 232 aa  50.1  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1750  hypothetical protein  33.91 
 
 		 219 aa  49.3  0.00006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.034244  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1327  hypothetical protein  31.41 
 
 		 239 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1317  hypothetical protein  32.05 
 
 		 239 aa  49.7  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3711  hypothetical protein  33.58 
 
 		 235 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.167645  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4008  hypothetical protein  33.33 
 
 		 239 aa  48.1  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.161963  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4133  hypothetical protein  33.59 
 
 		 332 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.346993 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3552  hypothetical protein  27.44 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1890  hypothetical protein  35.04 
 
 		 225 aa  47.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3155  hypothetical protein  32.38 
 
 		 245 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.751817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3348  hypothetical protein  30.5 
 
 		 245 aa  47  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00245935  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0274  hypothetical protein  29.33 
 
 		 232 aa  46.6  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1666  hypothetical protein  29.75 
 
 		 330 aa  46.2  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2041  hypothetical protein  29.52 
 
 		 231 aa  45.8  0.0008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0564933  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3199  hypothetical protein  28.76 
 
 		 336 aa  45.4  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4694  hypothetical protein  26.99 
 
 		 245 aa  44.7  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3039  hypothetical protein  29.22 
 
 		 260 aa  44.3  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0231  histidine kinase  34.04 
 
 		 235 aa  44.3  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0721367  normal  0.567279 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>