39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4133 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4133  hypothetical protein  100 
 
 		 332 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.346993 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1325  hypothetical protein  79.51 
 
 		 323 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1831  hypothetical protein  78.44 
 
 		 331 aa  524  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.281717 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3199  hypothetical protein  72.62 
 
 		 336 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1666  hypothetical protein  68.85 
 
 		 330 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0140  hypothetical protein  63.88 
 
 		 329 aa  431  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4732  hypothetical protein  63.83 
 
 		 310 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.146369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8407  hypothetical protein  34.97 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0506  hypothetical protein  36.26 
 
 		 323 aa  155  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3602  hypothetical protein  35.35 
 
 		 276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3758  hypothetical protein  28.63 
 
 		 241 aa  63.5  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3575  hypothetical protein  36.47 
 
 		 219 aa  59.3  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.580348  hitchhiker  0.00969465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1482  hypothetical protein  32.97 
 
 		 232 aa  55.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0290  hypothetical protein  36 
 
 		 265 aa  53.9  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1750  hypothetical protein  30.08 
 
 		 219 aa  52.8  0.000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.034244  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1958  putative signal peptide protein  32.87 
 
 		 278 aa  52.8  0.000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0294  hypothetical protein  33.75 
 
 		 223 aa  52  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.385476  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0052  hypothetical protein  36.36 
 
 		 257 aa  52.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0060351  normal  0.567667 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0595  putative transmembrane protein  33.72 
 
 		 234 aa  50.8  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.812754  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2962  hypothetical protein  31.39 
 
 		 265 aa  50.1  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0239  hypothetical protein  30 
 
 		 256 aa  49.7  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0239  hypothetical protein  32.99 
 
 		 266 aa  49.3  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0217  hypothetical protein  33.59 
 
 		 274 aa  48.5  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.207419  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5833  hypothetical protein  33.33 
 
 		 298 aa  48.9  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2602  hypothetical protein  24.91 
 
 		 255 aa  48.5  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.245239  normal  0.167948 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3732  hypothetical protein  34.07 
 
 		 230 aa  47  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.817538  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2512  hypothetical protein  30 
 
 		 263 aa  45.8  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0104508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5922  hypothetical protein  34.48 
 
 		 287 aa  45.8  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0301  hypothetical protein  32.17 
 
 		 243 aa  44.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0182  hypothetical protein  29.93 
 
 		 265 aa  45.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.56754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1664  hypothetical protein  26.39 
 
 		 281 aa  44.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.886499  normal  0.578123 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0429  hypothetical protein  33.33 
 
 		 230 aa  44.7  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1847  hypothetical protein  26.82 
 
 		 251 aa  44.7  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.562939  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2403  hypothetical protein  30.53 
 
 		 220 aa  43.9  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4680  hypothetical protein  31.53 
 
 		 221 aa  43.9  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467996  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0478  hypothetical protein  27.01 
 
 		 229 aa  43.5  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0180  hypothetical protein  32.61 
 
 		 243 aa  42.7  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223462  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0162  hypothetical protein  29.5 
 
 		 243 aa  42.7  0.009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.844011 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0547  hypothetical protein  30.86 
 
 		 230 aa  42.4  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>