135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0239 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0239  hypothetical protein  100 
 
 
266 aa  540  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220267  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0290  hypothetical protein  84.96 
 
 
265 aa  440  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2962  hypothetical protein  71.71 
 
 
265 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0216  signal peptide protein  58.33 
 
 
271 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000480093 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0197  hypothetical protein  57.89 
 
 
271 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.680563 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3265  putative transmembrane protein  57.4 
 
 
268 aa  250  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0341  signal peptide protein  56.89 
 
 
268 aa  248  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3379  putative transmembrane protein  55.7 
 
 
269 aa  247  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3587  hypothetical protein  56.05 
 
 
268 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00011907  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1958  putative signal peptide protein  46.67 
 
 
278 aa  218  7e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0239  hypothetical protein  46.28 
 
 
256 aa  206  4e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1664  hypothetical protein  46.51 
 
 
281 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.886499  normal  0.578123 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0595  putative transmembrane protein  42.62 
 
 
234 aa  171  7.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.812754  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0052  hypothetical protein  42.92 
 
 
257 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0060351  normal  0.567667 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1084  hypothetical protein  41.39 
 
 
272 aa  156  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0585166  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0182  hypothetical protein  37.37 
 
 
265 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.56754  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2512  hypothetical protein  40.34 
 
 
263 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0104508  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0162  hypothetical protein  39.11 
 
 
243 aa  133  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.844011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0180  hypothetical protein  39.5 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223462  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0232  hypothetical protein  38.25 
 
 
241 aa  125  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2358  hypothetical protein  34.77 
 
 
259 aa  125  7e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0217  hypothetical protein  38.6 
 
 
274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.207419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0301  hypothetical protein  36.11 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3315  hypothetical protein  35.5 
 
 
236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.266873  normal  0.0899377 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5922  hypothetical protein  32.14 
 
 
287 aa  106  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0546  hypothetical protein  29.29 
 
 
279 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0802876  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5833  hypothetical protein  32.33 
 
 
298 aa  99  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0963  hypothetical protein  30.88 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.151638  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1041  hypothetical protein  30.19 
 
 
239 aa  92.8  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0114575  normal  0.584816 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2231  hypothetical protein  30.17 
 
 
280 aa  89.7  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2615  hypothetical protein  29.39 
 
 
281 aa  89.7  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.360147  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0933  hypothetical protein  33.96 
 
 
244 aa  89.7  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.281157  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46580  hypothetical protein  29.29 
 
 
252 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1577  hypothetical protein  28.96 
 
 
296 aa  88.6  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0599  hypothetical protein  32.46 
 
 
230 aa  86.7  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4354  hypothetical protein  35.08 
 
 
229 aa  85.9  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0294  hypothetical protein  32.35 
 
 
223 aa  85.5  9e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.385476  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3732  hypothetical protein  32.98 
 
 
230 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.817538  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3039  hypothetical protein  31.31 
 
 
260 aa  84.3  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0478  hypothetical protein  31.8 
 
 
229 aa  83.2  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0194  hypothetical protein  30.27 
 
 
245 aa  81.6  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.743567 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0660  hypothetical protein  34.76 
 
 
241 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3533  hypothetical protein  30.66 
 
 
228 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0429  hypothetical protein  32.16 
 
 
230 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3778  hypothetical protein  32.08 
 
 
249 aa  80.9  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.919699 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1847  hypothetical protein  28.57 
 
 
251 aa  79.7  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.562939  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2403  hypothetical protein  40.16 
 
 
220 aa  79.3  0.00000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2028  hypothetical protein  27.27 
 
 
234 aa  78.6  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3575  hypothetical protein  29.36 
 
 
219 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.580348  hitchhiker  0.00969465 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3155  hypothetical protein  29.57 
 
 
245 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.751817  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1183  hypothetical protein  32.67 
 
 
240 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3025  hypothetical protein  29.11 
 
 
240 aa  77  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00392442  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1089  hypothetical protein  32.34 
 
 
240 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0210765  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3206  hypothetical protein  32.67 
 
 
240 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0546  hypothetical protein  31.05 
 
 
230 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3159  hypothetical protein  30.05 
 
 
229 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00504  hypothetical protein  32.11 
 
 
273 aa  75.5  0.0000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1149  hypothetical protein  32.18 
 
 
240 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0395177  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1482  hypothetical protein  30.61 
 
 
232 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0547  hypothetical protein  31.58 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1111  hypothetical protein  28.97 
 
 
240 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0309164  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0547  hypothetical protein  30.53 
 
 
230 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1081  hypothetical protein  31.47 
 
 
240 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000020952  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3079  hypothetical protein  28.03 
 
 
256 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4680  hypothetical protein  29.46 
 
 
221 aa  72.4  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467996  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3762  hypothetical protein  31.41 
 
 
230 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.852713 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3483  hypothetical protein  29.47 
 
 
230 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3109  hypothetical protein  30.26 
 
 
240 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.052504  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0506  hypothetical protein  31.05 
 
 
230 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255853  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3818  hypothetical protein  31.41 
 
 
230 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3944  hypothetical protein  31.41 
 
 
230 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.291724  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2652  hypothetical protein  27.01 
 
 
242 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000484219  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3326  hypothetical protein  30.37 
 
 
230 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3502  hypothetical protein  31.34 
 
 
280 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02514  hypothetical protein  31.62 
 
 
227 aa  70.1  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1600  hypothetical protein  35.21 
 
 
241 aa  70.1  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.400677  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3012  hypothetical protein  30.26 
 
 
240 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0896353  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2041  hypothetical protein  28 
 
 
231 aa  69.7  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0564933  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2930  hypothetical protein  30.81 
 
 
240 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000617689  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1336  hypothetical protein  39.09 
 
 
234 aa  68.9  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2602  hypothetical protein  29.96 
 
 
255 aa  68.9  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.245239  normal  0.167948 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1194  hypothetical protein  35.45 
 
 
234 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0143956  hitchhiker  0.0000261256 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1750  hypothetical protein  27.87 
 
 
219 aa  68.2  0.0000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.034244  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02644  putative periplasmic protein  35.46 
 
 
240 aa  67.4  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3838  hypothetical protein  25.1 
 
 
248 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3931  hypothetical protein  25.1 
 
 
248 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0030  hypothetical protein  25.87 
 
 
251 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00621032  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1944  hypothetical protein  34.13 
 
 
235 aa  67  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0137324  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4252  hypothetical protein  27.56 
 
 
248 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0128  hypothetical protein  26.25 
 
 
248 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4213  hypothetical protein  26.56 
 
 
245 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1989  hypothetical protein  25.74 
 
 
249 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0926044  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1117  hypothetical protein  36.94 
 
 
234 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1005  hypothetical protein  38.02 
 
 
234 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.433057  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3552  hypothetical protein  27.35 
 
 
244 aa  64.7  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0151  hypothetical protein  26.43 
 
 
252 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3360  hypothetical protein  30.5 
 
 
239 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.104456 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4694  hypothetical protein  29.83 
 
 
245 aa  64.7  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0805  hypothetical protein  30.62 
 
 
231 aa  64.3  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.201838  normal  0.0153835 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4047  hypothetical protein  24.32 
 
 
248 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>